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万見
- PDB-6nzi: Low resolution crystal structure of the bacterial multidrug efflu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nzi
タイトルLow resolution crystal structure of the bacterial multidrug efflux transporter AcrB in the presence of cadmium
要素Efflux pump membrane transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / efflux pump / cadmium
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / : / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.44 Å
データ登録者Smith, A.T. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Low resolution crystal structure of the bacterial multidrug efflux transporter AcrB in the presence of cadmium
著者: Smith, A.T. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8903
ポリマ－113,6651
非ポリマー2252
水00
1
A: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子

A: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子

A: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,6709
ポリマ－340,9963
非ポリマー6746
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area20850 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area116540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.280, 144.280, 519.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Efflux pump membrane transporter


分子量: 113665.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QH56
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris, pH=7.5, 250 mM choline chloride, 10% PEG 2K MME, 5 mM CdSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.44→19.797 Å / Num. obs: 13142 / % possible obs: 98.45 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 4.44→4.597 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1297 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MrBUMP位相決定
精密化解像度: 4.44→19.797 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3199 674 5.13 %
Rwork0.2599 --
obs0.2629 13133 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 469.91 Å2 / Biso mean: 190.0348 Å2 / Biso min: 68.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.44→19.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7715 0 1 0 7716
Biso mean--311.95 --
残基数----1012
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.4401-4.77840.35161460.283924422588100
4.7784-5.25120.33681240.277924652589100
5.2512-5.99250.34711390.30524752614100
5.9925-7.48150.39671290.292424972626100
7.4815-19.79760.26041360.2212580271699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.6171 Å / Origin y: 42.7571 Å / Origin z: 56.7389 Å
111213212223313233
T0.5393 Å20.1292 Å2-0.1159 Å2-0.9693 Å20.1477 Å2--0.8436 Å2
L0.0572 °20.1281 °2-0.4175 °2-0.4667 °2-0.2743 °2--1.7795 °2
S0.0176 Å °0.0468 Å °0.1689 Å °0.0288 Å °-0.0265 Å °0.1776 Å °0.1091 Å °-0.1576 Å °0.0367 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 1033
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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