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- PDB-6nz2: NMR solution structure of Bcd1p120-303 from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nz2
タイトルNMR solution structure of Bcd1p120-303 from Saccharomyces cerevisiae
要素Box C/D snoRNA protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / snoRNP assembly / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


sno(s)RNA metabolic process / snoRNA localization / pre-snoRNP complex / box C/D snoRNP assembly / snoRNA binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Box C/D snoRNA protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bragantini, B. / Quinternet, M. / Charpentier, B. / Manival, X.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The box C/D snoRNP assembly factor Bcd1 interacts with the histone chaperone Rtt106 and controls its transcription dependent activity.
著者: Bragantini, B. / Charron, C. / Bourguet, M. / Paul, A. / Tiotiu, D. / Rothe, B. / Marty, H. / Terral, G. / Hessmann, S. / Decourty, L. / Chagot, M.E. / Strub, J.M. / Massenet, S. / Bertrand, ...著者: Bragantini, B. / Charron, C. / Bourguet, M. / Paul, A. / Tiotiu, D. / Rothe, B. / Marty, H. / Terral, G. / Hessmann, S. / Decourty, L. / Chagot, M.E. / Strub, J.M. / Massenet, S. / Bertrand, E. / Quinternet, M. / Saveanu, C. / Cianferani, S. / Labialle, S. / Manival, X. / Charpentier, B.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Box C/D snoRNA protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8641
ポリマ－21,8641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11280 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Box C/D snoRNA protein 1


分子量: 21864.262 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 120-303 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BCD1, YHR040W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38772

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1201isotropic13D (H)CCH-COSY
1191isotropic13D HNHA
1181isotropic13D 1H-15N NOESY
1171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1141isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic22D 1H-15N HSQC
1121isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic23D 1H-15N NOESY
192isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D CC(CO)NH
172isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1272isotropic12D 1H-15N HSQC
1262isotropic13D HNCA
1252isotropic13D HN(CA)CB
1242isotropic13D HN(CA)CO
1232isotropic13D HNCO
1283isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] Box C/D snoRNA protein 1, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Box C/D snoRNA protein 1, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O2H_13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
filamentous virus31 mM [U-15N] Box C/D snoRNA protein 1, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM TCEP, 12 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBox C/D snoRNA protein 1[U-13C; U-15N]1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.5 mMTCEPnatural abundance1
1 mMBox C/D snoRNA protein 1[U-13C; U-15N; U-2H]2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.5 mMTCEPnatural abundance2
1 mMBox C/D snoRNA protein 1[U-15N]3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.5 mMTCEPnatural abundance3
12 mg/mLPf1 phagenatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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