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- PDB-6nvp: Crystal structure of Pseudomonas putida nuclease MPE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nvp
タイトルCrystal structure of Pseudomonas putida nuclease MPE
要素Nuclease MPE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / binuclear metallo-phosphodiesterase/nuclease
機能・相同性Phosphoesterase, MJ0037 / Metallophosphoesterase, DNA ligase-associated / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / hydrolase activity / : / Metallophos domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Goldgur, Y. / Shuman, S. / Ejaz, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R35 GM126945 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Activity and structure ofPseudomonas putidaMPE, a manganese-dependent single-strand DNA endonuclease encoded in a nucleic acid repair gene cluster.
著者: Ejaz, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2019年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease MPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5083
ポリマ－24,3981
非ポリマー1102
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.394, 45.394, 317.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MN

21A-431-

HOH

31A-486-

HOH

41A-504-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nuclease MPE


分子量: 24398.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: PP_1102
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q88NV2
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1 mM Tris-HCl pH 7.4, 20% PEG MME 2000, 5mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 14173 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.345 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→39.312 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 2394 10.03 %
Rwork0.1923 --
obs0.1974 14109 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1565 0 2 105 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8232197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.482953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.04090.38141180.31621014X-RAY DIFFRACTION78
2.0409-2.08530.28951350.28371132X-RAY DIFFRACTION89
2.0853-2.13380.35151360.26511252X-RAY DIFFRACTION95
2.1338-2.18720.32031430.22731292X-RAY DIFFRACTION98
2.1872-2.24630.32611400.22091310X-RAY DIFFRACTION99
2.2463-2.31240.25431390.21411267X-RAY DIFFRACTION98
2.3124-2.3870.26871510.19791303X-RAY DIFFRACTION98
2.387-2.47230.2191320.20021237X-RAY DIFFRACTION98
2.4723-2.57130.22721500.18331296X-RAY DIFFRACTION99
2.5713-2.68830.23241470.18981321X-RAY DIFFRACTION99
2.6883-2.830.2591390.20111322X-RAY DIFFRACTION99
2.83-3.00720.22831440.19921263X-RAY DIFFRACTION97
3.0072-3.23930.28791440.19711304X-RAY DIFFRACTION99
3.2393-3.56510.23891450.18211288X-RAY DIFFRACTION100
3.5651-4.08050.23881460.18291304X-RAY DIFFRACTION99
4.0805-5.13920.19341450.15241274X-RAY DIFFRACTION98
5.1392-39.31990.23841400.20371285X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0484-0.2149-0.54274.4511.11644.33070.14340.37750.0114-0.8469-0.06590.4226-0.2412-1.1918-0.07180.40970.042-0.08450.45690.02650.3926-4.297113.4566168.7535
21.6638-0.25720.23733.34470.35123.10970.09450.29380.2228-0.65490.1121-0.3483-0.77250.1281-0.16230.6718-0.02160.09410.3345-0.00430.431411.139724.0918170.5785
31.662-0.2556-0.3862.14120.06942.4587-0.09160.00070.0886-0.00660.1612-0.0269-0.3754-0.1901-0.05120.37920.0530.01090.38020.00240.32423.909118.8184182.323
41.3724-0.59880.66373.53990.72832.84870.090.1494-0.3154-0.86660.1145-0.14630.3820.0994-0.17720.5985-0.01030.01670.3428-0.03080.38346.66422.8719169.9269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 159 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 160 through 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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