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- PDB-6o21: Crystal Structure of Human KLK4 in Complex With Cleaved SFTI-FCQR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o21
タイトルCrystal Structure of Human KLK4 in Complex With Cleaved SFTI-FCQR(Asn14)[1,14] Inhibitor
要素
  • Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a
  • Trypsin inhibitor 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Kallikrein-related peptidase 4 / KLK4 / Sunflower Trypsin Inhibitor / SFTI / Laskowski mechanism inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biomineral tissue development / amelogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / secretory granule / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space ...biomineral tissue development / amelogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / secretory granule / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin inhibitor 1 / Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a / Kallikrein-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Ilyichova, O.V. / Buckle, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: KLK4 Inhibition by Cyclic and Acyclic Peptides: Structural and Dynamical Insights into Standard-Mechanism Protease Inhibitors.
著者: Riley, B.T. / Ilyichova, O. / de Veer, S.J. / Swedberg, J.E. / Wilson, E. / Hoke, D.E. / Harris, J.M. / Buckle, A.M.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / pdbx_molecule_features / struct / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor ..._entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a
B: Trypsin inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9126
ポリマ－25,5062
非ポリマー4064
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.529, 63.145, 40.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a / Kallikrein B1 / Kallikrein-4


分子量: 23926.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK4, KLNB1, hCG_1641510 / プラスミド: pET12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C4DFQ5, UniProt: Q9Y5K2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Trypsin inhibitor 1 / acyclic SFTI-FCQR(Asn14)


タイプ: Cyclic peptide / クラス: Trypsin inhibitor / 分子量: 1579.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 参照: Trypsin inhibitor 1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M lithium sulfate, pH 4.5
PH範囲: 4.5-4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→63.15 Å / Num. obs: 62317 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Num. unique obs: 3008 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.227 / Rrim(I) all: 0.434 / % possible all: 93.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.15 Å37.09 Å
Translation1.15 Å37.09 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KEL

4kel


解像度: 1.15→37.085 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1634 3283 5.27 %
Rwork0.1297 --
obs0.1315 62287 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.23 Å2 / Biso mean: 12.8976 Å2 / Biso min: 3.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→37.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 37 238 1981
Biso mean--26.53 23.51 -
残基数----231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.16720.23111330.18842505263893
1.1672-1.18540.22671530.16192430258394
1.1854-1.20490.19481800.16062499267994
1.2049-1.22560.21651530.15812458261195
1.2256-1.24790.20281420.15112500264295
1.2479-1.27190.15481350.14152551268695
1.2719-1.29790.16951180.13672520263895
1.2979-1.32610.16821170.13352560267795
1.3261-1.3570.16621240.12352571269595
1.357-1.39090.15171300.12332527265796
1.3909-1.42850.14911260.12222584271096
1.4285-1.47050.16441470.11762574272196
1.4705-1.5180.14351410.11272559270097
1.518-1.57230.15211570.11252563272097
1.5723-1.63520.1511420.10982571271397
1.6352-1.70960.17481390.1172591273097
1.7096-1.79980.1361670.11932570273798
1.7998-1.91250.1511340.1192626276098
1.9125-2.06020.14161340.12022633276798
2.0602-2.26750.14051300.11742637276799
2.2675-2.59550.15341770.12952606278399
2.5955-3.26980.16311510.13912661281299
3.2698-37.10460.18251530.1392708286199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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