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万見
- PDB-6o6q: Crystal structure of Cka1p, a casein kinase 2 alpha ortholog from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6q
タイトルCrystal structure of Cka1p, a casein kinase 2 alpha ortholog from Candida albicans
要素Casein kinase 2 catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / kinase / alpha/beta fold / fungus / pathogenesis / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / National Institutes of Health / NIH / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cka1p, a casein kinase 2 alpha ortholog from Candida albicans
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase 2 catalytic subunit
B: Casein kinase 2 catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,49317
ポリマ－80,0462
非ポリマー1,44615
水3,153175
1
A: Casein kinase 2 catalytic subunit
B: Casein kinase 2 catalytic subunit
ヘテロ分子

A: Casein kinase 2 catalytic subunit
B: Casein kinase 2 catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,98534
ポリマ－160,0924
非ポリマー2,89330
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area58710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.690, 125.690, 229.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-573-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Casein kinase 2 catalytic subunit


分子量: 40023.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: CKA1, CAALFM_CR10660WA, orf19.7652 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: A0A1D8PUA2

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非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 6.1, 1 mM AMP-PNP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→35 Å / Num. obs: 31301 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 18.57
反射 シェル解像度: 2.66→2.71 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.004 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 1254 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.305 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3bqc

3bqc


解像度: 2.7→34.598 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2873 2360 5.02 %RANDOM
Rwork0.2335 ---
obs0.2361 47037 84.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5498 0 82 175 5755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045706
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6477696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3252169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003962
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.75520.4108640.28321076X-RAY DIFFRACTION35
2.7552-2.81510.3123680.30471341X-RAY DIFFRACTION43
2.8151-2.88050.3188960.30981838X-RAY DIFFRACTION59
2.8805-2.95250.34221150.3152185X-RAY DIFFRACTION70
2.9525-3.03230.40131230.32952348X-RAY DIFFRACTION76
3.0323-3.12150.33811350.29552515X-RAY DIFFRACTION81
3.1215-3.22210.32291450.29852709X-RAY DIFFRACTION87
3.2221-3.33720.35691590.27172985X-RAY DIFFRACTION96
3.3372-3.47070.31791650.25333081X-RAY DIFFRACTION99
3.4707-3.62850.29591620.23183112X-RAY DIFFRACTION99
3.6285-3.81960.28031570.21743107X-RAY DIFFRACTION99
3.8196-4.05860.2811610.2043045X-RAY DIFFRACTION98
4.0586-4.37140.23571550.18063061X-RAY DIFFRACTION98
4.3714-4.81020.2241610.17883060X-RAY DIFFRACTION98
4.8102-5.50390.24811620.20183069X-RAY DIFFRACTION99
5.5039-6.92520.32021660.25323078X-RAY DIFFRACTION99
6.9252-34.60120.25251660.23253067X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82230.18190.95661.67810.25893.7075-0.0739-0.10710.1079-0.06180.07380.1489-0.0138-0.335-0.00690.2091-0.0103-0.00080.18460.0460.25942.607629.5052-6.9179
20.55740.1333-0.12890.9896-0.04781.3591-0.0649-0.0226-0.29920.46610.3324-0.16080.93061.09410.01130.90510.2598-0.10690.512-0.15370.588175.2078-4.449423.1793
31.94860.06740.69432.26530.1233.8914-0.00150.33960.06770.14540.1264-0.1980.14440.880.02590.24810.0635-0.03590.3267-0.07920.263574.053616.946521.311
40.49460.1880.11042.1042-0.83151.64080.09010.0629-0.0542-0.64690.11270.44120.5878-0.40480.00060.7655-0.0191-0.05090.39210.04150.464542.40789.9343-17.7681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 134 through 333 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 5 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 92 through 333 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 4 through 133 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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