PDB-6nqs: Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nqs

タイトル

Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2)- Y63(3-OMeY)

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	27738	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	118044	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nqs.cif.gz	711.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nqs.ent.gz	592.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nqs_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nqs_full_validation.pdf.gz	545.9 KB	表示
XML形式データ	6nqs_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	6nqs_validation.cif.gz	95.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nqjC 6nqkC 6nqlC 6nqnC 6nqoC 6nqpC 6nqqC 6nqrC 6nqvC 4utsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nqo-2 6nqn-2 6nqr-2 6nqn-1 6nqq-1 4ppj-d 4ppl-d 6nqq-2 4hgk-1 6nqr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

232 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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2

F: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.396, 86.489, 144.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 28991.604 Da / 分子数: 8 / 変異: M159T, E218G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→39.866 Å / Num. obs: 69116 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5144 / CC_1/2: 0.874 / R_rim(I) all: 1.12 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13RC2_2986: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UTS

4uts

解像度: 2.5→39.87 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	1996	2.91 %
R_work	0.214	-	-
obs	0.215	68618	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13991	0	0	603	14594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14851
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.364	20103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.538	12133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	2046
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5625	0.3484	150	0.299	4777	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5625-2.6318	0.3307	129	0.2827	4764	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6318-2.7092	0.3211	155	0.2645	4801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7092-2.7966	0.3389	135	0.2573	4759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7966-2.8966	0.2997	141	0.27	4775	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8966-3.0125	0.2844	154	0.2572	4722	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0125-3.1496	0.2742	136	0.2451	4675	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1496-3.3155	0.2711	146	0.2255	4817	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3155-3.5231	0.2555	140	0.2126	4752	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5231-3.795	0.2503	137	0.2297	4539	X-RAY DIFFRACTION	93
3.795-4.1765	0.2362	141	0.1958	4752	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1765-4.78	0.2062	143	0.1609	4784	X-RAY DIFFRACTION	97
4.78-6.019	0.1738	144	0.1619	4867	X-RAY DIFFRACTION	100
6.019-39.8711	0.2208	145	0.1919	4838	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2685	1.4901	0.4451	3.082	1.4628	2.7432	0.095	-0.4737	0.6868	-0.2365	-0.4099	0.4777	-0.0919	0.0953	0.2891	0.5592	-0.0023	0.0295	0.3273	0.0093	0.4582	35.9924	-0.7142	26.2366
2	0.774	-0.0994	-0.1516	0.5896	0.1442	1.0961	0.0806	-0.0974	-0.1113	0.2417	-0.1253	-0.0618	-0.0353	0.0449	0.0791	0.5071	-0.0205	0.0571	0.3276	0.0183	0.4187	33.8887	-3.382	17.8227
3	3.8309	-3.4484	-0.3034	3.2032	0.6387	1.1029	-0.1591	0.393	0.0612	-0.2083	0.0312	0.174	-0.2437	-0.167	0.2088	0.5835	0.0136	0.0214	0.3438	0.0256	0.5481	32.365	-3.8171	6.9014
4	2.8622	-2.5718	-1.9448	7.6635	3.61	3.5589	-0.0143	0.2647	-0.0995	-0.2269	0.045	-0.3338	0.1718	-0.0568	-0.0417	0.5787	0.0454	0.0495	0.3898	0.011	0.4678	31.6076	-7.0707	8.3654
5	0.3716	-0.7005	0.2736	1.9497	-1.2027	1.4142	0.0738	-0.0449	0.1166	-0.151	-0.0333	-0.0455	0.1321	0.1479	-0.0984	0.5104	-0.0372	0.0131	0.3657	-0.0291	0.5118	39.8595	-1.3277	15.0513
6	4.7174	0.6222	0.4041	0.074	0.0529	0.0267	0.3249	-0.9319	-0.3077	0.4077	-0.048	-0.5584	-0.7354	0.0855	-0.2752	0.8809	-0.3106	-0.0269	0.9317	-0.0384	0.9292	51.7832	11.3053	-0.4011
7	2.4987	0.393	0.3273	1.1798	-0.5686	2.5364	0.3581	0.2817	0.5676	-0.6375	-0.1707	-0.0061	-0.1064	0.1049	-0.348	0.3513	-0.0202	-0.0241	0.2739	0.0494	0.4116	40.0498	-40.7692	45.5984
8	1.5503	-0.8783	-0.3006	3.1968	0.4186	1.4229	0.1246	0.1248	0.2316	-0.5821	-0.1282	0.0247	-0.0776	-0.2899	0.041	0.2959	-0.0124	-0.0706	0.3344	0.0262	0.2858	37.0139	-45.4415	46.7554
9	0.7137	-0.1724	-0.2566	1.8314	0.4051	1.004	0.0231	0.0364	0.0522	-0.2083	-0.1214	0.0387	-0.0255	-0.1537	0.1379	0.287	-0.0015	-0.0182	0.3112	0.0049	0.3448	43.4879	-43.2133	55.7881
10	3.3601	2.7709	-1.3435	2.8829	-1.8663	1.704	0.0073	-0.0546	0.1303	0.3423	0.0561	0.3071	0.0717	0.0396	-0.0329	0.3326	-0.0117	0.0099	0.2791	-0.0567	0.3428	44.1767	-45.938	64.0702
11	1.0244	0.2258	0.8147	2.7873	0.9266	1.5773	0.0733	0.2409	0.1258	0.1023	0.0974	0.1737	0.294	-0.1115	-0.1516	0.2491	-0.0062	0.0108	0.3203	0.0513	0.3591	36.2544	-41.4057	56.8047
12	1.7025	-0.2852	-0.4447	0.1128	-0.0688	0.4286	0.4768	1.048	0.0455	-0.3337	0.1662	-0.2841	0.0672	0.0795	-0.1138	0.6102	0.2654	-0.0625	0.6777	-0.0765	0.869	24.5747	-28.6859	72.1018
13	5.5941	-0.424	0.2783	1.5978	0.022	1.6343	-0.2314	-0.0083	0.567	0.3758	0.2362	-0.2894	-0.2565	0.2271	0.0458	0.7027	-0.0838	0.0503	0.4215	0.0585	0.5505	78.2125	-57.9288	24.3822
14	0.8102	-0.1747	-0.0739	1.4237	-0.1302	1.1585	-0.1188	-0.0294	0.0244	0.0424	0.0141	-0.017	-0.0185	0.0376	0.1304	0.4779	0.0029	0.0214	0.3441	0.0121	0.4333	74.1572	-58.1834	16.0366
15	2.3042	0.5479	0.3693	2.4605	0.3194	1.1603	-0.0665	0.1033	0.3389	-0.0484	-0.0166	0.529	-0.0724	0.0461	0.1486	0.4232	-0.0016	0.0963	0.3546	0.0089	0.4664	74.9716	-54.3301	7.1177
16	1.4908	1.069	-0.5774	1.9317	-1.9076	2.329	0.1352	-0.2674	-0.2251	-0.3807	-0.1937	-0.3788	0.2976	0.517	0.1155	0.5282	0.0516	0.0181	0.3188	-0.0767	0.6058	78.9309	-65.9558	12.3727
17	5.4565	-0.1419	0.6564	1.9082	-0.3851	2.7252	-0.3904	0.1231	0.2171	-0.1403	0.0142	0.4573	-0.1946	-0.6572	0.3245	0.5819	0.0127	-0.095	0.4572	-0.0842	0.5015	80.85	-11.8663	47.3774
18	1.516	-0.3747	-0.3807	1.6323	0.2712	1.2719	-0.0753	0.1505	-0.1026	-0.0495	-0.0505	0.19	0.1063	-0.0937	0.0668	0.2599	-0.0132	-0.0239	0.2566	0.0054	0.3371	83.4524	-12.7014	58.1303
19	7.3306	-0.5039	-1.0571	1.6889	0.0391	2.4655	-0.4118	-0.2647	-0.6046	0.1945	0.1127	0.5281	0.1454	-0.2169	0.2869	0.6797	0.015	0.1406	0.3538	-0.0174	0.4835	45.504	-44.9458	24.4852
20	1.0033	0.0081	0.7183	1.3053	0.3326	0.7851	0.0293	-0.0805	0.0648	-0.0065	-0.0526	0.0332	-0.0169	-0.0572	0.0348	0.484	-0.0084	0.0774	0.323	0.0076	0.4376	48.8288	-44.7898	13.8541
21	0.8948	-0.7701	-0.8077	3.6414	1.9161	2.5996	-0.0329	-0.1636	0.3274	-0.2387	-0.2945	0.0723	-0.3744	-0.7176	0.4137	0.6211	0.0568	0.104	0.3804	0.0743	0.5376	43.3029	-36.9434	11.8992
22	2.8301	0.3941	-1.5178	2.0294	0.316	3.1083	0.0602	-0.277	-0.7678	-0.3765	-0.0673	-0.3281	0.1956	0.3373	0.0062	0.5303	0.091	-0.0188	0.3702	0.1071	0.4562	30.5199	1.3885	47.2921
23	0.911	0.1012	0.1223	1.164	0.1477	0.9417	-0.1178	0.1191	-0.0007	-0.0303	-0.0028	-0.1225	-0.0757	0.0165	0.0881	0.2996	0.0011	0.0276	0.2857	0.0146	0.3491	26.336	1.973	54.2429
24	1.1912	-1.6228	0.6123	5.2022	-0.8584	0.3204	-0.0936	-0.0648	-0.1306	0.1725	0.2087	0.2269	0.083	-0.2179	-0.0927	0.3033	-0.0257	-0.0034	0.2567	-0.0026	0.3491	27.423	0.5252	66.2952
25	1.225	-0.2787	0.2271	2.1813	-0.4051	1.3829	0.0598	0.0518	0.147	0.054	-0.0752	-0.2525	-0.112	0.1835	0.0242	0.2696	-0.0065	0.0278	0.2652	-0.0087	0.3784	30.0776	3.9202	61.2241
26	1.9984	0.9988	0.4786	1.2244	-0.5046	1.5804	0.4867	-0.653	0.0238	0.5417	-0.5058	0.0174	-0.0457	0.164	-0.0403	0.5184	0.0032	0.094	0.3997	-0.0159	0.5162	87.6605	-15.3646	26.128
27	0.42	-0.2044	0.3694	0.7029	-0.0094	0.9187	0.0435	-0.0834	0.0545	0.1817	-0.1038	-0.0113	0.0051	-0.022	0.064	0.484	-0.0429	0.0835	0.3731	-0.0024	0.4593	89.6824	-12.8156	17.8091
28	3.56	-3.3444	1.7914	3.3981	-2.2059	2.0302	0.1578	0.4445	-0.1579	-0.2358	-0.1992	0.5585	-0.2682	0.1093	0.1349	0.5941	0.0513	0.0704	0.3451	-0.0531	0.4987	91.5865	-10.4838	7.762
29	1.2457	-0.8225	-0.2918	1.7388	0.4213	1.0668	0.0488	-0.0525	-0.0825	0.1482	-0.092	0.2433	-0.1094	-0.27	0.0157	0.5899	-0.0519	0.1032	0.3993	0.0479	0.5123	83.6028	-14.8936	15.0572
30	0.5486	0.2759	0.1299	0.1421	0.0695	0.0192	0.333	-0.7044	0.073	0.7164	-0.2526	0.6055	-0.1938	-0.0354	0.0763	0.8877	-0.2469	0.1403	1.0662	0.0056	1.0075	71.9152	-27.5661	-0.2249
31	3.5453	-1.1031	0.0373	2.3761	1.3554	2.4803	0.2776	0.3764	-0.4647	0.0576	-0.3506	0.022	0.3052	-0.0836	-0.0213	0.5187	-0.0094	0.0981	0.4642	-0.0563	0.5079	70.9628	-56.2847	45.5242
32	1.1743	-0.1436	-0.3932	1.4629	-0.0681	1.1175	0.0295	0.0487	0.1212	-0.2974	-0.0958	-0.1614	0.038	0.0068	0.0231	0.2979	0.0093	0.0228	0.2646	0.0223	0.3395	68.7461	-53.2964	53.9323
33	2.6181	2.718	1.4046	8.9627	2.2981	1.7	0.1723	-0.4096	-0.0969	0.5313	-0.3808	-0.2874	-0.0484	-0.24	0.1092	0.3304	0.0074	0.0439	0.2685	0.027	0.3213	66.8769	-50.7987	63.9952
34	1.0411	0.0958	0.0005	1.6964	-0.243	0.6983	0.0106	0.0855	0.2302	-0.1258	0.0156	-0.1562	-0.0165	0.2108	-0.0731	0.2908	-0.0014	0.0818	0.3082	0.0066	0.4718	74.8524	-55.4444	56.6943
35	3.8598	-1.1425	0.5175	0.3302	-0.1584	0.0557	-0.0186	0.8114	0.033	-0.0412	-0.0319	0.5287	0.197	0.5455	-0.2636	0.7266	0.1548	0.21	0.7232	0.0962	0.999	86.4872	-67.925	72.1845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 21 THROUGH 151 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 152 THROUGH 163 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 217 THROUGH 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 21 THROUGH 46 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 47 THROUGH 151 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 217 THROUGH 228 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 5 THROUGH 20 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 21 THROUGH 151 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 152 THROUGH 188 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 189 THROUGH 220 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'D' AND (RESID 5 THROUGH 20 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'D' AND (RESID 21 THROUGH 221 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'E' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'E' AND (RESID 21 THROUGH 200 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'E' AND (RESID 201 THROUGH 220 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'F' AND (RESID 23
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'F' AND (RESID 21 THROUGH 135 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'F' AND (RESID 136 THROUGH 163 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'F' AND (RESID 164 THROUGH 220 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'G' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'G' AND (RESID 21 THROUGH 151 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'G' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'G' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'G' AND (RESID 217 THROUGH 228 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'H' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'H' AND (RESID 21 THROUGH 151 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'H' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN 'H' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN 'H' AND (RESID 217 THROUGH 228 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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