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- PDB-6nr1: The X-ray crystal structure of Streptococcus pneumoniae Fatty Aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nr1
タイトルThe X-ray crystal structure of Streptococcus pneumoniae Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein loaded with Vaccenic acid (C18:1 delta11) to 2.1 Angstrom resolution
要素Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
キーワードTRANSFERASE / Streptococcus pneumoniae / Fatty acid kinase / Vaccenic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VACCENIC ACID / DegV family EDD domain-containing protein / DegV domain-containing protein spr1019
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Gullett, J.M. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of Streptococcus pneumoniae Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein loaded with Vaccenic acid (C18:1 delta11) to 2.1 Angstrom resolution
著者: Cuypers, M.G. / Gullett, J.M. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
B: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4907
ポリマ－68,6482
非ポリマー8415
水9,026501
1
A: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8835
ポリマ－34,3241
非ポリマー5594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6072
ポリマ－34,3241
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.655, 103.409, 107.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)


分子量: 34324.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SPR1019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0I9AIE4, UniProt: Q8DPT4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-VCA / VACCENIC ACID / (11E)-OCTADEC-11-ENOIC ACID / cis-バクセン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 18% w/v PEG3350, 4.8% v/v 2-Propanol, 0.1M CAPSO pH 9.0, 17% v/v PEG400 (LMB D12)
Temp details: controlled temp. room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: flash frozen in liq N2 then cryostream
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→74.67 Å / Num. obs: 39625 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.63 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3194 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.311 / Rrim(I) all: 0.693 / Χ2: 0.61 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3354: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DJ6

6dj6


解像度: 2.1→52.21 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 1946 4.92 %
Rwork0.1843 --
obs0.1871 39546 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→52.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4291 0 58 501 4850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9156110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1182785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.26731530.20692627X-RAY DIFFRACTION100
2.1525-2.21070.2791420.20412661X-RAY DIFFRACTION99
2.2107-2.27580.28091260.20482610X-RAY DIFFRACTION99
2.2758-2.34920.26671440.19932638X-RAY DIFFRACTION99
2.3492-2.43320.27361370.19652654X-RAY DIFFRACTION100
2.4332-2.53060.28921500.1962651X-RAY DIFFRACTION100
2.5306-2.64580.2481230.18492703X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.78530.24331440.18172654X-RAY DIFFRACTION100
2.7853-2.95980.22881440.16572676X-RAY DIFFRACTION100
2.9598-3.18820.22881340.16582710X-RAY DIFFRACTION100
3.1882-3.5090.21291250.1642727X-RAY DIFFRACTION100
3.509-4.01660.2141940.16252768X-RAY DIFFRACTION100
4.0166-5.05990.21221360.15632735X-RAY DIFFRACTION99
5.0599-52.22610.25151940.24612786X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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