PDB-6nr7: Rerefinement of chicken vinculin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nr7

タイトル

Rerefinement of chicken vinculin

要素

Vinculin

キーワード

CELL ADHESION / focal adhesions / cytoskeleton interaction / cell spreading / force transmission

機能・相同性

機能・相同性情報

muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Stec, B.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Refined model of chicken vinculin suggests the mechanism of activation by helical super-bundle unfurling
著者: Stec, D.L. / Stec, B.

履歴

登録	2019年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nr7.cif.gz	433.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nr7.ent.gz	359.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1st6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kh6-d 6860 5439 6t5a-d 3zk4-d 7coh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vinculin

ヘテロ分子

120 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.020, 126.947, 351.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Vinculin / Metavinculin 分子量: 119327.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: VCL, VINC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12003
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-KYG / (1R,2R,3S,4R,5R,6S)-4-{[(S)-[(2S)-2,3-dihydroxypropoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}-3,5,6-trihydroxycyclohexane-1,2-diyl bis[dihydrogen (phosphate)] 分子量: 494.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₂₁O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97955 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97955 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→46.96 Å / Num. obs: 25853 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 98.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/av σ(I): 17.1 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.99→3.1 Å / Num. unique obs: 2481

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1st6

1st6

解像度: 3→46.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 71.95 / SU ML: 0.582 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31466	1134	4.4 %	RANDOM
R_work	0.21913	-	-	-
obs	0.22382	24589	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 113.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→46.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8336	0	49	58	8443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	8496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.652	11486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.209	1.581	18921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.087	5	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.023	22.54	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.858	15	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.246	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.219	9.815	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.216	9.815	4342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.508	14.719	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.507	14.719	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.703	10.174	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.689	10.15	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.972	15.183	6042
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.071		9458
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.07		9459
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	0.386	1778	-
obs	-	-	95.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3379	0.3737	0.0671	0.4417	0.0837	0.018	-0.0208	0.0436	-0.0096	0.0513	0.0399	-0.0337	0.0122	-0.0105	-0.0192	0.34	0.0882	-0.0454	0.2685	0.0243	0.1749	32.3436	119.615	166.0681
2	0.3971	0.1563	0.3531	0.5655	0.4705	1.2186	-0.0607	-0.0469	-0.2386	0.1902	-0.0756	0.0837	0.0978	-0.0256	0.1362	0.4791	-0.0284	0.0506	0.0166	0.0283	0.2952	12.6462	128.837	147.0324
3	0.4627	0.013	-1.0349	0.6953	-0.3182	2.6848	0.0057	0.0623	-0.0133	0.0261	-0.0266	-0.0429	-0.1646	0.0773	0.0209	0.3671	-0.0313	0.0224	0.2224	0.0197	0.0765	40.6258	135.0677	110.3005
4	1.5064	0.3213	-0.1296	1.5991	-1.0928	0.7552	-0.1511	0.0341	0.1856	0.3486	0.1384	0.0163	-0.2188	-0.0919	0.0127	0.5929	0.0556	0.0865	0.0164	0.0213	0.1105	32.584	114.8725	141.9627
5	2.2442	0.764	1.2122	1.8968	-0.0621	0.8235	0.117	-0.0197	0.2743	-0.1312	-0.2105	0.1089	0.1393	0.1305	0.0936	0.316	0.0384	0.0425	0.312	-0.0633	0.1387	39.8458	154.4865	124.1586
6	0.0464	0.1651	-0.0334	1.4003	0.0631	0.8498	-0.0009	0.059	-0.0414	-0.097	-0.1483	0.0089	0.0403	0.0517	0.1491	0.3747	0.0471	0.0012	0.2735	-0.114	0.1215	15.2686	140.64	104.9544
7	0.6709	-0.1919	0.5661	0.389	0.0278	2.2125	-0.09	0.144	0.115	-0.0599	0.0015	0.0891	0.1467	-0.444	0.0886	0.4904	0.0359	-0.0723	0.3176	0.0626	0.0685	7.2064	160.9883	102.7849
8	0.4423	0.0848	-0.1419	0.0512	-0.0139	0.0579	-0.0315	-0.1784	-0.0716	0.0308	-0.0235	0.0764	0.0783	0.0456	0.055	0.5548	0.004	-0.0989	0.1057	0.0116	0.335	25.9293	198.5247	135.7891
9	1.4883	-1.1202	-1.2097	0.9894	0.8801	1.0026	0.2712	0.0183	0.6786	-0.0268	0.1622	-0.771	-0.1192	-0.0547	-0.4333	0.5462	-0.02	-0.1601	0.1491	-0.1617	0.7803	30.7564	178.9228	156.2562
10	0.5835	-0.5698	-0.066	1.4204	-0.5595	0.9905	-0.026	-0.0968	0.0097	0.1199	-0.0294	-0.1786	-0.0832	-0.0105	0.0554	0.4434	-0.0256	-0.0652	0.0579	0.0418	0.1058	22.626	156.2617	146.7302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-19 - 1
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	253 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	366 - 487
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	488 - 590
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	591 - 758
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	759 - 838
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	839 - 864
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	865 - 895
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	896 - 1066

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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