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- PDB-6nz8: Structure of carbamylated apo OXA-231 carbapenemase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nz8
タイトルStructure of carbamylated apo OXA-231 carbapenemase
要素Beta-lactamase OXA-231
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / oxacillinase / OXA-143 subgroup / carbapenemase
機能・相同性Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Beta-lactamase OXA-231
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Favaro, D.C. / Llontop, E.E. / Vasconcelos, F.N. / Antunes, V.U. / Farah, S.C. / Lincopan, N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Importance of the beta 5-beta 6 Loop for the Structure, Catalytic Efficiency, and Stability of Carbapenem-Hydrolyzing Class D beta-Lactamase Subfamily OXA-143.
著者: Antunes, V.U. / Llontop, E.E. / Vasconcelos, F.N.D.C. / Lopez de Los Santos, Y. / Oliveira, R.J. / Lincopan, N. / Farah, C.S. / Doucet, N. / Mittermaier, A. / Favaro, D.C.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-231
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6014
ポリマ－29,5071
非ポリマー943
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.786, 54.786, 96.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase OXA-231 / Carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase / OXA-143 family carbapenem-hydrolyzing class D beta- ...Carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase / OXA-143 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-231


分子量: 29506.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-231, bla-OXA-231, C3415_08220 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9U2W6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0,1 M Tris pH 8,5; 2,0 M Ammonium Sulfate, 50 mM sodium phosphate; 25 mM sodium bicarbonate; 25 mM sodium sulfate; sodium chloride.
PH範囲: 7.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 104.9 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 65867 / % possible obs: 98.36 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 15.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01269 / Rrim(I) all: 0.01795 / Net I/σ(I): 23.68
反射 シェル解像度: 1.2→1.38 Å / Num. unique obs: 6377 / % possible all: 96.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JC7

2jc7


解像度: 1.2→36.77 Å / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.7154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 2000 3.04 %0.2
Rwork0.1669 ---
obs0.1677 65846 98.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.923 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→36.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1840 0 3 161 2004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00781997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95932715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0813296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.6515753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.32031360.2934335X-RAY DIFFRACTION94.64
1.23-1.260.31311430.25874534X-RAY DIFFRACTION99.47
1.26-1.30.28051420.2374562X-RAY DIFFRACTION99.3
1.3-1.340.29091410.22364502X-RAY DIFFRACTION98.39
1.34-1.390.2371410.22024495X-RAY DIFFRACTION98.14
1.39-1.440.2261430.18394561X-RAY DIFFRACTION99.41
1.44-1.510.20561430.16464563X-RAY DIFFRACTION98.87
1.51-1.590.18481390.164466X-RAY DIFFRACTION97.05
1.59-1.690.18821440.15614586X-RAY DIFFRACTION99.56
1.69-1.820.18791440.15044592X-RAY DIFFRACTION98.77
1.82-20.1611420.154540X-RAY DIFFRACTION97.83
2-2.290.17621450.14984650X-RAY DIFFRACTION99.58
2.29-2.890.21131440.17034605X-RAY DIFFRACTION97.48
2.89-36.790.18021530.16134858X-RAY DIFFRACTION98.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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