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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nkf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Lipase Lip_vut4 from Goat Rumen metagenome. | ||||||
![]() | Lip_vut4, C3L | ||||||
![]() | HYDROLASE / Lipase / goat rumen metagenomics | ||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-BUTANOL / Esterase/lipase/thioesterase![]() | ||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Welk, L. / Mukendi, G. / Nkhi, G. / Motloi, T. / Jedrzejczak, R. / Feto, N. / Joachimiak, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Lipase Lip_vut4 from Goat Rumen metagenome. 著者: Kim, Y. / Welk, L. / Jedrzejczak, R. / Feto, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 494.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34466.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SBT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate pH 6.9, 20 % (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 119411 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5862 / CC1/2: 0.844 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.232→42.723 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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