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- PDB-6nlg: 1.50 A resolution structure of BfrB (C89S/K96C) from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nlg
タイトル1.50 A resolution structure of BfrB (C89S/K96C) from Pseudomonas aeruginosa in complex with a small molecule fragment (analog 1)
要素Bacterioferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / IRON BINDING / IRON MOBILIZATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / 5-hydroxy-1H-isoindole-1,3(2H)-dione / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lovell, S. / Punchi-Hewage, A. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Nammalwar, B. / Gnanasekaran, K.K. / Bunce, R.A. / Reitz, A.B. / Rivera, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125529 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1615767 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Small Molecule Inhibitors of the BfrB-Bfd Interaction Decrease Pseudomonas aeruginosa Fitness and Potentiate Fluoroquinolone Activity.
著者: Punchi Hewage, A.N.D. / Yao, H. / Nammalwar, B. / Gnanasekaran, K.K. / Lovell, S. / Bunce, R.A. / Eshelman, K. / Phaniraj, S.M. / Lee, M.M. / Peterson, B.R. / Battaile, K.P. / Reitz, A.B. / Rivera, M.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,06026
ポリマ－74,1524
非ポリマー3,90722
水9,854547
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,358156
ポリマ－444,91424
非ポリマー23,444132
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area88870 Å2
ΔGint-1549 kcal/mol
Surface area131750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.814, 153.814, 153.406
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

SO4

21B-203-

SO4

31C-202-

HEM

41C-202-

HEM

51D-202-

HEM

61D-202-

HEM

71B-408-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bacterioferritin


分子量: 18538.066 Da / 分子数: 4 / 変異: C89S, K96C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase

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非ポリマー , 6種, 569分子

#2: 化合物 ChemComp-KT7 / 5-hydroxy-1H-isoindole-1,3(2H)-dione


分子量: 163.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H5NO3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M MES, 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.84 Å / Num. obs: 168538 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 17.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 1.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8167 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.417 / Rrim(I) all: 1.897 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.98 Å47.84 Å
Translation6.98 Å47.84 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TOF

4tof


解像度: 1.5→38.352 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 14.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1581 8506 5.05 %
Rwork0.1501 --
obs0.1505 168491 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.41 Å2 / Biso mean: 21.0112 Å2 / Biso min: 11.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→38.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5087 0 294 547 5928
Biso mean--34.54 33.5 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0397677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6823311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.51710.24162810.22595214549599
1.5171-1.53490.23792920.22255204549699
1.5349-1.55360.23133020.21235230553299
1.5536-1.57330.21512940.2095195548999
1.5733-1.5940.23682840.19975222550699
1.594-1.61580.21792580.18535288554699
1.6158-1.63890.17832840.18245241552599
1.6389-1.66340.20322550.17955264551999
1.6634-1.68940.19262780.17725284556299
1.6894-1.71710.18072690.16985270553999
1.7171-1.74670.19482610.16925305556699
1.7467-1.77840.17742840.1585263554799
1.7784-1.81260.17212830.15615295557899
1.8126-1.84960.17192520.1485323557599
1.8496-1.88990.16982730.145153015574100
1.8899-1.93380.1622960.145352805576100
1.9338-1.98220.16183150.138352775592100
1.9822-2.03580.16242660.136953365602100
2.0358-2.09570.14872800.13353405620100
2.0957-2.16330.142850.126453485633100
2.1633-2.24060.13192510.122753775628100
2.2406-2.33030.13282960.121253495645100
2.3303-2.43640.14623060.124853505656100
2.4364-2.56480.13933000.127553645664100
2.5648-2.72540.14562870.134853955682100
2.7254-2.93580.15352960.136654125708100
2.9358-3.23110.13812850.146654335718100
3.2311-3.69830.15373020.142154745776100
3.6983-4.65820.13483290.137655055834100
4.6582-38.3640.18962620.201658466108100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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