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- PDB-6net: FAD-dependent monooxygenase TropB from T. stipitatus substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6net
タイトルFAD-dependent monooxygenase TropB from T. stipitatus substrate complex
要素FAD-dependent monooxygenase tropB
キーワードFLAVOPROTEIN / oxidative dearomatization
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / secondary metabolite biosynthetic process / FAD binding / monooxygenase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2,4-dihydroxy-3,6-dimethylbenzaldehyde / FAD-dependent monooxygenase tropB
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces stipitatus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rodriguez Benitez, A. / Tweedy, S.E. / Baker Dockrey, S.A. / Lukowski, A.L. / Wymore, T. / Khare, D. / Brooks, C.L. / Palfey, B.A. / Smith, J.L. / Narayan, A.R.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124880 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Structural basis for selectivity in flavin-dependent monooxygenase-catalyzed oxidative dearomatization.
著者: Rodriguez Benitez, A. / Tweedy, S.E. / Baker Dockrey, S.A. / Lukowski, A.L. / Wymore, T. / Khare, D. / Brooks 3rd, C.L. / Palfey, B.A. / Smith, J.L. / Narayan, A.R.H.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-dependent monooxygenase tropB
B: FAD-dependent monooxygenase tropB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,11610
ポリマ－99,8842
非ポリマー2,2338
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area34250 Å2
2
A: FAD-dependent monooxygenase tropB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0955
ポリマ－49,9421
非ポリマー1,1534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: FAD-dependent monooxygenase tropB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0215
ポリマ－49,9421
非ポリマー1,0794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.405, 183.834, 164.234
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FAD-dependent monooxygenase tropB / Tropolone synthesis protein B


分子量: 49941.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Talaromyces stipitatus (strain ATCC 10500 / CBS 375.48 / QM 6759 / NRRL 1006) (菌類)
株: ATCC 10500 / CBS 375.48 / QM 6759 / NRRL 1006 / 遺伝子: tropB, tsL1, TSTA_117740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8M9J8

-
非ポリマー , 5種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-KJY / 2,4-dihydroxy-3,6-dimethylbenzaldehyde


分子量: 166.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.11 M ammonium tartrate dibasic, 6% hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.245→45.96 Å / Num. obs: 47286 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 51.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.245→2.325 Å / Rmerge(I) obs: 2.457 / CC1/2: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NES

6nes


解像度: 2.25→45.96 Å / SU ML: 0.3754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2893
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 3845 3.92 %
Rwork0.1832 --
obs0.1855 47257 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6714 0 150 125 6989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01257165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19319732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05731013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4874162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.270.37071390.34753389X-RAY DIFFRACTION96.34
2.27-2.30.35191410.33053453X-RAY DIFFRACTION99.94
2.3-2.340.3361430.32193522X-RAY DIFFRACTION99.97
2.34-2.370.35821460.29853502X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.40.32571380.29063472X-RAY DIFFRACTION99.97
2.4-2.440.32061470.28683493X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.480.36151380.28983541X-RAY DIFFRACTION99.95
2.48-2.520.3381460.27663521X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.570.3521400.27833406X-RAY DIFFRACTION99.94
2.57-2.620.30451430.26813539X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.670.33811440.25833504X-RAY DIFFRACTION99.75
2.67-2.730.38981450.28643532X-RAY DIFFRACTION99.86
2.73-2.790.34131380.29463480X-RAY DIFFRACTION99.97
2.79-2.860.38021400.28233469X-RAY DIFFRACTION99.83
2.86-2.940.29541430.23193493X-RAY DIFFRACTION99.95
2.94-3.030.28561460.2063513X-RAY DIFFRACTION99.97
3.03-3.130.26661420.20533480X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.240.29711410.20573497X-RAY DIFFRACTION99.97
3.24-3.370.28511450.19613550X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.520.25291430.1733491X-RAY DIFFRACTION99.97
3.52-3.710.22711410.16013471X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.940.20021450.15213517X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.240.18471430.13553488X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.670.16581420.12233521X-RAY DIFFRACTION100
4.67-5.340.19961400.12423476X-RAY DIFFRACTION100
5.34-6.730.18271440.14483513X-RAY DIFFRACTION100
6.73-46.230.15151420.13643499X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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