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万見
- PDB-6nhy: Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nhy
タイトルStructure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 mutant (G217Y) - Trimer Only
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
キーワードIMMUNE SYSTEM / transmembrane helix trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). ...Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chou, J.J. / Pan, L. / Zhao, L. / Chen, W. / Piai, A. / Fu, T. / Wu, H. / Liu, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116898 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Higher-Order Clustering of the Transmembrane Anchor of DR5 Drives Signaling.
著者: Pan, L. / Fu, T.M. / Zhao, W. / Zhao, L. / Chen, W. / Qiu, C. / Liu, W. / Liu, Z. / Piai, A. / Fu, Q. / Chen, S. / Wu, H. / Chou, J.J.
履歴
登録2018年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4953
ポリマ－11,4953
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, OG-label method (Chen et al: The Unusual Transmembrane Partition of the Hexameric Channel of the Hepatitis C Virus. Structure, 26(4):627-634 (2018).)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1380 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10660 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B / Death receptor 5 / TNF-related apoptosis-inducing ligand receptor 2 / TRAIL-R2


分子量: 3831.821 Da / 分子数: 3 / 変異: G217Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TNFRSF10B, DR5, KILLER, TRAILR2, TRICK2, ZTNFR9, UNQ160/PRO186
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O14763

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1TROSY HSQC
121isotropic1TROSY HNCA
131isotropic1TROSY HN(CO)CA
141isotropic1TROSY HN(CA)CO
151isotropic1TROSY HNCO
161isotropic23D 15N NOE-TROSY-HSQC
172isotropic33D 15N NOE-TROSY-HSQC
182isotropic32D 1H-13C HSQC
192isotropic33D 13C NOE-HSQC
1103isotropic32D 1H-13C HSQC
1113isotropic33D 15N NOE-TROSY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O(15N, 13C, 85% 2H) labeled sample for backbone resonance assignmentNCD_sample95% H2O/5% D2O
bicelle20.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O(15N, 13C) labeled sample for NOE assignmentsNC_sample95% H2O/5% D2O
bicelle30.4 mM [15%-13C; U-15N; H-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2OIsotope mixed sample for detecting inter-chain NOEsmixed_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMTransmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y[U-13C; U-15N; 85%-2H]1
50 mMDMPCnatural abundance1
100 mMDHPCnatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.8 mMTransmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y[U-13C; U-15N]2
50 mMDMPC[acyl chain U-2H]2
100 mMDHPC[acyl chain U-2H]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.4 mMTransmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y[15%-13C; U-15N; H-2H]3
50 mMDMPC[acyl chain U-2H]3
100 mMDHPC[acyl chain U-2H]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001cryogenic probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502cryogenic probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003cryogenic probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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