PDB-6nps: Crystal structure of GH115 enzyme AxyAgu115A from Amphibacillus x...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nps

タイトル

Crystal structure of GH115 enzyme AxyAgu115A from Amphibacillus xylanus

要素

AxyAgu115A

キーワード

HYDROLASE / gylcosyl hydrolase family 115 / GH115 / hemicellulase / arabinoglucuronoxylan / sugar binding protein / GLUCURONIDASE / GLUCURONIC ACID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphibacillus xylanus NBRC 15112 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Yan, R. / Master, E. / Savchenko, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: N Biotechnol / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of the family GH115 alpha-glucuronidase from Amphibacillus xylanus yields insight into its coordinated action with alpha-arabinofuranosidases.
著者: Yan, R. / Wang, W. / Vuong, T.V. / Xiu, Y. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Gatenholm, P. / Toriz, G. / Tenkanen, M. / Stogios, P.J. / Master, E.R.

履歴

登録	2019年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nps.cif.gz	821.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nps.ent.gz	677.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nps_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nps_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	6nps_validation.xml.gz	85.7 KB	表示
CIF形式データ	6nps_validation.cif.gz	131.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6nps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6nps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c90S 4zmhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7al4-d 6mdz-d 4zmh-d 5jvn-1 6i2n-1 20309 4bmm-d 5c2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AxyAgu115A

B: AxyAgu115A

ヘテロ分子

222 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.080, 96.210, 111.750
Angle α, β, γ (deg.)	84.37, 78.37, 83.32
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	AxyAgu115A 分子量: 110092.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amphibacillus xylanus NBRC 15112 (バクテリア) 株: ATCC 51415 / DSM 6626 / JCM 7361 / LMG 17667 / NBRC 15112 / Ep01 遺伝子: AXY_23000 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0J4X5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mg/mL protein solution with 0.5 microL of reservoir solution 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M diammonium hydrogen citrate and 10 mM D-glucuronic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97913 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→47.64 Å / Num. obs: 165501 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 11805 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.534 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
X-Area		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZMH, 4C90

4zmh

4c90

解像度: 1.99→47.638 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.94

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1896	8156	4.93 %	RANDOM
R_work	0.1475	-	-	-
obs	0.1496	165435	94.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.638 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15470	0	117	1837	17424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	16022
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.133	21740
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.518	5851
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	2320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.0126	0.2662	270	0.2448	5092	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0126-2.0363	0.2765	244	0.2444	5058	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0363-2.0611	0.2498	245	0.2172	4942	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0611-2.0872	0.2526	300	0.2012	5055	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0872-2.1147	0.2408	259	0.1868	4964	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1147-2.1437	0.2455	285	0.1866	4907	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1437-2.1743	0.2342	260	0.1781	4967	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1743-2.2067	0.23	262	0.1789	4768	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2067-2.2412	0.2337	269	0.1744	5111	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2412-2.278	0.233	225	0.1744	4784	X-RAY DIFFRACTION	87
2.278-2.3172	0.1991	257	0.167	4810	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3172-2.3594	0.2254	294	0.1621	5406	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3594-2.4048	0.2096	278	0.1534	5464	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4048-2.4538	0.2038	287	0.1592	5419	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4538-2.5072	0.2409	260	0.1551	5480	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5072-2.5655	0.201	274	0.1559	5466	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5655-2.6297	0.226	308	0.1603	5493	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6297-2.7008	0.2063	264	0.1581	5421	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7008-2.7802	0.2175	282	0.1558	5518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7802-2.87	0.1998	274	0.1511	5512	X-RAY DIFFRACTION	99
2.87-2.9725	0.2062	293	0.1542	5416	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9725-3.0915	0.1948	270	0.155	5504	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0915-3.2322	0.1951	280	0.1519	5422	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2322-3.4025	0.1945	273	0.1424	5498	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4025-3.6157	0.1755	287	0.1349	5406	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6157-3.8947	0.163	273	0.1263	5408	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8947-4.2864	0.1596	259	0.1219	4879	X-RAY DIFFRACTION	89
4.2864-4.9061	0.1327	268	0.1121	5147	X-RAY DIFFRACTION	93
4.9061-6.1791	0.169	275	0.1293	5556	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1791-47.6512	0.1794	281	0.1567	5406	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.482	-0.4069	-0.416	2.1678	0.9308	1.6714	0.1927	0.123	0.0688	-0.0583	-0.2057	-0.126	-0.1815	0.0703	0.0254	0.4042	0.0399	-0.0187	0.2667	0.0691	0.2738	93.4419	121.8501	58.6138
2	0.4075	-0.115	0.1148	0.8375	-0.2425	0.7006	0.0328	0.0332	-0.0101	0.0156	-0.0467	0.1536	0.0108	-0.0581	0.0131	0.3169	-0.0052	-0.0214	0.2536	-0.0465	0.2556	83.537	93.5961	81.2184
3	1.9362	0.5047	0.6438	1.6287	0.1853	1.3598	0.0899	-0.1436	-0.1495	0.0282	-0.1221	-0.1583	0.1005	0.1452	0.0143	0.2079	0.0172	0.0448	0.2249	0.0691	0.2499	106.1076	61.6543	151.417
4	7.0443	-1.1854	0.1293	3.87	0.7778	2.4296	0.1147	0.2058	-0.0963	-0.4557	-0.229	0.9309	-0.0388	-0.4493	0.0399	0.2848	-0.0271	-0.0533	0.3073	-0.0518	0.4207	76.6955	59.7868	143.309
5	0.2704	0.1319	-0.0761	0.929	-0.3144	0.7386	-0.0123	-0.0233	0.0722	-0.028	-0.0039	0.123	-0.1301	-0.0081	0.0144	0.2216	0.0066	-0.0278	0.2148	-0.0294	0.2412	95.3987	95.7152	130.1332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 314 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 315 through 966 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid -1 through 289 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 290 through 381 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 382 through 966 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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