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- PDB-6nwx: Structure of mouse GILT, an enzyme involved in antigen processing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nwx
タイトルStructure of mouse GILT, an enzyme involved in antigen processing
要素Gamma-interferon-inducible lysosomal thiol reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Interferon gamma / thioreductase / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / disulfide oxidoreductase activity / MHC class II antigen presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / negative regulation of fibroblast proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / cell junction / lysosome ...oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / disulfide oxidoreductase activity / MHC class II antigen presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / negative regulation of fibroblast proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / cell junction / lysosome / protein stabilization / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase GILT / Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-interferon-inducible lysosomal thiol reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, Y. / Cresswell, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gamma-interferon-inducible lysosomal thiol reductase (GILT). Maturation, activity, and mechanism of action
著者: Cresswell, P.
履歴
登録2019年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-interferon-inducible lysosomal thiol reductase
B: Gamma-interferon-inducible lysosomal thiol reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,84117
ポリマ－43,6002
非ポリマー3,24115
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.440, 44.720, 78.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-573-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...
21(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A52 - 68
121(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A70 - 71
131(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A73
141(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A75 - 120
151(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A52 - 301
161(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A52 - 301
171(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A176 - 190
181(chain A and (resid 52 through 68 or resid 70...A303 - 401
211(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B52 - 68
221(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B70 - 71
231(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B73
241(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B75 - 120
251(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B48 - 301
261(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B48 - 301
271(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B176 - 190
281(chain B and (resid 52 through 68 or resid 70...B303 - 401

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gamma-interferon-inducible lysosomal thiol reductase / Gamma-interferon-inducible protein IP-30 / Lysosomal thiol reductase IP30


分子量: 21800.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifi30, Gilt, Ip30 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9ESY9, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 367分子

#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.42 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES 2.0% PEG400 2.0 M AmSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.388 Å / Num. obs: 37057 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 35.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0784 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 3685 / % possible all: 99.43

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.388 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 1866 5 %
Rwork0.168 --
obs0.1698 37057 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.36 Å2 / Biso mean: 47.5694 Å2 / Biso min: 18.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3007 0 205 356 3568
Biso mean--85.67 56.78 -
残基数----382
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1042X-RAY DIFFRACTION4TORSIONAL
12B1042X-RAY DIFFRACTION4TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.05410.30581420.2622704284699
2.0541-2.11450.26161440.248727252869100
2.1145-2.18270.26841410.217526792820100
2.1827-2.26070.27291440.21312735287999
2.2607-2.35120.22881420.20162703284599
2.3512-2.45810.24221440.195727282872100
2.4581-2.58770.22981440.180227402884100
2.5877-2.74970.24161420.18122702284499
2.7497-2.96180.22611440.177427392883100
2.9618-3.25950.21421440.16762739288399
3.2595-3.73040.17411440.1492720286499
3.7304-4.69680.14421440.12392750289499
4.6968-29.39120.19211470.16652796294398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4011-0.2198-0.08360.5110.15741.0930.0579-0.2996-0.24230.12130.00550.01550.1504-0.0275-0.00040.2755-0.02360.00260.27820.03060.2977-35.7837-12.45835.1363
21.22580.25370.34420.72380.02430.2636-0.0759-0.3237-0.16120.1947-0.0319-0.14680.07040.00040.00020.3076-0.0014-0.00660.34510.0330.3406-26.7416-8.882438.4456
30.72760.2354-0.25890.7181-0.2940.80350.1069-0.0541-0.0767-0.35470.01240.50440.0182-0.41690.00070.2923-0.02730.0280.419-0.00510.3842-50.0425-6.731328.936
40.8067-0.0956-0.1930.3033-0.23260.2678-0.19320.16350.2151-0.1069-0.05350.06920.03380.134-0.00240.3197-0.0147-0.00270.24380.00560.2465-34.49599.032815.1922
50.3927-0.16610.1740.0714-0.0950.7546-0.06390.25450.145-0.21970.0210.0634-0.1440.10740.00130.3636-0.02390.02360.2840.03120.2781-26.981713.289412.8453
60.04930.0397-0.01240.1195-0.16860.289-0.03220.23680.2348-0.2509-0.0269-0.1425-0.27450.2712-00.3462-0.0279-0.03160.35880.03330.4346-20.328116.529718.7427
70.1494-0.0354-0.04940.0939-0.05880.07290.00730.0089-0.08120.38420.1749-0.46960.42490.2782-0.00010.3410.0419-0.02890.3291-0.00410.3404-24.8714.451620.9071
80.1751-0.2680.18290.4159-0.25140.2644-0.08-0.0651-0.0470.3097-0.1135-0.6351-0.19790.2901-0.00010.2918-0.03-0.01070.36390.06340.4391-15.52956.952723.6421
90.11760.05160.07650.1750.07330.0596-0.30930.23640.3761-0.23050.1933-0.6034-0.5260.48050.00340.4587-0.08370.0430.52610.12950.4319-19.249917.76887.8641
100.3703-0.02170.24910.4353-0.16820.2201-0.120.27350.1737-0.27490.04270.5599-0.0986-0.2841-0.02040.42540.0233-0.04890.37740.03410.3163-40.737812.71849.7283
110.0624-0.01880.01040.0066-0.01540.1114-0.22290.0068-0.1202-0.4363-0.12380.61510.7506-0.33410.00310.5985-0.0504-0.02730.4515-0.0520.3606-47.0752-5.857710.5986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 53 through 133 )A53 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 193 )A134 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 194 through 240 )A194 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 53 through 79 )B53 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 80 through 113 )B80 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 114 through 133 )B114 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 134 through 149 )B134 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 150 through 177 )B150 - 177
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 178 through 193 )B178 - 193
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 194 through 225 )B194 - 225
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 226 through 240 )B226 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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