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万見
- PDB-6nqz: Flagellar protein FcpB from Leptospira interrogans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nqz
タイトルFlagellar protein FcpB from Leptospira interrogans
要素Flagellar coiling protein B
キーワードPROTEIN FIBRIL / flagellar filament
機能・相同性Chem-I3C / IODIDE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: An asymmetric sheath controls flagellar supercoiling and motility in the Leptospira spirochete.
著者: Gibson, K. / Trajtenberg, F. / Brady, M. / San Martin, F. / Mechaly, A. / Wunder, E. / Picardeau, M. / Ko, A. / Buschiazzo, A. / Sindelar, C.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar coiling protein B
B: Flagellar coiling protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4798
ポリマ－60,3562
非ポリマー1,1246
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.735, 65.653, 134.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flagellar coiling protein B


分子量: 30177.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (strain Fiocruz L1-130) (バクテリア)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: LIC_11848 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72RA0
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: (NH4)I, PEG 3350, MES, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 109 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.577→67.232 Å / Num. obs: 17479 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.84 Å2 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.15 / Rsym value: 0.128 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.58-2.723.60.3951.924420.2410.4640.39597.1
2.72-2.883.60.384223780.2340.4510.38498.8
2.88-3.083.60.2842.722200.1730.3340.28499.2
3.08-3.333.60.1894.120870.1160.2220.18999.5
3.33-3.643.60.126.419360.0740.1410.1299.7
3.64-4.073.60.098.317740.0550.1060.0999.8
4.07-4.73.60.06710.915860.0410.0780.067100
4.7-5.763.50.079.813380.0430.0830.07100
5.76-8.153.40.0828.410840.0510.0970.082100
8.15-37.1513.10.05111.46340.0330.0610.05199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
TRUNCATEデータ削減
SHELXCD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.58→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU R Cruickshank DPI: 0.529 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.539 / SU Rfree Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.289
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1029 5.9 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 17436 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.31 Å2 / Biso mean: 33.32 Å2 / Biso min: 3.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7442 Å20 Å20 Å2
2---6.3136 Å20 Å2
3---1.5694 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3410 0 29 31 3470
Biso mean--39.92 21.98 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1274SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes610HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3525HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion454SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3871SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3525HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4752HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.83
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 20 5.73 %
Rwork0.2552 329 -
all0.2527 349 -
obs--86.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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