PDB-6o2h: Hen lysozyme in triclinic space group at ambient temperature - di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o2h

タイトル

Hen lysozyme in triclinic space group at ambient temperature - diffuse scattering dataset

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Room Temperature / Diffuse Scattering / Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.212 Å

データ登録者

Meisburger, S.P. / Ando, N.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117757	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100008	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124847	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1332208	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Diffuse X-ray scattering from correlated motions in a protein crystal.
著者: Meisburger, S.P. / Case, D.A. / Ando, N.

履歴

登録	2019年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o2h.cif.gz	105.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o2h.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lztS 6o2g PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rnx-d 2c8p-d 6ll3-d 6irj-d 5hmv-d 6agr-d 6rnc-d 3f7x-d 6p1g-1 3wun-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1601281 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.424, 32.134, 34.513
Angle α, β, γ (deg.)	88.657, 108.460, 111.877
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 詳細: 8 microliter drops with 5-15 mg/mL protein, 224-300 mM NaNO3, 50 mM NaOAc pH 4.5, under paraffin oil Temp details: The trays were set up at room temperature, moved to 4 degC for 8-12 hours, and returned to room temperature.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: Ambient / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日 / 詳細: 100 micron collimator
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→32.55 Å / Num. obs: 30111 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / Num. unique obs: 832 / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.038 / % possible all: 52.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
XDS	Jun 1, 2017	データ削減
Aimless	0.5.29	データスケーリング
Coot	0.8.0-3	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4lzt

4lzt

解像度: 1.212→32.548 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1172	1495	-
R_work	0.0968	-	-
all	0.098	-	-
obs	-	30108	96.103 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.697 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.073 Å²	0.049 Å²	-0.104 Å²
2-	-	0.307 Å²	-0.065 Å²
3-	-	-	-0.315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.212→32.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	29	92	1122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.013	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.018	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.604	1.658	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.576	1.599	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.527	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.393	20.411	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.282	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.108	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.183	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.028	0.02	290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.762	0.932	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.731	0.924	568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.384	1.411	722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.399	1.417	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.033	1.448	615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.597	1.39	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.237	2.016	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.015	1.944	865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.892	11.699	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.833	11.548	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	24.725	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.773	5	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	14.873	3	2225

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.212-1.243	0.136	75	0.088	1332	2344	60.0256	0.099
1.243-1.277	0.102	95	0.075	1923	2235	90.2908	0.084
1.277-1.314	0.104	120	0.068	2012	2193	97.2184	0.078
1.314-1.355	0.091	107	0.058	2017	2127	99.859	0.068
1.355-1.399	0.09	104	0.05	1979	2083	100	0.061
1.399-1.448	0.095	91	0.05	1926	2017	100	0.062
1.448-1.503	0.086	98	0.05	1804	1903	99.9474	0.064
1.503-1.564	0.084	107	0.054	1734	1841	100	0.068
1.564-1.633	0.077	93	0.054	1692	1785	100	0.067
1.633-1.713	0.079	81	0.055	1636	1717	100	0.07
1.713-1.805	0.08	75	0.06	1520	1596	99.9373	0.076
1.805-1.914	0.107	72	0.075	1477	1549	100	0.098
1.914-2.046	0.098	60	0.081	1365	1425	100	0.106
2.046-2.209	0.097	61	0.085	1268	1329	100	0.114
2.209-2.419	0.131	62	0.093	1177	1239	100	0.127
2.419-2.703	0.144	56	0.108	1064	1120	100	0.142
2.703-3.117	0.104	41	0.119	944	985	100	0.158
3.117-3.809	0.153	46	0.138	792	838	100	0.175
3.809-5.35	0.192	29	0.199	609	638	100	0.201
5.35-32.548	0.228	22	0.277	342	365	99.726	0.299

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関連情報:EMDBヘッダ

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