PDB-6ns7: Crystal structure of murine caspase-11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ns7

タイトル

Crystal structure of murine caspase-11

要素

Caspase-11

キーワード

IMMUNE SYSTEM / inflammation / enzyme / caspase / pyroptosis

機能・相同性

機能・相同性情報

caspase-11 / non-canonical inflammasome complex / Pyroptosis / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / NLRP1 inflammasome complex / CARD domain binding / NOD1/2 Signaling Pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of murine caspase-11
著者: Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S.

履歴

登録	2019年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ns7.cif.gz	407.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ns7.ent.gz	336.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ns7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/6ns7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/6ns7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e4cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hzo-1 3zhh-3 5kx7-1 6b5x-4 1y52-d 4f0e-2 2y91-2 2bsx-d 3emv-d 4ehk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (19) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (5) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (17) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Caspase-11

B: Caspase-11

C: Caspase-11

D: Caspase-11

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Caspase-11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Caspase-11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Caspase-11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Caspase-11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	120.712, 121.092, 78.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Caspase-11 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3 分子量: 32353.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25mM Bis-Tris, 0.2M ammonium sulfate, and 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.93 Å / Num. obs: 86796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 10.62
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 14012 / CC_1/2: 0.765 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3e4c

3e4c

解像度: 2.4→47.927 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	1991	4.36 %
R_work	0.1943	-	-
obs	0.1963	45613	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7764	0	20	103	7887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.32	10717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.419	4755
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4003-2.4604	0.333	139	0.2776	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4604-2.5269	0.3409	140	0.2706	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5269-2.6012	0.31	139	0.2502	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6012-2.6852	0.337	141	0.2477	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6852-2.7811	0.2957	143	0.2303	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7811-2.8925	0.304	141	0.2393	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8925-3.0241	0.2858	141	0.2343	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0241-3.1835	0.3249	137	0.2187	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1835-3.3829	0.2177	143	0.215	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3829-3.644	0.2492	138	0.1877	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.644-4.0106	0.2072	145	0.1721	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0106-4.5905	0.2047	146	0.1546	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5905-5.782	0.2163	146	0.174	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
5.782-47.9363	0.2125	152	0.1836	3313	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9113	2.7523	4.0362	8.3257	-1.9936	3.6889	0.405	0.5247	-0.15	-0.247	-0.327	-0.8843	-0.0335	1.0335	-0.1637	0.515	-0.1134	0.295	0.6839	0.0121	0.9697	-4.8933	12.8829	-41.1441
2	2.1215	0.7766	0.8086	3.4101	0.4532	2.9688	0.1997	0.022	0.9495	-0.3599	0.0572	-0.3775	-0.0613	0.0451	-0.2429	0.4993	0.0018	0.1512	0.2155	0.0712	0.554	-26.5031	16.8451	-38.7281
3	5.1894	1.1572	-0.0802	4.3942	1.053	3.8928	0.2996	0.1065	0.7553	-0.4316	-0.2303	0.3301	-0.4148	-0.412	-0.0915	0.4824	0.0983	0.1024	0.2832	0.032	0.5073	-33.4617	14.8749	-40.506
4	5.125	0.4339	0.2324	3.5576	1.7926	3.0812	0.4552	-0.5902	0.2506	0.2114	-0.1398	-0.4127	0.073	0.1216	-0.2864	0.4697	-0.0701	0.1036	0.2592	-0.0253	0.4713	-22.6069	6.4038	-31.4111
5	9.0878	3.2711	1.0501	8.5683	6.2429	2.1608	-0.452	-0.4737	-0.0158	0.4576	0.2941	-0.5604	-0.1192	1.0163	0.227	0.6111	0.1238	-0.297	0.6185	-0.0326	0.8523	-5.6037	-16.1638	-38.2624
6	9.8218	-2.7579	4.2084	4.8247	-0.4846	9.1001	0.4178	-0.4339	-0.7181	1.0779	0.1822	-0.8912	0.2403	0.7691	-0.5977	0.6478	-0.0593	-0.124	0.2969	0.0258	0.478	-18.3878	-18.0519	-32.3872
7	4.7225	0.3624	0.6078	2.5589	0.8166	4.0536	0.327	0.0776	-0.8541	0.2433	-0.1818	0.3379	0.6073	-0.3989	-0.1069	0.4085	-0.0749	-0.0366	0.2984	-0.0473	0.5538	-33.0263	-21.9935	-41.8327
8	6.5392	-0.0017	0.7579	5.502	0.6695	5.5063	0.3286	-0.3759	-0.0975	0.7073	-0.3441	0.6653	0.1741	-0.929	0.0941	0.4111	-0.0868	0.0956	0.308	-0.0147	0.4152	-37.6806	-11.795	-37.1821
9	4.8786	-1.2555	-1.0637	5.7891	1.512	5.1098	0.285	0.5445	0.0224	-0.262	-0.2322	-0.3366	-0.5543	0.0639	-0.0934	0.3446	-0.0024	-0.0072	0.2549	-0.0148	0.3652	-23.2734	-8.7353	-47.49
10	3.3034	-0.4728	0.6633	1.9648	1.6232	5.0609	-0.0275	-0.2881	1.3242	1.0508	0.3457	0.9289	-2.0629	0.2846	-0.3925	2.1447	-0.2568	0.3566	0.7998	-0.296	1.2595	12.2699	-10.6321	6.1556
11	5.1824	-0.3775	-1.8805	4.4905	0.3518	3.9878	0.0389	-0.9425	0.1674	0.5129	0.1643	-0.713	-0.5361	0.9369	-0.2387	0.4457	-0.168	-0.0676	0.8621	-0.0608	0.4797	18.482	-33.722	5.0652
12	7.3683	-8.0287	-0.9664	2.1715	-3.2872	8.735	-0.1893	-0.1586	-1.0718	-0.6833	0.0116	0.2028	1.0433	0.4571	0.2136	0.5474	-0.0694	0.1562	0.4422	-0.0486	0.7432	13.0825	-51.3984	-4.133
13	6.0053	-0.0017	-0.5481	9.5762	6.182	2.2819	-0.0741	-1.2537	-0.0772	1.4711	-0.3192	0.6946	0.4953	-0.0243	0.5217	0.6479	-0.0349	0.0485	0.844	0.0646	0.4051	8.356	-39.3235	12.1399
14	4.248	-0.6278	-3.536	6.0445	-0.4834	2.8433	-0.2417	0.0417	-0.3457	-0.0309	0.0835	-0.1464	0.1673	-0.032	0.0222	0.2726	-0.0849	0.0058	0.5955	-0.1321	0.3949	8.5916	-36.6603	-4.033
15	2.2749	-1.1918	-0.0501	6.6789	5.0582	7.6969	0.2591	0.7142	1.3811	-0.7108	0.2387	0.0062	-1.6484	0.1384	-0.4583	0.6592	-0.0584	0.1875	0.663	0.0688	0.6076	8.8485	-23.2369	-6.9788
16	8.0559	2.3026	-2.1141	7.5442	-1.9013	7.4364	0.4456	0.3127	0.7039	0.2033	-0.1367	-0.1455	-1.0613	-0.2909	-0.4246	0.3289	0.0996	0.0987	0.5078	-0.0023	0.494	5.744	-26.8139	-0.602
17	1.743	-0.0782	2.0801	5.3516	-1.0432	4.4705	-0.4956	-0.0956	0.9116	-0.8046	-0.1393	-0.2781	-1.3068	0.1268	0.2795	1.7776	0.5419	0.6049	1.1296	0.6731	1.7372	-15.2534	-10.8754	-5.2102
18	3.6355	1.0767	-1.1446	4.0326	-0.7382	3.7815	-0.0749	1.2844	0.4785	-0.2382	0.5396	0.8195	-0.4467	-1.4258	-0.5031	0.4482	0.1861	0.025	1.3501	0.2807	0.6364	-20.4152	-34.6409	-4.6888
19	9.0767	2.3451	-2.0734	9.2151	2.6312	6.3284	-0.4558	0.5738	-0.9545	0.6317	0.3549	0.3538	0.995	-0.5096	0.1375	0.5202	-0.0552	0.1541	0.5771	-0.0265	0.5367	-14.1174	-52.203	4.1582
20	5.1867	0.7959	-1.2749	7.1971	-3.5059	7.4803	-0.1442	1.8549	-0.043	-0.9202	0.3153	-0.3473	0.1703	-0.541	-0.1239	0.3885	0.0212	0.071	1.0351	0.0407	0.4833	-9.408	-38.3743	-8.7203
21	6.7627	0.6084	-2.3716	3.8965	-1.0091	4.8465	0.5686	0.0173	1.1585	0.5644	0.0906	0.5562	-1.2919	-0.351	-0.6756	0.7181	0.1868	0.2591	0.6319	0.0976	0.5696	-11.3571	-28.8994	8.4528
22	6.7557	-1.8505	0.477	6.1921	0.4642	3.8414	0.4506	0.723	1.088	-0.1383	0.3413	0.1128	-1.025	-0.9349	-0.8704	0.5108	0.0884	0.161	0.7255	0.2324	0.6042	-7.9974	-27.1957	1.033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 100 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 295 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 296 through 373 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 100 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 117 through 138 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 139 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 205 through 295 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 296 through 373 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 100 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 117 through 204 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 205 through 223 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 224 through 245 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 246 through 316 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 317 through 348 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 349 through 373 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 100 through 116 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 117 through 204 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 205 through 223 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 224 through 295 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 296 through 348 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 349 through 373 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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