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- PDB-6num: The structure of GH32 from Bifidobacteium adolescentis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6num
タイトルThe structure of GH32 from Bifidobacteium adolescentis
要素Beta-fructofuranosidase
キーワードHYDROLASE / GH32 / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller ...: / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-fructofuranosidase / beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lima, M.Z.T. / Muniz, J.R.C.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/16291-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309767/2015-6 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)486546/2013-6 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)308865/2018-9 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of GH32 from Bifidobacteium adolescentis
著者: Lima, M.Z.T. / Muniz, J.R.C.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-fructofuranosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1891
ポリマ－58,1891
非ポリマー00
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.630, 88.630, 114.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-978-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-fructofuranosidase


分子量: 58188.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
遺伝子: B0703_1339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X2ZCY9, UniProt: A1A2J8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M LiCl, 0.1 MMES pH 6.0, 20% (m/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.91 Å / Num. obs: 41542 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2636 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.252 / Rrim(I) all: 0.79 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
TRUNCATEデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→38.378 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 2022 5.06 %
Rwork0.2349 --
obs0.2367 39971 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4043 0 0 459 4502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6485663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1683333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.6481220.6172035X-RAY DIFFRACTION74
1.9475-2.00020.31671310.32372784X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.0590.26461500.23972809X-RAY DIFFRACTION100
2.059-2.12550.28871350.22852791X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20150.27381440.22872796X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.28960.62761060.57292097X-RAY DIFFRACTION75
2.2896-2.39380.24891270.22142835X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.26341410.22232801X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67780.27361590.21022786X-RAY DIFFRACTION100
2.6778-2.88450.25371480.2032803X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.17470.22661810.20762811X-RAY DIFFRACTION100
3.1747-3.63370.24931630.18532799X-RAY DIFFRACTION99
3.6337-4.57690.20641660.17642795X-RAY DIFFRACTION98
4.5769-38.38560.17661490.15993007X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.8742 Å / Origin y: -10.2285 Å / Origin z: 4.3576 Å
111213212223313233
T0.151 Å2-0.0139 Å20.0354 Å2-0.1026 Å20.0329 Å2--0.1648 Å2
L0.441 °20.105 °20.0084 °2-0.6046 °2-0.331 °2--0.819 °2
S0.0758 Å °-0.0366 Å °0.0608 Å °0.1154 Å °0.0166 Å °0.1066 Å °-0.044 Å °-0.0102 Å °-0.0822 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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