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万見
- PDB-6nm5: F-pilus/MS2 Maturation protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nm5
タイトルF-pilus/MS2 Maturation protein complex
要素
  • Maturation protein
  • Type IV conjugative transfer system pilin TraA
キーワードPROTEIN BINDING / MS2 maturation protein / F-pilus / adsorption complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome circularization / : / virion attachment to host cell pilus / membrane => GO:0016020 / virion component / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TraA / TraA / Assembly protein / Phage maturation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KSV / Type IV conjugative transfer system pilin TraA / Maturation protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Meng, R. / Chang, J. / Zhang, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24GM1167 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the adsorption of a single-stranded RNA bacteriophage.
著者: Ran Meng / Mengqiu Jiang / Zhicheng Cui / Jeng-Yih Chang / Kailu Yang / Joanita Jakana / Xinzhe Yu / Zhao Wang / Bo Hu / Junjie Zhang /
要旨: Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of ...Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of the ssRNA phage MS2 in complex with the Escherichia coli F-pilus, showing a network of hydrophobic and electrostatic interactions at the Mat-pilus interface. Moreover, binding of the pilus induces slight orientational variations of the Mat relative to the rest of the phage capsid, priming the Mat-connected genomic RNA (gRNA) for its release from the virions. The exposed tip of the attached Mat points opposite to the direction of the pilus retraction, which may facilitate the translocation of the gRNA from the capsid into the host cytosol. In addition, our structures determine the orientation of the assembled F-pilin subunits relative to the cell envelope, providing insights into the F-like type IV secretion systems.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9397
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9397
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1B: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1C: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1D: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1E: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1F: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1G: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1H: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1I: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1J: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1K: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1L: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1M: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1N: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
1O: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
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2C: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
2D: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
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2F: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
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2H: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
2I: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
2J: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
2K: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
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2N: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
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3F: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
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4B: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4C: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4D: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4E: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4F: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4G: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4H: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4I: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4J: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4K: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4L: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4M: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4N: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
4O: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5A: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5B: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5C: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5D: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5E: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5F: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5G: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5H: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5I: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5J: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5K: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5L: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5M: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5N: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
5O: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
M: Maturation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)570,381146
ポリマ－556,37276
非ポリマー14,00970
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Type IV conjugative transfer system pilin TraA


分子量: 6831.216 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y2ZDR2
#2: タンパク質 Maturation protein / MP / Assembly protein / A protein


分子量: 44030.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage MS2 (ファージ) / 参照: UniProt: P03610
#3: 化合物...
ChemComp-KSV / (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate / O-(L-グリセロ-3-ホスホ)エタノ-ル


分子量: 200.127 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O6P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1F-pilus/MS2 maturation protein complexCOMPLEXF-pilus/MS2 Maturation protein complex#1-#20NATURAL
2Enterobacteria phage MS2 maturation proteinCOMPLEX#21NATURAL
3F-pilusCOMPLEX#11NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Enterobacteria phage MS2 (ファージ)329852
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9PHENIX1.13モデル精密化
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168989 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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