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- PDB-6nr0: SIRT2(56-356) with covalent intermediate between mechanism-based ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nr0
タイトルSIRT2(56-356) with covalent intermediate between mechanism-based inhibitor Glucose-TM-1beta and 1'-SH ADP-ribose
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / inhibitor / intermediate / deacylase / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / mitotic nuclear membrane reassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / chromatin silencing complex / regulation of phosphorylation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone acetyltransferase binding / histone deacetylase activity / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / positive regulation of cell division / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA binding / heterochromatin / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / centriole / negative regulation of autophagy / meiotic cell cycle / ubiquitin binding / negative regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / autophagy / histone deacetylase binding / spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / midbody / cellular response to oxidative stress / growth cone / cellular response to hypoxia / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / cell division / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KXG / Chem-KXJ / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Price, I.R. / Hong, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1R01DK107868 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM086703-07 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: A Glycoconjugated SIRT2 Inhibitor with Aqueous Solubility Allows Structure-Based Design of SIRT2 Inhibitors.
著者: Hong, J.Y. / Price, I.R. / Bai, J.J. / Lin, H.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,38118
ポリマ－72,3192
非ポリマー3,06216
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5988
ポリマ－36,1601
非ポリマー1,4397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.310, 76.840, 114.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.874, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLNGLN(chain 'A' and (resid 57 through 180 or resid 182...AA57 - 18020 - 143
12ASPASPALAALA(chain 'A' and (resid 57 through 180 or resid 182...AA182 - 290145 - 253
13GLYGLYLYSLYS(chain 'A' and (resid 57 through 180 or resid 182...AA304 - 339267 - 302
14LEULEUGLNGLN(chain 'A' and (resid 57 through 180 or resid 182...AA341 - 355304 - 318
15KXGKXGNANA(chain 'A' and (resid 57 through 180 or resid 182...AE - F403 - 404
26ARGARGGLNGLN(chain 'B' and (resid 57 through 180 or resid 182...BB57 - 18020 - 143
27ASPASPALAALA(chain 'B' and (resid 57 through 180 or resid 182...BB182 - 290145 - 253
28GLYGLYLYSLYS(chain 'B' and (resid 57 through 180 or resid 182...BB304 - 339267 - 302
29LEULEUGLNGLN(chain 'B' and (resid 57 through 180 or resid 182...BB341 - 355304 - 318
210KXGKXGNANA(chain 'B' and (resid 57 through 180 or resid 182...BL - M403 - 404

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 36159.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 7種, 150分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-KXJ / N~2~-[3-(2-hydroxyethoxy)propanoyl]-N-phenyl-N~6~-tetradecanethioyl-L-lysinamide


分子量: 563.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H53N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-KXG / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-sulfanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 575.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O13P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Mixed solution of 0.44 mM protein (in buffer of 20 mM Tris/HCl pH 7.5, 160 mM NaCl) 2.5 mM NAD+, 2.5 mM Glucose-TM-1beta with an equal volume of well solution of 2 M (NH4)2SO4, 80 mM Na Acetate/HCl pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→63.693 Å / Num. obs: 25380 / % possible obs: 91.83 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03585 / Rrim(I) all: 0.0507 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3884 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2474 / CC1/2: 0.722 / Rrim(I) all: 0.5493 / % possible all: 82.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X3O

4x3o


解像度: 2.45→63.69 Å / SU ML: 0.3557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.1653 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 1889 7.84 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2202 22216 --
obs0.223 24105 91.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→63.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4615 0 181 134 4930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01124934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33966659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2783712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.06071881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.520.35721250.30151524X-RAY DIFFRACTION82.95
2.52-2.590.39671230.29011524X-RAY DIFFRACTION82.76
2.59-2.670.3251280.2681593X-RAY DIFFRACTION84.49
2.67-2.770.34881380.25371651X-RAY DIFFRACTION89.36
2.77-2.880.28951450.24931645X-RAY DIFFRACTION89.59
2.88-3.010.28371540.25331702X-RAY DIFFRACTION92.66
3.01-3.170.30141550.25141747X-RAY DIFFRACTION94.3
3.17-3.370.30461510.24811764X-RAY DIFFRACTION94.99
3.37-3.630.27381490.22381797X-RAY DIFFRACTION95.67
3.63-3.990.21551510.20551769X-RAY DIFFRACTION96.1
3.99-4.570.19681510.17771832X-RAY DIFFRACTION96.87
4.57-5.760.21971590.18411803X-RAY DIFFRACTION97.13
5.76-63.690.22981600.21431865X-RAY DIFFRACTION96.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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