PDB-6nso: An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nso

タイトル

An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase

要素

Quinolinate synthase A

キーワード

TRANSFERASE / quinolinic acid / biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Silakov, A. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB - 1716686	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE - 1659679	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	GM - 122595	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: An Unexpected Species Determined by X-ray Crystallography that May Represent an Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase.
著者: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Warui, D.M. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.

履歴

登録	2019年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nso.cif.gz	144.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nso.ent.gz	111.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nso_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nso_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	6nso_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	6nso_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/6nso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/6nso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nsuC 6or8C 6oraC 1wzuS 4zk6 4zkz PDB 未公開エントリ 5feu 5fev PDB 未公開エントリ 5ffk PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ora-2 5kto-d 6nsu-d 4zk6-1 4zk6-2 6g74-1 6i0k-d 5f3d-d 6i0r-d 5lqm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Quinolinate synthase A

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.400, 52.790, 55.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Quinolinate synthase A 分子量: 34190.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: nadA, PH0013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3) / 参照: UniProt: O57767, quinolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 30% PEG 4000, 5 MM ASP, 10 MM DHAP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月23日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→33.77 Å / Num. obs: 31790 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 62.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WZU

1wzu

解像度: 1.6→33.77 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	2004	6.31 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.186	31775	94.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2383	0	18	299	2700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.466	3418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.277	1592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3175	96	0.2712	1438	X-RAY DIFFRACTION	64
1.64-1.6844	0.3243	119	0.2583	1642	X-RAY DIFFRACTION	74
1.6844-1.7339	0.2632	121	0.2415	1924	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7339-1.7899	0.2501	138	0.2225	2128	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7899-1.8539	0.2595	150	0.2191	2236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8539-1.9281	0.2688	158	0.2096	2263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9281-2.0158	0.2076	142	0.1915	2251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.1221	0.2313	154	0.185	2256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1221-2.255	0.217	156	0.1765	2253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.4291	0.2249	152	0.1744	2254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4291-2.6734	0.2263	148	0.19	2263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6734-3.0601	0.2343	155	0.1929	2269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0601-3.8545	0.2087	158	0.1625	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8545-33.7734	0.1722	157	0.1552	2319	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3178	-0.9657	4.134	5.7114	4.6311	8.4448	0.4532	0.0008	0.1524	0.288	-0.2738	0.5932	0.0666	-1.2904	-0.178	0.1583	0.0207	0.0597	0.3359	0.0673	0.2052	-20.981	9.6824	37.4983
2	1.7826	-0.2728	-0.0659	1.4375	0.5929	7.1865	0.1155	-0.0485	0.1977	0.0781	0.0736	0.1169	-0.2096	-0.2593	-0.1875	0.121	0.0138	0.0317	0.0929	0.025	0.1215	-12.3247	11.2118	28.3726
3	1.861	-0.0219	-0.9858	0.5783	-0.4753	7.8269	0.2519	-0.0303	-0.0393	0.131	-0.0578	-0.1624	-0.5417	0.1035	-0.1786	0.317	-0.0142	-0.0795	0.2419	0.0312	0.4695	-0.7734	16.6636	25.211
4	5.2623	1.4516	0.9752	1.9244	-0.3724	4.809	0.1314	-0.0096	-0.0062	0.0328	-0.0012	-0.2208	-0.0295	0.052	-0.1212	0.1015	0.0189	0.004	0.0822	0.014	0.1073	-1.3374	7.2772	29.6707
5	3.2677	0.0179	-0.884	2.5602	0.0911	4.7587	0.0234	0.0113	0.1503	0.0026	0.1591	-0.2641	-0.1692	0.3259	-0.137	0.0876	-0.009	-0.0007	0.0973	0.004	0.1199	-1.7636	2.6459	29.3637
6	3.8272	0.425	-0.8193	1.7221	-0.1357	3.6541	-0.193	0.064	-0.3523	-0.0119	-0.0293	-0.2061	0.2536	0.0265	0.1977	0.1529	0.0117	0.0088	0.1237	-0.0041	0.2282	13.437	3.6175	15.2381
7	4.6843	1.2925	-0.5932	2.6946	-0.9999	2.7738	-0.2598	0.3034	-0.254	-0.2991	-0.0335	-0.4535	0.2858	0.3937	0.2647	0.158	0.0282	0.0356	0.1713	0.0132	0.1552	5.918	2.0848	6.8669
8	9.2022	-1.8939	3.0253	6.1712	-0.6842	2.0123	0.4004	0.6999	-0.4281	-0.5685	-0.1255	0.099	0.7287	-0.2906	-0.2464	0.2486	0.0077	-0.0001	0.2055	-0.0539	0.1193	-11.895	0.7953	-1.5042
9	4.7849	-0.8457	1.2278	2.7156	-0.4177	3.2133	-0.0546	0.4786	0.1321	-0.3949	-0.1095	-0.0968	0.0899	0.1715	0.1477	0.15	-0.0183	0.0199	0.1407	0.016	0.0688	-8.0498	8.3774	0.6859
10	3.6839	-0.9922	0.0539	4.0444	-0.2182	3.2933	-0.0686	0.0262	0.0432	-0.126	-0.0315	0.0588	-0.0548	0.0023	0.0913	0.0782	-0.0126	-0.013	0.0793	0.0122	0.0418	-14.6821	12.2984	9.0744
11	1.9109	-0.7079	-0.2661	1.6571	0.6744	3.1321	-0.0084	-0.1242	-0.0097	0.1476	0.0548	0.0001	0.1547	-0.241	-0.0367	0.1186	-0.0085	-0.0038	0.0772	0.0453	0.0877	-9.8274	1.231	32.7221
12	4.5183	1.3357	-0.9788	5.8349	-4.0494	2.0216	0.0826	-0.0547	-0.0358	0.4264	-0.1567	-0.448	-0.9429	0.4717	0.0985	0.2574	0.0013	-0.0398	0.2429	-0.0931	0.3233	12.5031	10.9917	25.6268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 12:36)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 37:49)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 50:68)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 69:86)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 87:143)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 144:173)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 174:185)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 186:212)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 213:255)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 256:281)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 282:299)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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