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- PDB-6nko: Crystal structure of ForH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nko
タイトルCrystal structure of ForH
要素ForH
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Apo structure / Formycin A
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AICAR transformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Zheng, J. / Irani, S. / Zhang, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Identification of the Formycin A Biosynthetic Gene Cluster from Streptomyces kaniharaensis Illustrates the Interplay between Biological Pyrazolopyrimidine Formation and de Novo Purine Biosynthesis.
著者: Wang, S.A. / Ko, Y. / Zeng, J. / Geng, Y. / Ren, D. / Ogasawara, Y. / Irani, S. / Zhang, Y. / Liu, H.W.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ForH
B: ForH
C: ForH
D: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7704
ポリマ－92,7704
非ポリマー00
水2,270126
1
A: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1921
ポリマ－23,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1921
ポリマ－23,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1921
ポリマ－23,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1921
ポリマ－23,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: ForH
D: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3852
ポリマ－46,3852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
6
B: ForH
C: ForH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3852
ポリマ－46,3852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.218, 111.401, 163.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
ForH


分子量: 23192.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H038*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月22日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 41344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 15.14
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 4551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M9N

1m9n


解像度: 2.403→48.93 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 1864 5 %
Rwork0.2117 --
obs0.2142 37263 89.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→48.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5814 0 0 126 5940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6348020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0713596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4032-2.46810.36961370.2662605X-RAY DIFFRACTION88
2.4681-2.54070.30831460.25152786X-RAY DIFFRACTION93
2.5407-2.62280.31861460.24872775X-RAY DIFFRACTION93
2.6228-2.71650.31551480.24322790X-RAY DIFFRACTION92
2.7165-2.82520.34851420.24332703X-RAY DIFFRACTION91
2.8252-2.95380.31211440.22882726X-RAY DIFFRACTION91
2.9538-3.10950.26871440.22452752X-RAY DIFFRACTION91
3.1095-3.30430.25771450.22722740X-RAY DIFFRACTION91
3.3043-3.55930.27411440.21912747X-RAY DIFFRACTION90
3.5593-3.91740.20871420.18942694X-RAY DIFFRACTION89
3.9174-4.48390.23721420.18212703X-RAY DIFFRACTION88
4.4839-5.64790.20521430.19182711X-RAY DIFFRACTION88
5.6479-48.94050.28041410.20912667X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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