PDB-6nz4: YcjX-GDP (type I)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nz4

タイトル

YcjX-GDP (type I)

要素

YcjX Stress Protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / G-protein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF463, YcjX-like protein / YcjX-like family, DUF463 / small monomeric GTPase / GDP binding / GTPase activity / GTP binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-like GTPase YcjX

機能・相同性情報

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Lee, S. / Tsai, J. / Tsai, F.T.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM111084	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P01-HD087157	米国
Welch Foundation	Q-1530	米国

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the YcjX Stress Protein Reveals a Ras-Like GTP-Binding Protein.
著者: Tsai, J.T. / Sung, N. / Lee, J. / Chang, C. / Lee, S. / Tsai, F.T.F.

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nz4.cif.gz	380.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nz4.ent.gz	310.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nz4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nz4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6nz4_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	6nz4_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/6nz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/6nz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nz5C 6nz6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nz6-d 6nz5-d 6ujy-d 4jeu-d 3glb-d 1vhk-d 6uir-d 6glz-d 3klg-1 6mfr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YcjX Stress Protein

B: YcjX Stress Protein

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.314, 133.942, 144.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	YcjX Stress Protein 分子量: 54457.980 Da / 分子数: 2 / 変異: F187L, D218G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: ycjX, SO_1810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EG04
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50mM MES pH 6.0, 400mM Ammonium Chloride, 15% MEPEG 2K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 88457 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 28.3
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.92→45.859 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	3225	2.49 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1812	129342	75.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→45.859 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7152	0	56	679	7887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.664	10197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.095	4447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1131
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.9398	0.3141	46	0.2763	1688	X-RAY DIFFRACTION	23
1.9398-1.9701	0.2638	52	0.2533	2195	X-RAY DIFFRACTION	30
1.9701-2.0024	0.3003	67	0.2471	2306	X-RAY DIFFRACTION	32
2.0024-2.037	0.2547	74	0.2253	2704	X-RAY DIFFRACTION	37
2.037-2.074	0.2621	74	0.2203	2962	X-RAY DIFFRACTION	41
2.074-2.1139	0.2415	91	0.2055	3444	X-RAY DIFFRACTION	47
2.1139-2.157	0.1868	90	0.2039	3926	X-RAY DIFFRACTION	54
2.157-2.2039	0.2211	124	0.2122	4505	X-RAY DIFFRACTION	62
2.2039-2.2552	0.2173	117	0.2028	5090	X-RAY DIFFRACTION	70
2.2552-2.3116	0.2725	153	0.1994	5593	X-RAY DIFFRACTION	77
2.3116-2.3741	0.2295	159	0.1993	6022	X-RAY DIFFRACTION	82
2.3741-2.444	0.1981	157	0.2014	6224	X-RAY DIFFRACTION	86
2.444-2.5228	0.2956	179	0.201	6775	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5228-2.613	0.2445	175	0.2026	7062	X-RAY DIFFRACTION	96
2.613-2.7176	0.2724	189	0.1956	7214	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7176-2.8413	0.2942	189	0.2026	7331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8413-2.991	0.2489	173	0.1981	7303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.991-3.1784	0.2556	191	0.1876	7269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1784-3.4237	0.2241	186	0.1697	7295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4237-3.7681	0.1883	188	0.154	7289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7681-4.313	0.1688	184	0.1443	7325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.313-5.4326	0.1879	177	0.1424	7312	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4326-45.8726	0.1924	190	0.172	7283	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0036	-0.0039	-0.0017	0.0035	-0.0011	0.0182	0.0136	0.0838	-0.0175	-0.0262	0.0039	-0.0116	0.0096	0.0911	0.0215	-0.0182	0.018	0.0045	0.0893	-0.0453	0.0528	39.9026	89.6508	11.9835
2	0.0463	-0.0322	0.0508	0.0569	-0.008	0.0725	0.024	0.0654	-0.0732	-0.0044	0.0332	0.0099	0.0213	0.0807	0.0857	0.0273	0.041	-0.0272	0.1174	0.0033	0.0495	42.2349	87.0573	15.4443
3	0.1637	0.0171	0.0488	0.165	-0.1272	0.2067	0.043	0.0062	0.0653	0.1001	0.011	0.0524	-0.1217	-0.06	0.042	0.0544	-0.0015	0.007	0.0601	0.0027	0.06	23.3044	102.962	33.3109
4	0.0245	-0.0263	-0.0057	0.0434	0.0154	0.0087	0.0501	0.1109	-0.0952	-0.051	-0.022	0.0779	0.0415	0.01	-0.0003	-0.0551	0.0204	-0.1087	0.1162	-0.0962	0.1182	19.9878	88.2865	9.2438
5	0.0657	-0.015	0.0124	0.0031	-0.0021	0.0024	0.0268	-0.0905	-0.0512	0.0045	0.0406	0.0477	0.0006	-0.0769	0.0743	0.161	-0.0825	-0.0573	0.2105	0.1694	0.1466	31.8622	87.6031	68.8291
6	-0.0004	-0.0005	-0.0005	0.0123	-0.0062	0.0179	0.0286	-0.0181	-0.0498	-0.0177	0.0166	0.0296	0.0123	-0.0221	0.068	0.1678	-0.0633	-0.1333	0.0848	0.0834	0.1329	26.9277	84.6122	54.2052
7	0.0552	-0.0205	0.0176	0.0335	-0.0285	0.0231	0.0092	-0.0993	-0.0302	0.0431	0.0298	0.0063	0.0084	-0.0337	0.0796	0.182	-0.0162	-0.1045	0.1437	0.0494	0.0753	40.126	92.1982	64.0738
8	0.0019	-0.0076	0.0001	0.014	-0.0053	0.0008	0.0462	0.0543	-0.0579	-0.0183	-0.0153	-0.0115	0.0525	0.0292	0.0096	0.279	0.2654	-0.147	0.0873	-0.0534	0.2285	50.1331	72.747	36.6686
9	0.082	-0.0268	0.0409	0.0187	-0.0081	0.0246	0.1096	0.043	-0.0953	-0.0221	-0.0617	-0.0097	0.068	0.0294	0.0938	0.1957	0.0351	-0.1189	0.0376	0.0835	0.1084	51.1642	79.8412	47.5926
10	0.0437	-0.0161	-0.0544	0.0452	0.0414	0.0901	0.0464	-0.0189	-0.0379	-0.0223	0.0417	0.0193	-0.0316	0.0223	0.0751	0.1949	-0.1017	-0.0812	0.194	0.1264	0.2292	49.0293	83.1684	62.0953
11	0.0002	-0.0004	0.0005	0.0027	0.0005	0.0011	0.011	0.0015	-0.0047	0.0111	0.0007	-0.0025	-0.0014	0.014	0.0408	0.2712	0.0015	-0.0888	0.2328	0.1983	0.3202	48.3085	70.7981	68.8267
12	0.0111	-0.006	-0.0134	0.0209	0.0042	0.0192	-0.0379	0.0119	0.0205	0.0102	0.0088	0.0163	0.0039	0.0201	-0.0242	0.2346	-0.0677	-0.0588	0.2611	0.2107	0.3173	31.9641	66.1917	74.0324
13	0.0001	0.0004	0	0.0054	-0.0046	0.0018	-0.0062	-0.0005	-0.0084	0.0101	-0.0209	0.0101	0.0156	-0.0112	-0	0.4097	-0.0383	-0.0507	0.3575	0.2054	0.4898	31.4614	59.6753	67.94
14	0.0039	0.0044	-0.0065	0.0022	-0.0052	0.0105	0.0016	-0.042	-0.0535	-0.0019	0.0115	0.0255	0.0016	0.0194	0.0014	0.1686	-0.0673	-0.0641	0.2559	0.192	0.2141	31.3819	74.386	67.2716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 139 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 387 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 388 through 485 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 85 through 117 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 118 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 164 through 257 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 258 through 330 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 331 through 360 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 361 through 387 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 388 through 409 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 410 through 438 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 439 through 485 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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