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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nib | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Medicago truncatula Agmatine Iminohydrolase (Deiminase) | ||||||
![]() | Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Polyamine metabolism / Putrescine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() agmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / protein-arginine deiminase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sekula, B. / Dauter, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Study of Agmatine Iminohydrolase FromMedicago truncatula, the Second Enzyme of the Agmatine Route of Putrescine Biosynthesis in Plants. 著者: Sekula, B. / Dauter, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41249.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 組織: Leaves / 遺伝子: 11445422, MTR_4g112810, MtrunA17_Chr4g0061951 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Sodium Acetate, 20% PEG 3350, cryoprotected with 25% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si (1111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→39.96 Å / Num. obs: 121248 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.63 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5584 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 0.56 / % possible all: 58.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VKP 解像度: 1.2→34.695 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.695 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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