PDB-6njc: Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6njc

タイトル

Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus

要素

Sialate O-acetylesterase

キーワード

HYDROLASE / Sialate O-acetylesterase / alpha-beta fold / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG

機能・相同性

: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / lysophospholipase activity / SGNH hydrolase superfamily / metal ion binding / ACETIC ACID / FORMIC ACID / Sialate O-acetylesterase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides vulgatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kim, Y. / Li, H. / Biglow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus
著者: Kim, Y. / Li, H. / Biglow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2019年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6njc.cif.gz	186 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6njc.ent.gz	155.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6njc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6njc_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6njc_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	6njc_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	6njc_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/6njc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/6njc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6xpg-1 6xpm-1 3mgk-d 4ae6-2 3siy-2 3ie1-3 4egr-4 4ae9-2 3g7u-d 2pqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC113151

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sialate O-acetylesterase

B: Sialate O-acetylesterase

ヘテロ分子

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.046, 101.046, 100.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sialate O-acetylesterase 分子量: 23158.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154) (バクテリア) 株: ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154 遺伝子: BVU_4141 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6L7S9

#1: タンパク質

Sialate O-acetylesterase

分子量: 23158.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154) (バクテリア)
株: ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154
遺伝子: BVU_4141 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6L7S9

-
非ポリマー , 6種, 256分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Acetate pH 4.5, 2.5 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 45853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.22 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2264 / CC_1/2: 0.827 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→40.097 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 18.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	2291	5 %
R_work	0.1583	-	-
obs	0.1595	45804	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.097 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3218	0	39	242	3499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.78	4714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.29	2101
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8978-1.9391	0.2165	122	0.2215	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9391-1.9842	0.2568	141	0.1901	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9842-2.0338	0.1887	115	0.1863	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0338-2.0888	0.1999	161	0.1732	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0888-2.1503	0.2019	173	0.1634	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1503-2.2197	0.1836	132	0.163	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2197-2.299	0.1984	178	0.1617	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.299-2.391	0.2197	127	0.1642	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.4999	0.2106	121	0.1766	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4999-2.6316	0.2196	157	0.1712	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6316-2.7965	0.1944	128	0.1724	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7965-3.0123	0.1883	142	0.1792	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0123-3.3153	0.2089	181	0.1654	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3153-3.7947	0.1522	154	0.1399	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7947-4.7797	0.1385	129	0.1236	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7797-40.1056	0.1667	130	0.1581	2774	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8819	-0.0894	0.8538	0.1256	0.6975	5.4852	-0.1592	0.0002	0.3924	-0.0072	-0.1767	0.3043	-0.3805	-0.2516	0.2485	0.2139	0.0265	0.0242	0.1979	-0.0033	0.2225	41.5809	56.9763	-6.184
2	1.9212	0.2008	-0.5558	1.6019	-0.2567	1.5039	-0.2921	-0.399	-0.425	0.157	0.0404	0.0467	0.3516	0.16	0.1008	0.2797	0.0921	0.0917	0.2023	0.1103	0.2776	48.8526	47.7229	4.0809
3	0.6286	-0.4041	-0.6743	0.8749	0.0551	1.7131	-0.0913	-0.8019	0.0887	0.1295	0.0042	-0.2865	-0.0212	0.6001	0.0915	0.2356	0.0184	-0.0547	0.4831	0.0418	0.2029	61.8026	61.8539	5.9852
4	0.1786	-0.3373	-0.0425	1.4998	-0.9606	1.9438	-0.3386	-0.7112	-0.4828	0.3321	0.1368	-0.4832	0.1581	0.9209	0.257	0.2631	0.2033	0.0102	0.4458	0.1946	0.3164	64.4455	50.3904	2.466
5	6.5874	-0.1557	0.6035	4.5611	-1.766	6.4173	-0.111	0.0697	0.4107	0.0634	-0.195	-0.3943	-0.4656	0.2969	0.1908	0.2197	-0.0331	0.0249	0.2075	0.0104	0.2264	59.4686	57.5503	-14.5806
6	1.1517	0.1039	0.3116	1.458	0.9216	1.0615	-0.3215	0.1867	-0.4976	-0.0396	0.0286	0.0643	0.4958	-0.148	0.1946	0.3199	-0.0434	0.1212	0.1693	-0.0687	0.3386	51.4859	45.7569	-18.7613
7	1.7384	-0.5684	-0.1697	3.1625	-0.0531	1.1308	-0.2722	0.7308	-0.3087	-0.3618	0.0142	-0.2153	0.271	-0.2089	0.0574	0.3518	-0.117	0.103	0.3227	-0.1391	0.3059	53.3594	49.0699	-30.244
8	1.2824	0.3129	-0.7117	1.3231	0.0555	2.0646	-0.2254	0.7448	-0.2069	-0.2363	0.0775	0.3623	0.1421	-0.8205	0.2112	0.2549	-0.1079	-0.0237	0.4548	-0.1258	0.2556	37.6937	54.5811	-24.7698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 139 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 170 through 220 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 38 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 39 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 85 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 138 through 220 )

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