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- PDB-6nry: Crystal structure of human caspase-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nry
タイトルCrystal structure of human caspase-4
要素Caspase-4
キーワードIMMUNE SYSTEM / inflammation / caspase / pyroptosis / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / NLRP1 inflammasome complex / non-canonical inflammasome complex assembly / CARD domain binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / protein maturation / protein autoprocessing ...caspase-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / NLRP1 inflammasome complex / non-canonical inflammasome complex assembly / CARD domain binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / protein maturation / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / lipopolysaccharide binding / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. ...Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.184 Å
データ登録者Yang, J. / Liu, Z. / Shi, W. / Xiao, T.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM127609 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human caspase-4
著者: Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9182
ポリマ－32,8261
非ポリマー921
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.687, 163.383, 103.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / ICE and Ced-3 homolog 2 / ICH-2 / ICE(rel)-II / Mih1 / Protease TX


分子量: 32826.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49662, caspase-4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25mM Bis-Tris, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→27.6 Å / Num. obs: 18369 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.876 / Rrim(I) all: 0.752 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3e4c

3e4c


解像度: 2.184→27.592 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 1837 10 %
Rwork0.1947 --
obs0.199 18369 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.184→27.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 6 75 2067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9042744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0811238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1835-2.24250.32711300.27061169X-RAY DIFFRACTION93
2.2425-2.30850.28651400.23391262X-RAY DIFFRACTION100
2.3085-2.3830.27891410.23381265X-RAY DIFFRACTION100
2.383-2.46810.32111370.24061234X-RAY DIFFRACTION100
2.4681-2.56680.32461420.23291280X-RAY DIFFRACTION100
2.5668-2.68360.291390.2181257X-RAY DIFFRACTION100
2.6836-2.82490.26991410.21591262X-RAY DIFFRACTION100
2.8249-3.00170.26331420.2211273X-RAY DIFFRACTION100
3.0017-3.23310.22411410.21991267X-RAY DIFFRACTION100
3.2331-3.55790.251420.20771284X-RAY DIFFRACTION100
3.5579-4.07130.2151440.17731298X-RAY DIFFRACTION100
4.0713-5.1240.1851450.15131306X-RAY DIFFRACTION100
5.124-27.59460.23151530.18771375X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.673-0.3441-0.72751.46181.56512.0359-0.0859-0.2812-0.06731.2452-0.2375-0.74190.67970.5707-0.06630.82450.0655-0.34720.45590.08050.503815.583613.746711.2886
21.7374-1.0135-0.29264.68580.4312.00310.24130.19430.1034-0.1991-0.2438-0.2054-0.001-0.03070.00040.2780.0343-0.05610.41650.00850.36678.820926.516-6.6185
30.31320.055-0.42730.18340.28230.77880.25890.1888-0.2489-0.6741-0.31770.19250.2599-0.38720.00160.65020.1353-0.18540.579-0.10910.4351-0.00522.8902-16.8471
41.58780.04340.13361.9818-0.44491.73770.07830.0135-0.13070.3112-0.24640.32010.496-0.1746-0.00070.3761-0.0102-0.06090.3937-0.04480.35271.994820.0761-1.6859
50.340.57140.18882.16020.04182.35390.077-0.3403-0.09250.8226-0.04550.29610.5243-0.3809-0.00040.6709-0.12460.03850.4846-0.04030.5477-0.266517.60738.7826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 105 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 217 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 218 through 237 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 238 through 333 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 334 through 377 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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