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- PDB-6nrw: Crystal structure of Dpr1 IG1 bound to DIP-eta IG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nrw
タイトルCrystal structure of Dpr1 IG1 bound to DIP-eta IG1
要素
  • DPR1
  • Dpr-interacting protein eta, isoform B
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Glycoprotein / Neuronal / Cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


salt aversion / sensory perception of salty taste / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / neuron projection membrane ...salt aversion / sensory perception of salty taste / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / neuron projection membrane / plasma membrane => GO:0005886 / synapse organization / membrane => GO:0016020 / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Zwei Ig domain protein zig-8 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Zwei Ig domain protein zig-8 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DPR1 / Dpr-interacting protein eta, isoform B
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cheng, S. / Park, Y.J. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS097161 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of synaptic specificity by immunoglobulin superfamily receptors in Drosophila.
著者: Cheng, S. / Ashley, J. / Kurleto, J.D. / Lobb-Rabe, M. / Park, Y.J. / Carrillo, R.A. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support ...chem_comp / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPR1
B: Dpr-interacting protein eta, isoform B
C: DPR1
D: Dpr-interacting protein eta, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,31312
ポリマ－52,3594
非ポリマー2,9548
水1,51384
1
A: DPR1
B: Dpr-interacting protein eta, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6756
ポリマ－26,1802
非ポリマー1,4954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
2
C: DPR1
D: Dpr-interacting protein eta, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6386
ポリマ－26,1802
非ポリマー1,4584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.084, 74.084, 235.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DPR1


分子量: 13238.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dpr1, dpr, CG13439 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8T603
#2: タンパク質 Dpr-interacting protein eta, isoform B / Dpr-interacting protein eta / isoform D


分子量: 12940.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DIP-eta, 14010, CT33567, Dmel\CG14010, CG14010, Dmel_CG14010
細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VMN9

-
糖 , 5種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 87分子

#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6, 20% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月9日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25092 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.422 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.77 / Rrim(I) all: 0.732 / Χ2: 0.791 / % possible all: 55.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3112: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EO9

5eo9


解像度: 2.4→43.57 Å / SU ML: 0.3 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.63
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 1247 4.98 %Random selection
Rwork0.2122 ---
obs0.2138 25031 93.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 192 84 3679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9955041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5742204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3952-2.4910.3415860.31411664X-RAY DIFFRACTION61
2.491-2.60440.29841240.28962389X-RAY DIFFRACTION87
2.6044-2.74170.32331420.27542716X-RAY DIFFRACTION97
2.7417-2.91340.33281420.26292733X-RAY DIFFRACTION98
2.9134-3.13830.35381460.25252748X-RAY DIFFRACTION99
3.1383-3.4540.24391450.21922797X-RAY DIFFRACTION99
3.454-3.95360.21661480.2032821X-RAY DIFFRACTION99
3.9536-4.97990.19031520.15962874X-RAY DIFFRACTION100
4.9799-43.57790.22051620.20223042X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0544-3.36811.9965.4423-1.79795.84030.38030.67290.2531-0.2114-0.637-0.1357-0.59931.05760.24820.4083-0.11960.12050.3819-0.03080.38291.6852-18.9707-39.9248
26.0097-2.93741.83698.0934-3.81456.87260.1577-0.19590.5740.4931-0.389-0.2575-0.50290.78470.15610.3696-0.15250.03310.4439-0.10990.35473.0298-18.9923-32.0556
35.4654-0.8708-1.18392.6646-3.2685.3486-0.2542-0.5230.0670.12820.42470.0799-0.10970.6377-0.17270.3984-0.00540.02020.2949-0.04070.3162-2.7084-28.4403-25.2184
45.28350.8436-0.11734.7382-5.04065.2708-0.5661-0.7928-0.0561.26450.3214-1.5636-1.96420.77160.39680.7653-0.1381-0.01220.8015-0.20120.673.9976-16.8011-26.3672
56.9808-0.78881.23021.8139-0.79315.7055-0.0796-0.0857-0.3219-0.0170.2418-0.1970.30370.982-0.17530.3670.02440.07560.4031-0.07450.32651.4153-28.7028-32.2001
63.7427-1.7495.90560.8062-2.73559.30210.82210.483-1.96390.79640.9537-1.21221.55050.1396-0.33861.03330.1194-0.06920.50540.0430.7597-8.0696-37.9278-7.1427
72.00622.68335.52955.91170.78833.0629-0.17580.2417-1.00940.05140.80360.27460.5357-0.4031-0.33620.6489-0.02960.23540.46030.03810.551-21.6381-38.0942-19.5417
85.72820.2913.39876.277-2.67646.9828-1.40.42550.54730.34020.69020.7629-0.7676-1.32620.08790.3258-0.00450.11841.20140.14090.5926-33.4388-26.2663-31.018
96.8065-3.87864.40754.4202-0.29684.84420.7675-0.495-0.6756-0.02570.02930.9391.0438-0.4205-0.43080.5646-0.08830.1760.39670.00630.5274-23.2863-31.2937-18.9971
102.2283-0.1326-1.91513.09970.76272.40640.0408-0.2805-0.08490.3630.0351-0.14950.491.0283-0.23240.43610.02090.10670.341-0.02480.2864-13.4115-29.4236-18.2959
115.76572.13460.76244.7389-1.45337.9287-0.06210.06830.249-0.29910.3374-0.3909-0.2169-0.4897-0.20980.26250.02020.07170.12060.01810.2829-13.9678-26.9054-30.5766
124.8241.30740.39424.6553-2.69718.02540.51940.39231.13620.4292-0.17830.3943-1.39910.0401-0.13060.49620.08230.11220.3731-0.01160.4619-17.4191-18.1551-25.5028
135.52231.63070.56374.0294-0.79486.84650.2619-0.44420.40380.2838-0.1166-0.08430.0801-1.0922-0.41090.38130.06490.11850.4651-0.01210.3531-22.247-25.118-17.6079
149.3516-4.2674-4.0424.25874.28154.3616-0.52130.3163-0.0135-0.17710.54060.9469-0.75-0.23670.12390.53710.02560.04780.73520.1940.6062-27.4639-23.7988-35.5797
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215.2495-1.8166-1.61067.27121.48483.4817-0.08570.68090.2239-0.00770.14920.58950.1841-1.00820.02350.3317-0.1072-0.03280.61990.08020.2894-18.4005-28.2827-52.4709
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275.32590.80083.90175.45242.43633.3290.42121.0882-0.1035-0.31830.17050.3911-0.45750.528-0.54080.5212-0.08660.1860.7591-0.05210.64146.9787-25.7155-69.8147
282.9036-3.1175-2.07556.83947.28878.9-0.022-0.4723-0.0643-0.45080.7006-0.1614-1.12871.1188-0.58180.6335-0.12070.24770.37010.00740.57333.4575-7.9241-57.5177
297.89216.27414.2027.6320.90087.87660.85810.1946-0.50050.3105-0.2015-0.4443-0.25860.9605-0.59750.6812-0.1460.06830.92830.04940.32030.065-25.752-73.0744
303.4113-0.51731.88811.78991.14482.22750.22240.231-0.0919-0.06090.55540.3861-0.74550.2447-0.76610.4903-0.15190.05990.33940.05030.3997-3.5572-21.1808-55.8121
314.5417-0.3294-1.49663.73190.5885.34030.31030.43250.4664-0.4434-0.1814-0.1787-0.204-0.57790.17010.45180.00850.09490.52540.07080.4406-10.6464-15.0844-59.4629
327.4529-1.8147-1.06264.97723.59564.4364-0.1111.05190.415-0.90640.256-0.03320.4747-0.9227-0.14330.7401-0.16470.08260.50490.11330.4304-1.8447-13.8016-67.1007
337.8709-5.8045.71264.2461-4.19124.17250.27090.27921.1406-0.2248-0.5488-0.4551-0.39490.61070.33610.6595-0.07790.23510.43490.03780.7764-1.5194-8.0656-49.2798
340.8760.2257-0.04754.48512.38853.68890.15940.30230.0210.21710.3102-0.4910.5694-0.1659-0.41380.522-0.15590.09880.4597-0.06420.52353.5402-22.4402-58.1042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 120 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 121 through 155 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 43 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 44 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 59 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 60 through 67 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 68 through 78 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 79 through 87 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 88 through 97 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 98 through 112 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 113 through 120 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 121 through 127 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 128 through 132 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 133 through 142 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 50 through 61 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 62 through 66 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 67 through 73 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 74 through 89 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 90 through 98 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 99 through 108 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 109 through 120 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 121 through 144 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 145 through 155 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 38 through 51 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 52 through 65 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 66 through 73 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 74 through 87 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 88 through 97 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 98 through 112 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 113 through 120 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 121 through 142 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る