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- PDB-6niv: Racemic Phenol-Soluble Modulin Alpha 3 Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6niv
タイトルRacemic Phenol-Soluble Modulin Alpha 3 Peptide
要素Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3
キーワードPROTEIN FIBRIL / PEPTIDE TOXIN / RACEMIC CRYSTALLIZATION
機能・相同性Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yao, Z. / Cary, B.P. / Bingman, C.A. / Wang, C. / Kreitler, D.F. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061238 米国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS1353674 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-120006 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Use of a Stereochemical Strategy To Probe the Mechanism of Phenol-Soluble Modulin alpha 3 Toxicity.
著者: Yao, Z. / Cary, B.P. / Bingman, C.A. / Wang, C. / Kreitler, D.F. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6091
ポリマ－2,6091
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)11.160, 28.360, 29.410
Angle α, β, γ (deg.)111.79, 94.27, 95.12
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3 / Psm alpha-3


分子量: 2609.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: H9BRQ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.93 % / 解説: needle-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M KCl, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate, 5/4 PO/OH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→16.02 Å / Num. obs: 5252 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/av σ(I): 5 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.451→1.502 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5769 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 330 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.5769 / Rrim(I) all: 0.8159 / % possible all: 56.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I55

5i55


解像度: 1.45→16.016 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 518 9.87 %
Rwork0.1795 --
obs0.1832 5248 89.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→16.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数185 0 0 26 211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.127259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.91372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4499-1.59570.40331070.322977X-RAY DIFFRACTION72
1.5957-1.82630.27521360.21511239X-RAY DIFFRACTION94
1.8263-2.29990.22081350.17611250X-RAY DIFFRACTION95
2.2999-16.01660.18141400.15741264X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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