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万見
- PDB-1u34: 3D NMR structure of the first extracellular domain of CRFR-2beta,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u34
タイトル3D NMR structure of the first extracellular domain of CRFR-2beta, a type B1 G-protein coupled receptor
要素Corticotropin releasing factor receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta sheets and Loops
機能・相同性
機能・相同性情報


Class B/2 (Secretin family receptors) / corticotrophin-releasing factor receptor activity / G alpha (s) signalling events / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / hormone activity / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 2 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 2 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Corticotropin-releasing factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Grace, C.R. / Perrin, M.H. / DiGruccio, M.R. / Miller, C.L. / Rivier, J.E. / Vale, W.W. / Riek, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: NMR structure and peptide hormone binding site of the first extracellular domain of a type B1 G protein-coupled receptor
著者: Grace, C.R. / Perrin, M.H. / DiGruccio, M.R. / Miller, C.L. / Rivier, J.E. / Vale, W.W. / Riek, R.
履歴
登録2004年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticotropin releasing factor receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6261
ポリマ－13,6261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #6closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Corticotropin releasing factor receptor 2 / CRFR2b


分子量: 13626.097 Da / 分子数: 1 / 断片: ECD1 of CRFR2b / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60748
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNCA-J
1413D CBCA(CO)NH
1522D TOCSY
1622D NOESY
NMR実験の詳細Text: The NOEs for structure calculation were taken from 3D and 2D NOESY experiments

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2mM 13C, 15N labelled ECD1-CRFR2b in 10mM BisTris(HCl); pH 7.495% H2O/5% D2O
20.2mM 13C, 15N labelled ECD1-CRFR2b in 10mM BisTris(HCl); pH 7.4100% D2O
試料状態イオン強度: 0.2mM in 10mM BisTris(HCl) / pH: 7.4 / 圧: Ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Peter Guntert, Torsten Herrmann構造決定
CYANA1.0.6Peter Guntert, Torsten Herrmann精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1089 meaningful distance restraints and 362 angle restraints were used as an input in the program CYANA followed by restrained energy minimisation using INSIGHT.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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