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- PDB-6nle: X-ray structure of LeuT with V269 deletion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nle
タイトルX-ray structure of LeuT with V269 deletion
要素Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / LeuT
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
LEUCINE / N-OCTANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.615 Å
データ登録者Navratna, V. / Yang, D. / Gouaux, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural, functional, and behavioral insights of dopamine dysfunction revealed by a deletion inSLC6A3.
著者: Campbell, N.G. / Shekar, A. / Aguilar, J.I. / Peng, D. / Navratna, V. / Yang, D. / Morley, A.N. / Duran, A.M. / Galli, G. / O'Grady, B. / Ramachandran, R. / Sutcliffe, J.S. / Sitte, H.H. / ...著者: Campbell, N.G. / Shekar, A. / Aguilar, J.I. / Peng, D. / Navratna, V. / Yang, D. / Morley, A.N. / Duran, A.M. / Galli, G. / O'Grady, B. / Ramachandran, R. / Sutcliffe, J.S. / Sitte, H.H. / Erreger, K. / Meiler, J. / Stockner, T. / Bellan, L.M. / Matthies, H.J.G. / Gouaux, E. / Mchaourab, H.S. / Galli, A.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,89914
ポリマ－56,4551
非ポリマー1,44513
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.540, 86.140, 81.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)


分子量: 56454.594 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 4-508 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854
#7: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 92分子

#2: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 3000, 100 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, and 200 mM magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→76.256 Å / Num. obs: 51787 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.011 % / Biso Wilson estimate: 49.66 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.62-2.682.5440.4131.8920420.6010.51195
2.68-2.762.6290.3832.1820020.7890.46995.9
2.76-2.842.6160.3812.319610.7480.46995.8
2.84-2.922.6310.3612.619250.7610.44696.4
2.92-3.022.8170.3333.1118870.8430.40496.8
3.02-3.132.9380.3133.5818070.8610.37896.9
3.13-3.242.9380.2534.4817700.9320.30697.7
3.24-3.383.030.2215.6517020.9460.26598.3
3.38-3.532.9410.216.3216320.9390.25497.4
3.53-3.72.9490.1668.2214780.9530.19992.2
3.7-3.93.2990.1499.4614250.9740.17593.9
3.9-4.133.4230.09713.9214320.9860.11498.6
4.13-4.423.4940.07616.9813170.9910.08998.9
4.42-4.773.2610.05719.1912770.9950.06999.1
4.77-5.233.5570.05919.111430.9960.06999.2
5.23-5.853.5290.0716.4910540.9940.08399.3
5.85-6.753.3140.07115.979260.9940.08599.2
6.75-8.273.3970.04621.777960.9970.05499.5
8.27-11.73.4180.03429.286130.9980.0498.4
11.7-76.2563.2280.02632.373510.9990.03197

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.68 Å76.26 Å
Translation6.68 Å76.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2597精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
Coot0.8.3モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.615→76.256 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 27.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 2588 5 %
Rwork0.2244 --
obs0.2262 51787 90.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.12 Å2 / Biso mean: 57.2013 Å2 / Biso min: 27.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.615→76.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 96 80 4000
Biso mean--77.03 54.93 -
残基数----491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4575475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.292245
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6151-2.66540.32731150.29892405252081
2.6654-2.71980.35331350.30352563269883
2.7198-2.7790.3261340.3022544267884
2.779-2.84360.28521290.30362502263183
2.8436-2.91470.34341460.31392607275385
2.9147-2.99360.31551390.30422669280888
2.9936-3.08160.38491480.30332755290390
3.0816-3.18110.33471500.31152722287290
3.1811-3.29480.31551450.26082787293292
3.2948-3.42670.27781420.23032744288692
3.4267-3.58270.28271450.23712701284688
3.5827-3.77160.30791310.29182513264483
3.7716-4.00790.22061510.20232872302396
4.0079-4.31730.2291540.18483041319598
4.3173-4.75170.25221540.16342903305796
4.7517-5.43910.16751580.17042983314198
5.4391-6.8520.2721540.20792937309198
6.852-76.28860.19741580.18292951310997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1614-0.7114-0.10711.30530.15142.1138-0.02080.0127-0.0765-0.08850.09910.09690.0412-0.1864-0.08410.369-0.0496-0.04570.32060.02910.2897-18.9448-13.748116.1893
20.9812-0.2052-0.27551.36380.17281.522-0.05260.0946-0.042-0.05530.07550.1511-0.0705-0.2121-0.01840.387-0.0111-0.05720.40440.04410.3479-22.5419-14.666311.8135
33.4166-0.93662.48431.9082-1.10334.28570.0878-0.2068-0.11730.18040.08840.3331-0.0393-0.4358-0.17170.36410.03880.0820.42090.0060.3454-31.7514-8.141925.6643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 190 )A4 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 191 through 437 )A191 - 437
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 438 through 508 )A438 - 508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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