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万見
- PDB-6nki: Structure of PhqB Reductase Domain from Penicillium fellutanum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nki
タイトルStructure of PhqB Reductase Domain from Penicillium fellutanum
要素NRPS
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-N結合を形成; 酸-アンモニア・アミンリガーゼ（アミド合成） / alkaloid metabolic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / 酸化還元酵素 / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / isomerase activity / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Nonribisomal peptide synthase phqB
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium fellutanum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dan, Q. / Newmister, S.A. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA070375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042303 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Fungal indole alkaloid biogenesis through evolution of a bifunctional reductase/Diels-Alderase.
著者: Dan, Q. / Newmister, S.A. / Klas, K.R. / Fraley, A.E. / McAfoos, T.J. / Somoza, A.D. / Sunderhaus, J.D. / Ye, Y. / Shende, V.V. / Yu, F. / Sanders, J.N. / Brown, W.C. / Zhao, L. / Paton, R.S. ...著者: Dan, Q. / Newmister, S.A. / Klas, K.R. / Fraley, A.E. / McAfoos, T.J. / Somoza, A.D. / Sunderhaus, J.D. / Ye, Y. / Shende, V.V. / Yu, F. / Sanders, J.N. / Brown, W.C. / Zhao, L. / Paton, R.S. / Houk, K.N. / Smith, J.L. / Sherman, D.H. / Williams, R.M.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0912
ポリマ－47,3461
非ポリマー7451
水00
1
A: NRPS
ヘテロ分子

A: NRPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1824
ポリマ－94,6912
非ポリマー1,4912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area4420 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.636, 91.644, 124.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 NRPS


分子量: 47345.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence is unknown for twenty residues at the N-terminus of the PhqB reductase domain crystal structure due to disconnectivity and poor quality of local electron density, which led to a ploy-ALA build.
由来: (組換発現) Penicillium fellutanum (菌類) / 遺伝子: phqB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0E2U2
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.82 Å / Num. obs: 14760 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 79.11 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1433 / CC1/2: 0.64 / Rrim(I) all: 2.57 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.82 Å / SU ML: 0.5102 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 40.2151
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3245 1476 10.01 %
Rwork0.2653 --
obs0.2706 14746 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 127.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 48 0 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00962845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24883915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7598977
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.3891300.40411177X-RAY DIFFRACTION99.85
2.68-2.780.44181330.42321196X-RAY DIFFRACTION99.92
2.78-2.890.46931320.36071177X-RAY DIFFRACTION99.85
2.89-3.020.43291320.33781203X-RAY DIFFRACTION99.55
3.02-3.180.37791310.31661173X-RAY DIFFRACTION99.92
3.18-3.380.38591340.32261199X-RAY DIFFRACTION99.85
3.38-3.640.39851350.29781218X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.010.28851320.25091193X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.580.26091360.21231225X-RAY DIFFRACTION100
4.58-5.770.26841360.23311222X-RAY DIFFRACTION99.85
5.77-45.830.3281450.25231287X-RAY DIFFRACTION99.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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