PDB-6nx3: Structures of the transcriptional regulator BgaR, a lactose sensor.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nx3

タイトル

Structures of the transcriptional regulator BgaR, a lactose sensor.

要素

Transcriptional regulator BgaR

キーワード

TRANSCRIPTION / lactose transcriptional regulator / lactose sensor / SAD phasing

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structures of the transcriptional regulator BgaR, a lactose sensor.
著者: Newman, J. / Caron, K. / Nebl, T. / Peat, T.S.

履歴

登録	2019年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nx3.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nx3.ent.gz	174.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nx3_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nx3_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6nx3_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	6nx3_validation.cif.gz	56.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nwhSC 6nwjC 6nwmC 6nwoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nwj-d 6nwm-d 3ong-2 4mbr-d 6y31-1 1kag-d 2y7l-d 2j45-1 6y31-2 6nwo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator BgaR

B: Transcriptional regulator BgaR

C: Transcriptional regulator BgaR

D: Transcriptional regulator BgaR

E: Transcriptional regulator BgaR

F: Transcriptional regulator BgaR

ヘテロ分子

130 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator BgaR

D: Transcriptional regulator BgaR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulator BgaR

ヘテロ分子

F: Transcriptional regulator BgaR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Transcriptional regulator BgaR

E: Transcriptional regulator BgaR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.150, 46.317, 118.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	4 - 161	4 - 161
2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	4 - 161	4 - 161
1	2	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	4 - 161	4 - 161
2	2	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	4 - 161	4 - 161
1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	4 - 160	4 - 160
2	3	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	4 - 160	4 - 160
1	4	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	4 - 160	4 - 160
2	4	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	4 - 160	4 - 160
1	5	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	4 - 160	4 - 160
2	5	LEU	LEU	LYS	LYS	F	F	4 - 160	4 - 160
1	6	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	4 - 161	4 - 161
2	6	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	4 - 161	4 - 161
1	7	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	4 - 160	4 - 160
2	7	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	4 - 160	4 - 160
1	8	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	4 - 160	4 - 160
2	8	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	4 - 160	4 - 160
1	9	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	4 - 160	4 - 160
2	9	LEU	LEU	LYS	LYS	F	F	4 - 160	4 - 160
1	10	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 160	4 - 160
2	10	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	4 - 160	4 - 160
1	11	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 160	4 - 160
2	11	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	4 - 160	4 - 160
1	12	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 160	4 - 160
2	12	LEU	LEU	LYS	LYS	F	F	4 - 160	4 - 160
1	13	ILE	ILE	PRO	PRO	D	D	3 - 161	3 - 161
2	13	ILE	ILE	PRO	PRO	E	E	3 - 161	3 - 161
1	14	ILE	ILE	PRO	PRO	D	D	3 - 161	3 - 161
2	14	ILE	ILE	PRO	PRO	F	F	3 - 161	3 - 161
1	15	ILE	ILE	PRO	PRO	E	E	3 - 161	3 - 161
2	15	ILE	ILE	PRO	PRO	F	F	3 - 161	3 - 161

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質

Transcriptional regulator BgaR

分子量: 21248.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: 13 / Type A / 遺伝子: CPE0770 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XMB9

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5 mg/mL protein; 20% PEG 3350, 200 mM MgCl2. Sitting drops were 200 nL plus 200 nL at 20C- no buffer was used in this crystallisation cocktail.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.45865 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45865 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→48.25 Å / Num. obs: 87904 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4400 / CC_1/2: 0.922 / R_pim(I) all: 0.352 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6nwh

6nwh

解像度: 1.87→46.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.817 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25374	4408	5 %	RANDOM
R_work	0.22449	-	-	-
obs	0.22595	83468	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2 Å²	0 Å²	1.62 Å²
2-	-	-1.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.87→46.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7683	0	138	499	8320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.661	11213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.364	1.592	17284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.455	5	993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.268	25.303	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.216	15	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.39	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.349	2.754	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.349	2.753	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.375	4.11	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.374	4.112	4930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.496	3.222	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.496	3.222	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.424	4.669	6285
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.552	53.073	33897
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.541	52.989	33564
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5262	0.05
1	2	B	5262	0.05
2	1	A	5267	0.04
2	2	C	5267	0.04
3	1	A	5212	0.07
3	2	D	5212	0.07
4	1	A	5197	0.07
4	2	E	5197	0.07
5	1	A	5213	0.07
5	2	F	5213	0.07
6	1	B	5288	0.04
6	2	C	5288	0.04
7	1	B	5177	0.07
7	2	D	5177	0.07
8	1	B	5173	0.07
8	2	E	5173	0.07
9	1	B	5181	0.07
9	2	F	5181	0.07
10	1	C	5254	0.06
10	2	D	5254	0.06
11	1	C	5248	0.06
11	2	E	5248	0.06
12	1	C	5266	0.06
12	2	F	5266	0.06
13	1	D	5370	0.03
13	2	E	5370	0.03
14	1	D	5381	0.03
14	2	F	5381	0.03
15	1	E	5283	0.03
15	2	F	5283	0.03

LS精密化シェル

解像度: 1.871→1.92 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	315	-
R_work	0.34	6101	-
obs	-	-	98.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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