PDB-6nkc: Crystal Structure of the Lipase Lip_vut1 from Goat Rumen metagenome.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nkc

タイトル

Crystal Structure of the Lipase Lip_vut1 from Goat Rumen metagenome.

要素

Lipase, Lip_vut1

キーワード

HYDROLASE / Lipase / goat rumen metagenomics

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.631 Å

データ登録者

Kim, Y. / Welk, L. / Mukendi, G. / Nkhi, G. / Motloi, T. / Jedrzejczak, R. / Feto, N. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Lipase Lip_vut1 from Goat Rumen metagenome.
著者: Kim, Y. / Welk, L. / Jedrzejczak, R. / Feto, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nkc.cif.gz	151.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nkc.ent.gz	118.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nkc_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nkc_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	6nkc_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	6nkc_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t2nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rcf-d 4j5b-d 1zkf-1 1awt-2 4nmu-4 3rdb-d 1e3b-d 4j5c-d 3rda-d 4zsd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase, Lip_vut1

B: Lipase, Lip_vut1

ヘテロ分子

39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase, Lip_vut1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipase, Lip_vut1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.870, 49.870, 141.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Lipase, Lip_vut1 分子量: 19611.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1D8GR37, UniProt: Q65HR4*PLUS, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 % Tryptone, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.001 M Sodium azide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 42897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 2156 / CC_1/2: 0.732 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T2N

1t2n

解像度: 1.631→35.263 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1885	2017	4.71 %
R_work	0.1573	-	-
obs	0.1587	42819	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.631→35.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2575	0	13	387	2975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	3572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.751	927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6308-1.6716	0.2443	156	0.2408	2868	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6716-1.7168	0.2883	138	0.2165	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7168-1.7673	0.214	136	0.2027	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7673-1.8244	0.2238	154	0.1898	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8244-1.8896	0.2203	127	0.1759	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8896-1.9652	0.2003	130	0.1624	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9652-2.0547	0.1832	132	0.1567	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0547-2.163	0.1971	186	0.1536	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.163-2.2985	0.1719	156	0.1467	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2985-2.4759	0.1847	133	0.1545	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4759-2.725	0.2368	145	0.1574	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.725-3.1191	0.1964	138	0.1609	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1191-3.9289	0.1716	163	0.1442	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9289-35.2716	0.1431	123	0.1402	2969	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9135	-0.1621	1.891	1.6831	0.1133	5.8978	0.43	0.0169	-0.3273	0.1363	-0.1187	-0.2003	0.7186	-0.2558	-0.2955	0.1862	-0.0164	-0.0021	0.1774	0.0187	0.1762	28.5402	10.3005	139.1534
2	2.5601	0.2893	-0.0141	2.3736	-0.7239	2.718	0.0499	0.0879	-0.037	-0.1028	-0.0876	-0.2453	0.0265	0.2423	0.0309	0.1446	0.0243	0.0019	0.1956	-0.0026	0.1693	31.3707	7.2126	140.9123
3	1.7886	-0.1606	-1.187	1.4902	-0.7678	2.8642	0.1127	0.1199	0.1831	-0.0125	-0.0804	-0.0901	-0.2102	0.0345	-0.0275	0.1625	0.005	0.0024	0.1801	0.0252	0.1941	29.9996	16.8001	134.4855
4	1.4405	0.5386	-0.5364	2.4806	-0.716	2.8777	0.1141	0.2045	0.2402	-0.0303	-0.0025	0.0558	-0.2928	-0.1428	-0.1044	0.1942	0.0286	0.0165	0.1872	0.0265	0.2155	22.6895	19.8299	136.1891
5	2.44	-0.2578	-0.7157	5.0229	1.0053	2.9792	-0.0426	0.1391	0.1711	-0.2467	-0.0683	0.4589	-0.7756	-0.7155	0.1422	0.2123	0.0714	0.0072	0.2294	0.0218	0.2352	15.6933	21.7141	140.1986
6	1.6284	0.0616	-0.12	0.9853	0.2495	2.4859	0.0621	-0.1162	0.0738	0.0208	-0.0459	0.0998	-0.0436	-0.2597	-0.0089	0.136	-0.002	0.0094	0.1694	-0.0089	0.1678	17.6507	12.9186	151.0706
7	4.0816	-0.1674	0.6676	5.8534	-1.2567	7.932	0.2078	-0.1602	-0.1577	-0.1926	0.0053	0.5469	0.5059	-0.8439	-0.2179	0.1619	-0.0627	-0.0001	0.181	-0.0256	0.2217	17.033	3.394	142.2082
8	4.2357	0.2718	0.9754	1.7971	0.1774	5.1693	0.3925	0.0367	-0.471	-0.0933	-0.0618	0.1833	0.7001	0.4238	-0.299	0.1947	0.0204	-0.0064	0.1746	-0.0209	0.1755	-3.2028	-15.2265	134.5851
9	2.5164	-0.4641	-0.0698	2.1708	0.5806	2.537	0.0357	-0.0824	-0.0698	0.0711	-0.0703	0.2394	0.017	-0.2244	0.0341	0.1549	-0.034	-0.0044	0.1958	0.001	0.184	-6.4382	-17.7217	132.3161
10	1.6761	0.2443	-1.2454	1.3126	0.5923	2.6679	0.1502	-0.1139	0.1502	-0.0214	-0.1036	0.1048	-0.183	-0.0072	-0.0396	0.1536	-0.0011	0.0078	0.1696	-0.0262	0.1913	-5.0637	-8.14	138.7422
11	1.399	-0.5187	-0.4973	2.2026	0.7688	2.8798	0.0955	-0.2288	0.2598	0.1031	0.0083	-0.0805	-0.3028	0.1284	-0.0981	0.1795	-0.0381	0.0131	0.1809	-0.0272	0.2125	2.2489	-5.1001	137.0487
12	2.0262	0.54	-0.8526	4.7301	-1.1399	4.1544	-0.0279	-0.1601	0.2508	0.3515	-0.1027	-0.3668	-0.7663	0.807	0.1633	0.2418	-0.0714	0.0125	0.2451	-0.0285	0.2485	9.6885	-3.4504	133.5483
13	1.8751	0.0491	-0.0549	1.0642	-0.2949	2.5188	0.0586	0.1663	0.0841	-0.0256	-0.0199	-0.1247	-0.0932	0.2509	-0.0311	0.1453	0.0008	0.0116	0.1701	0.0045	0.1804	7.2747	-12.0201	122.1405
14	4.5938	0.4618	1.2673	6.5506	1.9637	1.9487	0.3342	0.0691	-0.3448	0.1459	0.0811	-0.529	0.4526	0.7498	-0.4271	0.1748	0.0446	-0.0124	0.1994	0.019	0.2105	7.8836	-21.5316	131.0051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 16 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 48 through 79 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 80 through 102 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 103 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 120 through 158 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 159 through 172 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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