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万見
- PDB-6nom: NMR solution structure of Pisum sativum defensin 2 (Psd2) provide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nom
タイトルNMR solution structure of Pisum sativum defensin 2 (Psd2) provides evidence for the presence of hydrophobic surface clusters
要素Defensin-2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Psd1 / Psd2 / plant defensins / antimicrobial peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pinheiro-Aguiar, R. / Amaral, V.S.G. / Bastos, I. / Kurtenbach, E. / Almeida, F.C.L.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)209306/2013-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)457773/2014-6 ブラジル
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Nuclear magnetic resonance solution structure of Pisum sativum defensin 2 provides evidence for the presence of hydrophobic surface-clusters.
著者: Pinheiro-Aguiar, R. / do Amaral, V.S.G. / Pereira, I.B. / Kurtenbach, E. / Almeida, F.C.L.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4141
ポリマ－5,4141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, SD5 similar assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3220 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-2 / Antifungal protein Psd2 / Defense-related peptide 2


分子量: 5414.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P81930

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N HSQC
121anisotropic12D 1H-13C HSQC
131anisotropic13D HN(CA)CB
141anisotropic13D CBCA(CO)NH
151anisotropic13D HNCA
161anisotropic13D HN(CO)CA
171anisotropic13D HNCO
181anisotropic13D HBHA(CO)NH
191anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1111anisotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] Psd2, 90% H2O/10% D2O13C and 15N labelPsd2_label90% H2O/10% D2O
solution21 mM Psd2, 90% H2O/10% D2ONo labelPsd2_non_label90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPsd2[U-13C; U-15N]1
1 mMPsd2natural abundance2
試料状態詳細: Both sample / イオン強度: 0.012 mM / Label: Conditions_sample / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: TCI cryogenic probe head.

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Aria2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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