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- PDB-6o8o: Crystal Structure of C9S disulfide state of Sulfide-responsive tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o8o
タイトルCrystal Structure of C9S disulfide state of Sulfide-responsive transcriptional repressor (SqrR) from Rhodobacter capsulatus.
要素Transcriptional regulator, ArsR family
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / sulfide sensor / reactive sulfur species / photosynthesis regulation
機能・相同性Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, ArsR family
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Capdevila, D.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118157 米国
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for persulfide-sensing specificity in a transcriptional regulator.
著者: Capdevila, D.A. / Walsh, B.J.C. / Zhang, Y. / Dietrich, C. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of persulfide-sensing specificity in a dithiol-based transcriptional regulator
著者: Capdevila, D.A. / Walsh, B.J.C. / Zhang, Y. / Dietrich, C.M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, ArsR family
B: Transcriptional regulator, ArsR family
C: Transcriptional regulator, ArsR family
D: Transcriptional regulator, ArsR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,02916
ポリマ－49,9984
非ポリマー1,03212
水1,04558
1
A: Transcriptional regulator, ArsR family
B: Transcriptional regulator, ArsR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4197
ポリマ－24,9992
非ポリマー4205
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator, ArsR family
D: Transcriptional regulator, ArsR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6119
ポリマ－24,9992
非ポリマー6127
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.600, 92.600, 148.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, ArsR family


分子量: 12499.469 Da / 分子数: 4 / 変異: C9S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5AT91
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallization buffer: 0.1M Bis-tris propane pH 5.5-6.5, 1.6-1.85M Ammonium sulfate; Protein buffer: 20 mM Tris pH=8, 200 mM NaCl, 2mM EDTA, SqrR 6 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.66 Å / Num. obs: 24511 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.1 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 18.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2489 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.66 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 1178 4.81 %
Rwork0.2291 --
obs0.2307 24511 93.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3107 0 52 58 3217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5254305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5882162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61380.41621200.31062489X-RAY DIFFRACTION82
2.6138-2.75160.2851400.28632686X-RAY DIFFRACTION88
2.7516-2.9240.3231330.26522874X-RAY DIFFRACTION93
2.924-3.14970.31971190.26382967X-RAY DIFFRACTION96
3.1497-3.46660.281770.25773004X-RAY DIFFRACTION98
3.4666-3.9680.28111530.23362897X-RAY DIFFRACTION93
3.968-4.99850.21941680.18983133X-RAY DIFFRACTION99
4.9985-49.66980.23281680.21193283X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.5239 Å / Origin y: -28.3998 Å / Origin z: -2.3144 Å
111213212223313233
T0.4393 Å2-0.2123 Å20.0671 Å2-0.2964 Å2-0.0389 Å2--0.3333 Å2
L0.1521 °2-0.0255 °20.1871 °2-0.3285 °20.3373 °2--0.6335 °2
S-0.0504 Å °0.0724 Å °0.0184 Å °0.1853 Å °-0.0282 Å °0.0772 Å °-0.0891 Å °-0.0757 Å °-0.0016 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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