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- PDB-6nmy: A Cytokine-receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nmy
タイトルA Cytokine-receptor complex
要素
  • (Cytokine receptor common subunit ...) x 2
  • Interleukin-3
  • Interleukin-3 receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE / cytokine-receptor complex / receptor assembly / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-3 receptor activity / interleukin-3 receptor binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway ...interleukin-3 receptor activity / interleukin-3 receptor binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / embryonic hemopoiesis / cytokine receptor activity / cytokine binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell signaling / nervous system development / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3850 / Interleukin-3 / Interleukin-3 / IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. ...Immunoglobulin-like - #3850 / Interleukin-3 / Interleukin-3 / IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-3 / Interleukin-3 receptor subunit alpha / Cytokine receptor common subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Dhagat, U. / Kan, W.L. / Hercus, T.R. / Broughton, S.E. / Nero, T.L. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Signalling conformation of cell surface receptor
著者: Dhagat, U. / Parker, M.W.
履歴
登録2019年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Interleukin-3 receptor subunit alpha
M: Interleukin-3 receptor subunit alpha
A: Cytokine receptor common subunit beta
C: Cytokine receptor common subunit beta
I: Interleukin-3
J: Interleukin-3
B: Cytokine receptor common subunit beta
D: Cytokine receptor common subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,06416
ポリマ－187,7698
非ポリマー4,2958
水21612
1
F: Interleukin-3 receptor subunit alpha
A: Cytokine receptor common subunit beta
J: Interleukin-3
B: Cytokine receptor common subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5238
ポリマ－93,8854
非ポリマー2,6384
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: Interleukin-3 receptor subunit alpha
C: Cytokine receptor common subunit beta
I: Interleukin-3
D: Cytokine receptor common subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5418
ポリマ－93,8854
非ポリマー1,6574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.647, 157.251, 168.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 FMIJ

#1: タンパク質 Interleukin-3 receptor subunit alpha / IL-3RA


分子量: 33225.520 Da / 分子数: 2 / 変異: N194Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL3RA, IL3R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P26951
#3: タンパク質 Interleukin-3 / IL-3 / Hematopoietic growth factor / Mast cell growth factor / MCGF / Multipotential colony- ...IL-3 / Hematopoietic growth factor / Mast cell growth factor / MCGF / Multipotential colony-stimulating factor / P-cell-stimulating factor


分子量: 13382.270 Da / 分子数: 2 / 変異: W13Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 4 N-terminal residues (GAMG) are derived from fusion protein
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P08700

-
Cytokine receptor common subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#2: タンパク質 Cytokine receptor common subunit beta / CDw131 / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit


分子量: 24585.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32927
#4: タンパク質 Cytokine receptor common subunit beta / CDw131 / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit


分子量: 22691.234 Da / 分子数: 2 / 変異: N346Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32927

-
糖 , 4種, 8分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 12分子

#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→47.76 Å / Num. obs: 45227 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 97.58 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 248002 / Scaling rejects: 95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.425.61.7282448843680.310.8071.9141.199.5
12.78-47.764.60.02738838360.9990.0130.0341.195

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.39 Å47.72 Å
Translation3.39 Å47.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NKQ, 5UV8

4nkq

5uv8


解像度: 3.301→47.448 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 2233 4.95 %RANDOM
Rwork0.2364 42916 --
obs0.2384 45149 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.51 Å2 / Biso mean: 95.1938 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.301→47.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12678 0 285 12 12975
Biso mean--133.92 76.94 -
残基数----1571
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.301-3.37240.40711380.3917264799
3.3724-3.45090.36191490.37142609100
3.4509-3.53710.38151350.3372652100
3.5371-3.63280.34921680.31852614100
3.6328-3.73960.33491440.30672668100
3.7396-3.86030.33491300.29352668100
3.8603-3.99820.32991370.27862656100
3.9982-4.15820.32551310.25472660100
4.1582-4.34730.27851260.23642698100
4.3473-4.57630.23791160.21322693100
4.5763-4.86280.22721300.20532683100
4.8628-5.23780.25551510.19652684100
5.2378-5.76410.25991590.20322679100
5.7641-6.59620.26381560.2242713100
6.5962-8.30330.26191400.21282745100
8.3033-47.4480.21651230.1906284798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.9225 Å / Origin y: 6.5856 Å / Origin z: 24.6947 Å
111213212223313233
T0.6564 Å20.055 Å20.0642 Å2-0.8364 Å20.0862 Å2--0.6774 Å2
L0.2107 °2-0.0572 °2-0.005 °2-1.0793 °2-0.0536 °2--0.1449 °2
S-0.0495 Å °-0.1211 Å °-0.0638 Å °0.0063 Å °0.0631 Å °0.091 Å °0.0732 Å °0.0384 Å °-0.0108 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allF26 - 411
2X-RAY DIFFRACTION1allM28 - 405
3X-RAY DIFFRACTION1allA25 - 502
4X-RAY DIFFRACTION1allC25 - 401
5X-RAY DIFFRACTION1allI13 - 120
6X-RAY DIFFRACTION1allJ13 - 120
7X-RAY DIFFRACTION1allB241 - 436
8X-RAY DIFFRACTION1allD241 - 437
9X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 13

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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