PDB-6o2y: Crystal structure of IDH1 R132H mutant in complex with compound 24

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o2y

タイトル

Crystal structure of IDH1 R132H mutant in complex with compound 24

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

Oxidoreductase/Inhibitor / IDH1 / allosteric inhibitor / Oxidoreductase / Inhibitor complex / Oxidoreductase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Toms, A.V. / Lin, J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Optimization of Quinolinone Derivatives as Potent, Selective, and Orally Bioavailable Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (mIDH1) Inhibitors.
著者: Lin, J. / Lu, W. / Caravella, J.A. / Campbell, A.M. / Diebold, R.B. / Ericsson, A. / Fritzen, E. / Gustafson, G.R. / Lancia Jr., D.R. / Shelekhin, T. / Wang, Z. / Castro, J. / Clarke, A. / ...

履歴

登録	2019年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls / Item: _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id
改定 1.2	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6o2y.ent.gz	422.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6o2y_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o2y_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6o2y_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	6o2y_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6o2zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1t09-d 2g97-d 4o10-d 5dky-d 3dkl-d 6u4j-d 5wi1-d 2g95-d 6b0z-2 2gvj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.679, 63.496, 143.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 48177.719 Da / 分子数: 3 / 変異: R132H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-LJY / 4-{[(6-chloro-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl]amino}-2-methoxybenzonitrile 分子量: 339.776 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄ClN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG MME 5000, 0.1 M Bicine pH 8.5, and 0.2 M Sodium formate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36650 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2745	1803	5 %	RANDOM
R_work	0.20859	-	-	-
obs	0.21199	34299	98.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0.94 Å²
2-	-	-2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9735	0	220	23	9978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	10177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	9273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.565	1.973	13765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.79	3	21560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.015	5	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.923	24.858	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.752	15	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.748	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.045	3.226	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.045	3.226	4927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.851	4.835	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.851	4.836	6154
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.954	3.406	5248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.954	3.407	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.634	5.099	7613
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.637	37.746	11573
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.637	37.748	11574
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	126	-
R_work	0.333	2525	-
obs	-	-	97.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1508	-0.2587	-0.3794	3.6653	-1.3954	3.7494	-0.1541	-0.1132	0.2538	0.4916	0.0982	-0.0812	-0.2001	0.537	0.0559	0.4337	-0.0822	-0.1575	0.5603	-0.0081	0.1039	0.08	2.663	54.358
2	1.4253	-1.0167	0.318	3.7449	3.2064	4.7798	0.0349	0.4657	-0.0134	-0.205	-0.0156	0.1655	-0.1055	0.2343	-0.0193	0.5514	-0.0733	-0.1201	0.616	0.0676	0.0693	-15.647	-1.688	37.137
3	0.2189	-0.396	-0.0287	4.2737	0.2839	2.2969	0.2763	-0.2504	0.059	0.516	0.0969	0.2018	0.05	-0.3337	-0.3731	0.8915	-0.1547	0.0878	0.7369	-0.0396	0.1528	-37.407	2.877	65.145
4	3.9006	0.655	0.3471	1.6153	-0.5882	2.6958	0.0884	0.4123	0.3311	0.0074	0.2248	0.1644	-0.264	-0.2329	-0.3132	0.4723	0.0168	-0.0731	0.4689	0.1027	0.1042	-27.267	8.957	40.18
5	1.7809	0.2116	0.1948	1.7398	-0.5092	2.1691	-0.0125	0.536	0.0421	-0.1839	0.0041	-0.0934	0.2213	0.4344	0.0083	0.5598	-0.0159	-0.1529	0.8251	-0.0351	0.0624	-1.313	-4.134	38.396
6	0.8711	-0.0776	-0.8473	3.3336	-0.285	3.3044	0.0798	0.306	0.1849	0.064	-0.1246	0.4921	0.125	-0.7689	0.0448	0.515	-0.2709	-0.1202	1.0149	0.0627	0.208	-54.132	-16.286	37.694
7	2.9392	-0.0213	-2.1997	1.4847	1.5645	6.6023	0.0359	0.0507	-0.4293	0.0754	0.0661	-0.0535	0.2584	-0.0115	-0.102	0.5726	-0.041	-0.2075	0.4719	0.0229	0.1607	-31.006	-21.139	40.326
8	4.046	0.6629	-1.5285	3.2186	-1.7302	2.6465	0.3646	-0.4257	0.4312	0.5007	-0.1283	0.2358	-0.4427	-0.199	-0.2363	0.6624	-0.0399	0.042	0.5289	-0.001	0.0617	-36.519	4.226	64.822
9	2.7507	0.2906	-0.9773	3.1658	0.5585	3.7705	0.0802	-0.1176	-0.1186	0.6065	-0.0219	-0.156	0.6835	0.0429	-0.0583	0.8849	-0.0798	-0.246	0.5155	0.0529	0.0762	-29.176	-20.988	56.041
10	1.9837	0.2519	-0.5318	2.3778	-0.0128	1.5384	-0.0256	0.3164	-0.0049	-0.0581	0.0994	-0.0327	0.6323	-0.4821	-0.0737	0.7751	-0.2721	-0.2168	0.8803	0.0613	0.0728	-40.459	-23.887	29.613
11	0.5672	1.5313	-0.8694	5.4532	-0.1543	6.1622	-0.1238	-0.1401	0.0946	-0.3516	-0.2829	0.2391	-0.0207	-0.6655	0.4067	0.2776	0.224	-0.2855	1.4773	-0.3974	0.3571	-28.557	-31.861	-6.072
12	4.8723	-1.1739	-0.292	2.8366	2.283	3.252	0.0072	-0.7016	-0.0984	0.4085	-0.2093	0.0504	0.506	-0.2801	0.2021	0.4385	-0.0888	-0.1883	1.2191	-0.0467	0.1561	-11.196	-43.115	5.666
13	1.4838	-1.9086	-2.1017	2.7847	3.574	5.5637	0.3518	-0.1973	0.3792	-0.7135	-0.0924	-0.3504	-1.1668	-0.1338	-0.2594	0.6964	-0.0062	-0.2947	0.8679	-0.1158	0.6032	0.705	-9.936	-0.248
14	4.093	-0.9571	1.4424	2.8131	-0.5742	2.8422	-0.171	-0.6644	0.5261	0.4397	-0.37	-0.1192	-0.2994	-0.0176	0.541	0.4514	-0.093	-0.2213	1.3899	-0.187	0.2161	-6.89	-32.237	15.748
15	1.2366	0.4247	0.492	1.9704	0.4393	2.5831	0.3089	-0.7239	0.0576	0.1372	-0.6164	0.1163	0.5185	-0.6274	0.3075	0.5352	-0.0856	-0.1392	1.7369	-0.2293	0.1427	-22.65	-48.256	-1.806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	136 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	187 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	276 - 415
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	103 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	136 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	187 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	276 - 414
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	5 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	103 - 135
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	136 - 186
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	187 - 275
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	276 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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