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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nka | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with 2'-deoxycytidine | ||||||
![]() | ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD | ||||||
![]() | TRANSFERASE / enzyme / synthetase / nucleotide triphosphate binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with 2'-deoxycytidine 著者: Thompson, A.P. / Bruning, J.B. / Wegener, K.L. / Polyak, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23285.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-DCZ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.2 - 1.7 M NaCitrate, 0.1M Tris pH 8, 10 - 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.23→49.01 Å / Num. obs: 44722 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 25.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 627582 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.5 Å2 / Biso mean: 37.0368 Å2 / Biso min: 13.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.23→49.014 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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