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Yorodumi- PDB-6njd: Crystal structure of RavD (residues 1-200) from Legionella pneumo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6njd | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of RavD (residues 1-200) from Legionella pneumophila (strain Corby) complexed with Met-1 linked di-ubiquitin | ||||||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Deubiquitinase / Bacterial effector | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily Similarity search - Domain/homology | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Legionella pneumophila (bacteria) | ||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | China, United Kingdom, 7items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2019 Title: A bacterial effector deubiquitinase specifically hydrolyses linear ubiquitin chains to inhibit host inflammatory signalling. Authors: Wan, M. / Wang, X. / Huang, C. / Xu, D. / Wang, Z. / Zhou, Y. / Zhu, Y. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6njd.cif.gz | 276.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6njd.ent.gz | 231.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6njd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6njd_validation.pdf.gz | 453.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6njd_full_validation.pdf.gz | 458.9 KB | Display | |
Data in XML | 6njd_validation.xml.gz | 27.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6njd_validation.cif.gz | 39 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/6njd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/6njd | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17607.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: F5H747 #2: Protein | Mass: 22939.090 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) / Strain: Corby / Gene: LPC_0242 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) / References: UniProt: A0A509GV61*PLUS #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride and 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97736 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97736 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50.01 Å / Num. obs: 87704 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.975 % / Biso Wilson estimate: 52.129 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.296 / Net I/σ(I): 17.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.05→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 11.912 / SU ML: 0.162 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.182 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.57 Å2 / Biso mean: 60.34 Å2 / Biso min: 31.58 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→50.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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