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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nr7 | ||||||
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タイトル | Rerefinement of chicken vinculin | ||||||
![]() | Vinculin | ||||||
![]() | CELL ADHESION / focal adhesions / cytoskeleton interaction / cell spreading / force transmission | ||||||
機能・相同性 | ![]() muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens ...muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / muscle alpha-actinin binding / MAP2K and MAPK activation / alpha-catenin binding / vinculin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / apical junction assembly / adherens junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / alpha-actinin binding / brush border / skeletal muscle myofibril / stress fiber / regulation of cell migration / Neutrophil degranulation / cell projection / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / neuromuscular junction / sarcolemma / Z disc / beta-catenin binding / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / scaffold protein binding / mitochondrial inner membrane / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stec, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined model of chicken vinculin suggests the mechanism of activation by helical super-bundle unfurling 著者: Stec, D.L. / Stec, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 359.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 119327.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-KYG / ( | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97955 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→46.96 Å / Num. obs: 25853 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 98.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/av σ(I): 17.1 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.1 Å / Num. unique obs: 2481 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1st6 解像度: 3→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 71.95 / SU ML: 0.582 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 113.205 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→46.96 Å
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拘束条件 |
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