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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nyt | |||||||||
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タイトル | Munc13-1 C2B-domain, calcium bound | |||||||||
![]() | Protein unc-13 homolog A | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN / PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / regulation of synaptic vesicle priming / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / synaptic vesicle maturation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of synaptic plasticity ...dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / regulation of synaptic vesicle priming / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / synaptic vesicle maturation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of synaptic plasticity / innervation / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / syntaxin-1 binding / positive regulation of neurotransmitter secretion / syntaxin binding / synaptic vesicle priming / Golgi-associated vesicle / neuromuscular junction development / spectrin binding / presynaptic active zone / synaptic vesicle exocytosis / calyx of Held / excitatory synapse / amyloid-beta metabolic process / SNARE binding / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / long-term synaptic potentiation / neuromuscular junction / terminal bouton / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / presynapse / presynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / protein domain specific binding / axon / glutamatergic synapse / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Machius, M. / Lu, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Munc13 C2B domain is an activity-dependent Ca2+ regulator of synaptic exocytosis. 著者: Shin, O.H. / Lu, J. / Rhee, J.S. / Tomchick, D.R. / Pang, Z.P. / Wojcik, S.M. / Camacho-Perez, M. / Brose, N. / Machius, M. / Rizo, J. / Rosenmund, C. / Sudhof, T.C. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Calmodulin and Munc13 form a Ca2+ sensor/effector complex that controls short-term synaptic plasticity. 著者: Junge, H.J. / Rhee, J.S. / Jahn, O. / Varoqueaux, F. / Speiss, J. / Waxham, M.N. / Rosenmund, C. / Brose, N. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Munc-13 is essential for fusion competence of glutamatergic synaptic vesicles. 著者: Augustin, I. / Rosenmund, C. / Sudhof, T.C. / Brose, N. #3: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 1995 タイトル: Mammalian homologues of C. elegans unc-13 gene define novel family of C2-domain proteins. 著者: Brose, N. / Hofmann, K. / Hata, Y. / Sudhof, T.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16937.131 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B / 変異: L756W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 % / Mosaicity: 0.484 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 30% PEG-MME 2000, 0.1 M bis-tris propane pH 6.8, 0.1 M NaCl, 0.1 MM CaCl2, 0.5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年6月6日 / 詳細: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.369→50 Å / Num. obs: 31875 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 15.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KWT ![]() 3kwt 解像度: 1.369→30.004 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.92
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67 Å2 / Biso mean: 20.8462 Å2 / Biso min: 6.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.369→30.004 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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