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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nqz | ||||||
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Title | Flagellar protein FcpB from Leptospira interrogans | ||||||
![]() | Flagellar coiling protein B | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / flagellar filament | ||||||
Function / homology | Chem-I3C / IODIDE ION / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: An asymmetric sheath controls flagellar supercoiling and motility in the Leptospira spirochete. Authors: Gibson, K. / Trajtenberg, F. / Brady, M. / San Martin, F. / Mechaly, A. / Wunder, E. / Picardeau, M. / Ko, A. / Buschiazzo, A. / Sindelar, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 97.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 77.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 923.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 929.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30177.816 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Fiocruz L1-130 / Gene: LIC_11848 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-I3C / | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: (NH4)I, PEG 3350, MES, Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 109 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 28, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54179 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.577→67.232 Å / Num. obs: 17479 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.84 Å2 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.15 / Rsym value: 0.128 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso max: 122.31 Å2 / Biso mean: 33.32 Å2 / Biso min: 3.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.58→37.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.58→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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