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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nko | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ForH | |||||||||
要素 | ForH | |||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Apo structure / Formycin A | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase activity / purine nucleotide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces kaniharaensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng, J. / Irani, S. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019 タイトル: Identification of the Formycin A Biosynthetic Gene Cluster from Streptomyces kaniharaensis Illustrates the Interplay between Biological Pyrazolopyrimidine Formation and de Novo Purine Biosynthesis. 著者: Wang, S.A. / Ko, Y. / Zeng, J. / Geng, Y. / Ren, D. / Ogasawara, Y. / Irani, S. / Zhang, Y. / Liu, H.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nko.cif.gz | 157.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nko.ent.gz | 123.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nko.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nko_validation.pdf.gz | 450.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nko_full_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nko_validation.xml.gz | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nko_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nko | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1m9nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23192.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces kaniharaensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H038*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 41344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 15.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 4551 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1M9N 解像度: 2.403→48.93 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.65
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.403→48.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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