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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nkl | |||||||||
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タイトル | 2.2 A resolution structure of VapBC-1 from nontypeable Haemophilus influenzae | |||||||||
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![]() | ANTITOXIN / Toxin / H. influenzae / protein-protein complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA nuclease activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of VapBC-1 from Nontypeable Haemophilus influenzae and the Effect of PIN Domain Mutations on Survival during Infection. 著者: Molinaro, A.L. / Kashipathy, M.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Coussens, N.P. / Shen, M. / Daines, D.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ecdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16894.568 Da / 分子数: 2 / 断片: VapB-1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues at the C-terminus (LLEHHHHHH) are from the purification tag. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vapC1, vapC, BV136_01367, BVZ80_01200, CH628_04345, NCTC11872_02278 プラスミド: pDD686 詳細 (発現宿主): The VapB-1 and VapC-1 complex was coexpressed 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2R3FUY7, UniProt: Q57122*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 10872.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues (MASMTGG QQMGRDPNSS S) at the N-terminus are from the cloning vector. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vapB1, BV136_01366, BVZ80_01199, CH628_04350 / プラスミド: pDD686 詳細 (発現宿主): The VapB-1 and VapC-1 complex was coexpressed 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→48.01 Å / Num. obs: 23388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 37.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 10.9 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ECD 解像度: 2.2→48.01 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 24.05
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.71 Å2 / Biso mean: 43.4897 Å2 / Biso min: 20.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→48.01 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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