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- PDB-6nqc: Crystal structure of a peptidase from an acI-B1 Actinobacterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nqc
タイトルCrystal structure of a peptidase from an acI-B1 Actinobacterium
要素Cyanophycinase-like exopeptidase
キーワードHYDROLASE / Peptidase
機能・相同性Peptidase S51 / Peptidase family S51 / Class I glutamine amidotransferase-like / serine-type peptidase activity / Cysnophycinase-like exopeptidase
機能・相同性情報
生物種actinobacterium SCGC AAA027-L06 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Forest, K.T. / Dwulit-Smith, J.R. / Satyshur, K.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1518160 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a peptidase from an acI-B1 Actinobacterium
著者: Dwulit-Smith, J. / Satyshur, K.A. / McMahon, K.D. / Forest, K.T.
履歴
登録2019年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanophycinase-like exopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7412
ポリマ－28,6451
非ポリマー961
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.693, 88.916, 131.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyanophycinase-like exopeptidase


分子量: 28645.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) actinobacterium SCGC AAA027-L06 (バクテリア)
遺伝子: A27L6_002500000020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9H630
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % / 解説: Long rods growing in clusters.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals of enzyme grew after mixing 2 microliters 16 mg/ml protein in buffer (30 mM maleic acid [pH 6.7], 200 mM Na2SO4) with an equal volume of condition 7 (100 mM HEPES-NaOH [pH 7.5], 2% ...詳細: Crystals of enzyme grew after mixing 2 microliters 16 mg/ml protein in buffer (30 mM maleic acid [pH 6.7], 200 mM Na2SO4) with an equal volume of condition 7 (100 mM HEPES-NaOH [pH 7.5], 2% v/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4) from the TOP96 screen (Anatrace) over 500 microliters of the screen solution. 0.5 microliters IZIT crystal dye (Hampton) was added to the crystal-containing droplet after 4 weeks

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→26.5 Å / Num. obs: 18380 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique obs: 953 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.303 / Rrim(I) all: 0.805 / Χ2: 0.793 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3l4e

3l4e


解像度: 1.94→26.409 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 917 5.01 %
Rwork0.1638 --
obs0.1668 18310 91.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→26.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1892 0 5 163 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0232644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3591590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-2.03260.22351340.17852554X-RAY DIFFRACTION95
2.0326-2.15990.20891390.16512638X-RAY DIFFRACTION99
2.1599-2.32660.3063950.21161771X-RAY DIFFRACTION66
2.3266-2.56050.23571390.15952656X-RAY DIFFRACTION98
2.5605-2.93060.19711420.1642698X-RAY DIFFRACTION99
2.9306-3.69070.27141330.16852522X-RAY DIFFRACTION93
3.6907-26.4110.19551350.14762554X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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