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- PDB-6nu4: Solution structure of the Arabidopsis thaliana RALF8 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nu4
タイトルSolution structure of the Arabidopsis thaliana RALF8 peptide
要素Protein RALF-like 8
キーワードPLANT PROTEIN / Rapid alkalinization factor-8 / cysteine-rich plant peptide / plant growth / pollen tube generation
機能・相同性Rapid ALkalinization Factor / Rapid ALkalinization Factor (RALF) / regulation of root meristem growth / apoplast / calcium-mediated signaling / hormone activity / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / Protein RALF-like 8
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lee, W. / Markley, J.L. / Frederick, R.O. / Miyoshi, H. / Tonelli, M. / Cornilescu, G. / Cornilescu, C. / Sussman, M.R.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA073808 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 RR02301 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM66326 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RR02781 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RR08438 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMB-8415048 米国
National Science Foundation (NSF, United States)OIA-9977486 米国
National Science Foundation (NSF, United States)BIR-9214394 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Function and solution structure of the Arabidopsis thaliana RALF8 peptide.
著者: Frederick, R.O. / Haruta, M. / Tonelli, M. / Lee, W. / Cornilescu, G. / Cornilescu, C.C. / Sussman, M.R. / Markley, J.L.
履歴
登録2019年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein RALF-like 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2481
ポリマ－6,2481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6840 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein RALF-like 8


分子量: 6248.083 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 27-82 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RALFL8, At1g61563, T25B24 / プラスミド: pE-SUMO(Kan) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1ECR9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D CBCA(CO)NH
141isotropic23D HN(CA)CO
151isotropic23D HNCO
1111isotropic22D 1H-13C HSQC
1101isotropic23D C(CO)NH
191isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM [U-13C; U-15N] Rapid ALkalinization Factor-8 (RALF8), 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: Rapid ALkalinization Factor-8 (RALF8) / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS6001
Varian VNMRSVarianVNMRS8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SMILEJ. Ying, F. Delaglio, D.A. Torchia, and A. Bax解析
NMRFAM-SPARKYW. Lee, M. Tonelli, J.L. Markleypeak picking
NMRFAM-SPARKYW. Lee, M. Tonelli, J.L. Markleychemical shift assignment
I-PINEW. Lee, A. Bahrami, H. Dashti, H.R. Eghbalnia, M. Tonelli, W.M. Westler, J.L. Markleychemical shift assignment
TALOS-NY. Shen, A. Baxstructure calculation
PECANEghbalnia, Wang, Bahrami, Assadi, and Markleystructure calculation
PONDEROSA-C/SW. Lee, J.L. Stark, J.L. Markleystructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
AUDANAW. Lee, C.M. Petit, G. Cornilescu, J.L. Stark, J.L. Markleystructure calculation
PONDEROSA-C/SW. Lee, J.L. Stark, J.L. Markley精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 11 / 詳細: torsion angle dynamics, simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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