ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | | 精密化 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | Coot | | モデル構築 | MoRDa | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→45.73 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.61 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1677 | 2379 | 6.03 % |
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Rwork | 0.1532 | 37070 | - |
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obs | 0.1541 | 39449 | 96.66 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 88.78 Å2 / Biso mean: 29.1193 Å2 / Biso min: 13.4 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→45.73 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2277 | 0 | 75 | 268 | 2620 |
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Biso mean | - | - | 44.23 | 38.78 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 305 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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1.6499-1.6836 | 0.3094 | 121 | 0.2398 | 1923 | 87 | 1.6836-1.7202 | 0.2216 | 137 | 0.2106 | 2009 | 91 | 1.7202-1.7602 | 0.2186 | 141 | 0.1782 | 2022 | 92 | 1.7602-1.8043 | 0.1776 | 117 | 0.1618 | 2106 | 94 | 1.8043-1.8531 | 0.1875 | 155 | 0.1542 | 2081 | 95 | 1.8531-1.9076 | 0.147 | 120 | 0.1503 | 2151 | 96 | 1.9076-1.9692 | 0.1877 | 146 | 0.1601 | 2156 | 97 | 1.9692-2.0395 | 0.1995 | 139 | 0.149 | 2173 | 98 | 2.0395-2.1212 | 0.1716 | 141 | 0.1526 | 2215 | 98 | 2.1212-2.2177 | 0.141 | 136 | 0.1426 | 2224 | 99 | 2.2177-2.3346 | 0.1835 | 138 | 0.1397 | 2217 | 98 | 2.3346-2.4809 | 0.1807 | 150 | 0.1497 | 2223 | 99 | 2.4809-2.6724 | 0.1642 | 143 | 0.1521 | 2252 | 100 | 2.6724-2.9413 | 0.1845 | 135 | 0.1543 | 2279 | 100 | 2.9413-3.3668 | 0.1647 | 149 | 0.1544 | 2284 | 100 | 3.3668-4.2414 | 0.1542 | 149 | 0.1395 | 2306 | 100 | 4.2414-50 | 0.1469 | 162 | 0.1592 | 2449 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.3207 | -1.6435 | 1.7325 | 3.1558 | -0.9999 | 2.6299 | 0.0118 | 0.0921 | -0.0416 | -0.0981 | 0.0357 | 0.0945 | -0.0161 | 0.048 | -0.0467 | 0.1201 | -0.0244 | 0.0263 | 0.111 | 0.0013 | 0.1177 | -11.4259 | 31.6906 | 4.3439 | 2 | 1.0463 | 0.9748 | 0.1568 | 3.37 | 0.1165 | 1.7179 | -0.0943 | 0.2412 | 0.0935 | -0.3605 | 0.0704 | 0.0469 | 0.0211 | 0.0509 | -0.0085 | 0.1988 | -0.0143 | 0.0125 | 0.2167 | 0.0014 | 0.1478 | -10.5521 | 27.6572 | -6.3483 | 3 | 0.9419 | 0.3589 | 0.194 | 1.424 | -0.3615 | 1.8767 | -0.0581 | 0.265 | -0.142 | -0.3585 | 0.0805 | -0.1177 | 0.2912 | 0.0037 | -0.0085 | 0.2393 | 0.0152 | 0.0322 | 0.203 | -0.0526 | 0.18 | -10.0993 | 12.8009 | -2.1001 | 4 | 1.9177 | -0.3522 | -0.3999 | 2.6005 | -0.0506 | 1.69 | 0.0147 | -0.0517 | 0.0919 | 0.1175 | -0.0224 | 0.1303 | -0.0654 | -0.1239 | 0.0016 | 0.1189 | 0.0016 | -0.0038 | 0.1452 | -0.0068 | 0.1432 | -11.3603 | 25.1358 | 17.2768 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 62 )A1 - 62 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 63 through 117 )A63 - 117 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 118 through 214 )A118 - 214 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 215 through 305 )A215 - 305 | | | | | | | | |
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