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万見
- PDB-6ne4: Designed repeat protein specifically in complex with Fz7CRD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ne4
タイトルDesigned repeat protein specifically in complex with Fz7CRD
要素
  • Designed repeat binding protein
  • Frizzled-7
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / Frizzled / Designed protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN / BIOSYNTHETIC PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / somatic stem cell division / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / somatic stem cell division / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / stem cell population maintenance / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / cellular response to retinoic acid / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / Asymmetric localization of PCP proteins / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of JNK cascade / neuron differentiation / recycling endosome membrane / T cell differentiation in thymus / positive regulation of MAPK cascade / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.648 Å
データ登録者Miao, Y. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1R01DK115728 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Receptor subtype discrimination using extensive shape complementary designed interfaces.
著者: Dang, L.T. / Miao, Y. / Ha, A. / Yuki, K. / Park, K. / Janda, C.Y. / Jude, K.M. / Mohan, K. / Ha, N. / Vallon, M. / Yuan, J. / Vilches-Moure, J.G. / Kuo, C.J. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2018年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Designed repeat binding protein
A: Frizzled-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,54418
ポリマ－35,0752
非ポリマー1,46916
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.604, 68.367, 86.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

21B-447-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Designed repeat binding protein


分子量: 20963.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Frizzled-7 / hFz7 / FzE3


分子量: 14111.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75084
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Na2HPO4, citric acid, pH 4.2 and 2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.648→50 Å / Num. obs: 41862 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 38.1
反射 シェル解像度: 1.648→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 4055

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T44

5t44


解像度: 1.648→34.578 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 2000 4.78 %
Rwork0.1598 --
obs0.1611 41817 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.648→34.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 78 274 2697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3293353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0881488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6478-1.6890.25351370.21992714X-RAY DIFFRACTION97
1.689-1.73470.23641410.18992820X-RAY DIFFRACTION100
1.7347-1.78570.19071410.18012816X-RAY DIFFRACTION100
1.7857-1.84340.22461400.16922795X-RAY DIFFRACTION100
1.8434-1.90920.20141430.16572824X-RAY DIFFRACTION100
1.9092-1.98570.20851420.15882820X-RAY DIFFRACTION100
1.9857-2.0760.17921420.16242832X-RAY DIFFRACTION100
2.076-2.18550.18681420.15642827X-RAY DIFFRACTION100
2.1855-2.32240.20091410.16212825X-RAY DIFFRACTION100
2.3224-2.50160.20431430.15922850X-RAY DIFFRACTION100
2.5016-2.75330.20231440.16252869X-RAY DIFFRACTION100
2.7533-3.15150.19831450.1632874X-RAY DIFFRACTION100
3.1515-3.96960.16711460.14582910X-RAY DIFFRACTION100
3.9696-34.58590.16251530.15813041X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6912-0.05660.26530.4399-0.11960.82130.02430.05630.0272-0.01820.03950.04880.0229-0.1243-00.1763-0.0020.00580.21840.01450.1924-109.7148-329.2771174.8113
20.73080.38-0.80470.7598-0.45870.67030.12780.01380.0680.0674-0.0556-0.0423-0.13580.08660.08570.2137-0.01920.01290.1679-0.0030.1922-88.3181-324.9176167.3216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid -1 through 192)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 2 through 120)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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