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万見
- PDB-6nvb: Crystal structure of the inhibitor-free form of the serine protea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nvb
タイトルCrystal structure of the inhibitor-free form of the serine protease kallikrein-4
要素Kallikrein-4
キーワードHYDROLASE / protease / klk4
機能・相同性
機能・相同性情報


biomineral tissue development / amelogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / secretory granule / serine-type peptidase activity / protein maturation / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / : ...biomineral tissue development / amelogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / secretory granule / serine-type peptidase activity / protein maturation / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / : / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.636 Å
データ登録者Riley, B.T. / Buckle, A.M. / McGowan, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the inhibitor-free form of the serine protease kallikrein-4.
著者: Riley, B.T. / Hoke, D.E. / McGowan, S. / Buckle, A.M.
履歴
登録2019年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-4
B: Kallikrein-4
C: Kallikrein-4
D: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,79712
ポリマ－96,0524
非ポリマー7458
水19,3481074
1
A: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1052
ポリマ－24,0131
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2934
ポリマ－24,0131
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1052
ポリマ－24,0131
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2934
ポリマ－24,0131
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.602, 65.723, 74.191
Angle α, β, γ (deg.)79.010, 72.910, 77.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Kallikrein-4 / Enamel matrix serine proteinase 1 / Kallikrein-like protein 1 / KLK-L1 / Prostase / Serine protease 17


分子量: 24013.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK4, EMSP1, PRSS17, PSTS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y5K2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1074 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 22% PEG 8000 cryoprotectant = 1:1 glycerol : mother liquor

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid N2 vapor stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.636→35.8 Å / Num. obs: 107669 / % possible obs: 96.78 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06342 / Rpim(I) all: 0.03715 / Rrim(I) all: 0.07355 / Net I/av σ(I): 17.81 / Net I/σ(I): 17.81
反射 シェル解像度: 1.636→1.695 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6866 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 10360 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.4039 / Rrim(I) all: 0.7973 / % possible all: 93.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSNov 1, 2016データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
PHENIX1.14.3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8Y

4k8y


解像度: 1.636→35.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1803 5369 -Random
Rwork0.1541 ---
obs-107659 96.78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.636→35.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6690 0 46 1074 7810
LS精密化 シェル解像度: 1.636→1.695 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 485 -
Rwork0.2494 10360 -
obs--93.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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