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万見
- PDB-6nx1: STRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN BOUN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nx1
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN BOUND TETHERED WITH SRC CO-ACTIVATOR PEPTIDE AND COMPOUND-3 AKA 1,1,1,3,3,3-HEXAFLUORO-2-{4-[1-(4- LUOROBENZENESULFONYL)CYCLOPENTYL]PHENYL}PROPAN-2-OL
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 fusion
キーワードTRANSFERASE / MULTIPLE BINDING MODES / XENOBIOTIC / PROMISCUOUS / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / PXR / RORgT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / xenobiotic transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histone H2AK5 acetyltransferase activity ...cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / xenobiotic transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / male mating behavior / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / hypothalamus development / steroid metabolic process / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / xenobiotic catabolic process / response to retinoic acid / estrous cycle / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / xenobiotic metabolic process / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cerebellum development / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L7D / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Khan, J.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure-based Discovery of Phenyl (3-Phenylpyrrolidin-3-yl)sulfones as Selective, Orally Active ROR gamma t Inverse Agonists.
著者: Duan, J.J. / Lu, Z. / Jiang, B. / Stachura, S. / Weigelt, C.A. / Sack, J.S. / Khan, J. / Ruzanov, M. / Galella, M.A. / Wu, D.R. / Yarde, M. / Shen, D.R. / Shuster, D.J. / Borowski, V. / Xie, ...著者: Duan, J.J. / Lu, Z. / Jiang, B. / Stachura, S. / Weigelt, C.A. / Sack, J.S. / Khan, J. / Ruzanov, M. / Galella, M.A. / Wu, D.R. / Yarde, M. / Shen, D.R. / Shuster, D.J. / Borowski, V. / Xie, J.H. / Zhang, L. / Vanteru, S. / Gupta, A.K. / Mathur, A. / Zhao, Q. / Foster, W. / Salter-Cid, L.M. / Carter, P.H. / Dhar, T.G.M.
履歴
登録2019年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 fusion
B: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7324
ポリマ－79,7912
非ポリマー9412
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area27530 Å2
2
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 fusion
ヘテロ分子

B: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7324
ポリマ－79,7912
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
Buried area1820 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.195, 89.612, 106.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 fusion / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 39895.633 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PXR-LBD(130-434)WITH TETHERED SRC DOMAIN(678-710) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR, NCOA1, BHLHE74, SRC1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O75469, UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-L7D / 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-(4-{1-[(4-fluorophenyl)sulfonyl]cyclopentyl}phenyl)propan-2-ol


分子量: 470.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17F7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 10-15%(V/V)PEG10K, Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen
PH範囲: 7.5- 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 37903 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 58.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.27→42.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9442 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 1881 4.99 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
obs0.2122 37732 99.85 %-
原子変位パラメータBiso max: 166.73 Å2 / Biso mean: 62.86 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6612 Å20 Å20 Å2
2--0.2395 Å20 Å2
3---6.4217 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.321 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→42.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4526 0 87 61 4674
Biso mean--75.51 55.83 -
残基数----582
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1617SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes722HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4734HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion620SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5489SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4734HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6438HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.64
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 143 5 %
Rwork0.2384 2718 -
all0.2386 2861 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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