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- PDB-6nor: Crystal structure of GenD2 from gentamicin A biosynthesis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nor
タイトルCrystal structure of GenD2 from gentamicin A biosynthesis in complex with NAD
要素Putative NAD dependent dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD depedent enzyme / 3D swapping domain
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH regeneration / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative NAD dependent dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Araujo, N.C. / Bury, P.S. / Huang, F. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of GenD2, an NAD-Dependent Oxidoreductase Involved in the Biosynthesis of Gentamicin.
著者: de Araujo, N.C. / Bury, P.D.S. / Tavares, M.T. / Huang, F. / Parise-Filho, R. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD dependent dehydrogenase
B: Putative NAD dependent dehydrogenase
C: Putative NAD dependent dehydrogenase
D: Putative NAD dependent dehydrogenase
E: Putative NAD dependent dehydrogenase
F: Putative NAD dependent dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,29712
ポリマ－232,3176
非ポリマー3,9816
水7,855436
1
A: Putative NAD dependent dehydrogenase
C: Putative NAD dependent dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Putative NAD dependent dehydrogenase
C: Putative NAD dependent dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5328
ポリマ－154,8784
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area19070 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area47050 Å2
手法PISA
2
B: Putative NAD dependent dehydrogenase
E: Putative NAD dependent dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Putative NAD dependent dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Putative NAD dependent dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5328
ポリマ－154,8784
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
crystal symmetry operation5_544x-y,-y-1,-z-1/31
Buried area17660 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area47380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.997, 123.997, 272.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2-

VAL

21A-588-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative NAD dependent dehydrogenase / Putative gentamicin oxidoreductase


分子量: 38719.457 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: gtmC, genD2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q70KD1
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 4.6 M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.96 Å / Num. obs: 95469 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 33.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 1215767 / Scaling rejects: 36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.4-2.4411.41.0546650.780.3241.199.7
13.15-49.969.50.0786780.9970.0260.08298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→49.955 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 2007 2.1 %
Rwork0.175 --
obs0.176 95361 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.26 Å2 / Biso mean: 34.2915 Å2 / Biso min: 17.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.402→49.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15397 0 264 436 16097
Biso mean--35.59 33.52 -
残基数----2049
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.936 Å / Origin y: -39.331 Å / Origin z: -28.959 Å
111213212223313233
T0.2126 Å20.0135 Å2-0.0163 Å2-0.2842 Å2-0.0022 Å2--0.213 Å2
L0.0945 °20.0416 °2-0.0093 °2-0.1518 °2-0.006 °2---0.0724 °2
S0.0066 Å °0.0176 Å °-0.0556 Å °-0.0087 Å °0.02 Å °0.0029 Å °-0.0141 Å °0.0542 Å °-0.0279 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 341
2X-RAY DIFFRACTION1B0 - 340
3X-RAY DIFFRACTION1C2 - 341
4X-RAY DIFFRACTION1D0 - 340
5X-RAY DIFFRACTION1E3 - 340
6X-RAY DIFFRACTION1F2 - 341
7X-RAY DIFFRACTION1A501 - 587
8X-RAY DIFFRACTION1B501 - 566
9X-RAY DIFFRACTION1C501 - 567
10X-RAY DIFFRACTION1D501 - 550
11X-RAY DIFFRACTION1E501 - 561
12X-RAY DIFFRACTION1F501 - 600
13X-RAY DIFFRACTION1A401
14X-RAY DIFFRACTION1C401
15X-RAY DIFFRACTION1D401
16X-RAY DIFFRACTION1E401
17X-RAY DIFFRACTION1F401
18X-RAY DIFFRACTION1B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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