PDB-6nqj: Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nqj

タイトル

Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2)

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	27738	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	118044	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nqj.cif.gz	379.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nqj.ent.gz	311.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nqkC 6nqlC 6nqnC 6nqoC 6nqpC 6nqqC 6nqrC 6nqsC 6nqvC 4utsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nqq-1 4gob-d 4dxi-d 5exc-2 4hq8-1 5dtl-1 1xa9-1 2vvh-d 3tmr-d 4uts-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.030, 85.795, 78.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 28961.576 Da / 分子数: 4 / 変異: M159T, E218G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.281 Å / Num. obs: 57951 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.6 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 4118 / CC_1/2: 0.462 / R_rim(I) all: 1.15 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UTS

4uts

解像度: 2→38.28 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	2917	5.03 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.177	57951	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7055	0	0	642	7697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7312
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	9877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.991	4284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1290

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0301	0.2921	129	0.2422	2290	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0301-2.0651	0.3249	156	0.23	2551	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0651-2.1027	0.2949	143	0.2291	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1027-2.1431	0.3188	150	0.2232	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1431-2.1868	0.2917	141	0.2124	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1868-2.2344	0.2651	120	0.2129	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2344-2.2864	0.2757	121	0.1995	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2864-2.3435	0.299	132	0.1926	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3435-2.4069	0.2599	135	0.1889	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4069-2.4777	0.2444	141	0.1937	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4777-2.5576	0.2583	137	0.1881	2593	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5576-2.649	0.2646	135	0.184	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.649-2.7551	0.2582	145	0.1775	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7551-2.8804	0.2216	122	0.1833	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8804-3.0322	0.2771	135	0.1824	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0322-3.2221	0.2842	134	0.1723	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2221-3.4707	0.205	130	0.158	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4707-3.8197	0.2076	159	0.1466	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8197-4.3718	0.1939	147	0.1375	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3718-5.5054	0.1598	145	0.1312	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5054-38.2877	0.2253	160	0.1784	2686	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2159	0.0162	0.6955	6.4729	4.615	4.247	0.4075	0.9902	0.8882	-0.4281	-0.3695	0.5886	-0.9186	-0.1755	0.091	0.5735	0.1716	-0.0489	0.6479	-0.0572	0.5004	-3.7019	16.6876	30.2406
2	2.9396	-3.1918	-2.0656	7.0248	3.7563	4.3798	-0.0512	0.3242	-0.1329	0.0021	-0.3396	0.493	0.2157	-0.4299	0.3127	0.1558	-0.03	-0.014	0.1548	0.0143	0.18	-1.8161	-3.0903	19.7995
3	3.1268	0.5506	-0.1722	7.9596	7.0065	6.2491	-0.1153	0.1	-0.0671	0.1814	-0.3505	0.549	0.3637	-0.2055	0.2908	0.1586	0.0302	-0.0303	0.1804	0.0277	0.1545	-3.2966	-4.5684	23.0618
4	1.7215	-0.4719	-0.755	3.016	0.0535	1.2838	-0.1072	0.0093	-0.0832	0.1174	0.08	0.054	0.1266	-0.1478	0.101	0.1651	-0.0096	-0.0068	0.2123	-0.0195	0.1926	0.2246	-5.2058	26.7543
5	4.5559	0.2191	-0.3677	3.6641	-0.7421	3.5725	0.1162	-0.2233	0.4342	0.0408	0.0695	0.1417	-0.3174	-0.177	-0.0049	0.1449	0.0229	0.0081	0.1219	-0.0406	0.2283	7.4716	14.6694	26.5799
6	4.6443	-4.3175	0.5834	4.129	-0.9108	0.8696	0.1485	-0.0069	0.1481	-0.2316	-0.1158	-0.0959	0.0733	0.0388	-0.0256	0.1497	-0.0403	0.0026	0.1973	-0.0062	0.147	13.217	-3.5688	19.6647
7	4.983	-4.3008	-2.027	8.1758	2.7471	2.5608	0.1073	0.1772	0.302	-0.1983	-0.1018	0.0663	-0.03	-0.2523	0.0806	0.1568	-0.0041	-0.0109	0.2084	-0.0058	0.1505	1.7033	1.693	18.1195
8	1.9692	0.3178	-2.7308	2.0139	0.2299	6.8726	-0.2224	-0.106	-0.3517	0.1838	-0.1181	-0.064	1.1578	-0.0323	0.3505	0.2827	0.0007	0.0236	0.1404	0.0207	0.2174	11.2764	-20.1204	23.5855
9	2.0833	0.3425	-0.3179	4.8658	-1.7124	0.5434	-0.0882	-0.0424	0.1264	-0.0988	-0.036	-0.075	0.0468	0.0843	0.2025	0.1701	-0.0028	-0.0239	0.1633	-0.0054	0.1393	16.3187	0.3309	26.7896
10	0.9163	-2.1568	1.524	4.793	-2.9714	3.2822	0.0831	0.0756	-0.0845	0.0266	0.14	0.115	0.1114	0.0246	-0.0859	0.1605	0.0069	0.0039	0.1554	0.0205	0.2765	15.4863	-4.9275	25.3277
11	5.647	-2.8379	2.6692	6.4139	-1.0232	4.0555	0.2373	0.3605	0.8307	-0.3693	-0.4441	-0.4134	-0.1485	0.2029	0.0413	0.1975	-0.0369	0.0242	0.2127	0.0317	0.2088	13.7414	17.5741	20.6185
12	2.3114	1.9112	-1.3496	2.4236	-1.5736	1.6589	0.1181	-0.6813	-0.0953	0.241	-0.3497	-0.1271	0.0062	-0.0908	0.1534	0.201	-0.0129	0.0398	0.2359	-0.0149	0.1618	8.3331	-0.5048	34.0963
13	6.8192	4.3148	-0.1908	4.5095	0.5064	1.6465	0.0233	-0.6476	-0.0989	0.1467	-0.2454	0.2017	0.085	-0.3525	0.1384	0.1593	0.0253	0.0194	0.2579	0.0135	0.1759	1.5989	-4.5825	32.7382
14	0.2615	-0.1688	-0.2848	0.1757	0.2496	0.5089	0.1757	-0.5106	0.2709	-0.0633	0.2813	-0.203	0.2818	0.0577	-0.1433	0.3147	0.0372	0.0089	0.3032	-0.0961	0.3779	21.8919	15.2487	44.8468
15	2.8416	-0.3254	-1.0184	1.9655	0.3554	5.968	-0.0562	-0.4781	0.1476	0.4802	0.1289	-0.0943	0.2293	0.5422	-0.0589	0.2512	-0.0119	-0.0643	0.2714	0.0076	0.2456	45.3239	0.4947	40.9381
16	6.1327	-0.5179	-4.3871	1.4562	1.799	7.9842	0.1946	-0.3191	0.322	0.0621	0.2204	-0.35	-0.4723	0.3669	-0.3351	0.1345	0.0022	-0.0101	0.1346	-0.0091	0.2196	48.2657	4.2921	35.4054
17	1.9803	1.1413	-1.4599	0.9042	-0.9916	3.1747	-0.0834	-0.1532	0.0735	-0.0057	-0.0302	-0.095	-0.0541	0.0514	0.0794	0.1365	-0.008	-0.0175	0.1543	-0.0045	0.1646	43.7687	6.6004	34.0657
18	6.2984	1.6531	1.0961	5.602	0.1466	2.1004	0.2032	-0.3901	0.3369	0.4929	-0.0754	0.0297	-0.0697	-0.1867	-0.0552	0.2279	-0.0327	-0.0358	0.1827	0.0022	0.1399	28.7102	-1.4345	47.1142
19	1.8685	-0.1491	0.4598	1.0737	-0.8554	6.2564	0.0908	-0.1203	-0.1773	0.0807	0.1568	0.0293	0.2662	-0.1193	-0.1908	0.163	-0.0107	-0.0014	0.0702	0.0074	0.2088	35.5491	-6.0604	36.9238
20	1.3343	-0.3281	0.633	1.5831	0.1807	2.1547	0.1017	-0.175	0.119	0.0879	-0.0167	-0.1402	0.3181	0.3778	-0.1002	0.1589	-0.0127	-0.0379	0.1735	0.0125	0.2135	44.3328	-4.2442	36.5321
21	2.1722	-0.9287	1.0393	6.4261	3.2678	4.8808	0.2271	0.3784	0.4426	-0.5471	-0.1744	0.5985	-0.4446	0.4586	0.1021	0.2572	-0.0032	0.0251	0.1208	0.0589	0.2687	40.1247	7.5166	15.6358
22	1.4327	1.2452	-1.149	4.144	-2.5061	2.48	-0.0859	-0.0333	0.1057	-0.167	0.1173	0.19	0.0861	0.0069	-0.1094	0.1788	0.0138	-0.0155	0.1484	-0.0056	0.23	28.3707	-0.4522	31.4464
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精密化 TLSグループ

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55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'D' AND (RESID 207 THROUGH 220 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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