PDB-6nds: Structure of an HMG-CoA lyase from Acenitobacter baumannii in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nds

タイトル

Structure of an HMG-CoA lyase from Acenitobacter baumannii in complex with coenzyme A and 3-methylmalate

要素

3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA / CoA / beta-methylmalate / HMG / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / hydroxymethylglutaryl-CoA lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of an HMG-CoA lyase from Acenitobacter baumannii in complex with coenzyme A and 3-methylmalate
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nds.cif.gz	140 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nds.ent.gz	106.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cxw-d 2x8j-2 3mp5-3 3mp3-2 4qho-d 2jih-d 2cw6-1 3qvf-1 3mp5-1 6nkf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase

ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.460, 91.460, 78.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase / Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase YngG 分子量: 34818.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: yngG_1, ABUW_2506, CBI29_01513, DV997_16665 / プラスミド: AcbaC.18886.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0D5YK08, hydroxymethylglutaryl-CoA lyase

#1: タンパク質

3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase / Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase YngG

分子量: 34818.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: yngG_1, ABUW_2506, CBI29_01513, DV997_16665 / プラスミド: AcbaC.18886.a.B2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D5YK08, hydroxymethylglutaryl-CoA lyase

-
非ポリマー , 6種, 274分子

#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Top96 D11 (298571d11): 2 0.1 M Sodium Acetate: HCl, pH 4.6, 8% (w/v) PEG4000, 4mM NAD (bsi1606), 4mM HMG-CoA (bsi108595); AcbaC.18179.a.B1.PW38191 conc 23.33mg/mL; 20eg; puck/pin ID tud0-16

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→45.73 Å / Num. obs: 40790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.605 % / B_iso Wilson estimate: 31.195 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 20.85

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	6.24	0.562	2.91	2960	0.852	0.613	99.7
1.69-1.74	8.018	0.491	4.15	2886	0.919	0.525	100
1.74-1.79	9.184	0.372	5.85	2825	0.968	0.395	100
1.79-1.84	9.145	0.266	7.88	2738	0.982	0.281	100
1.84-1.91	8.971	0.196	10.23	2668	0.988	0.208	100
1.91-1.97	8.616	0.155	12.64	2565	0.992	0.165	100
1.97-2.05	8.943	0.115	16.19	2487	0.995	0.122	100
2.05-2.13	9.169	0.101	19.03	2405	0.996	0.107	100
2.13-2.22	9.094	0.081	22.67	2300	0.997	0.086	100
2.22-2.33	8.522	0.071	25.29	2199	0.997	0.075	99.9
2.33-2.46	8.739	0.064	27.47	2115	0.998	0.068	100
2.46-2.61	9.2	0.058	31.04	1991	0.998	0.062	99.9
2.61-2.79	9.047	0.054	33.63	1868	0.998	0.057	100
2.79-3.01	8.544	0.05	35.52	1769	0.998	0.054	99.9
3.01-3.3	8.655	0.047	38.86	1634	0.998	0.05	100
3.3-3.69	8.978	0.044	42.22	1480	0.999	0.047	99.9
3.69-4.26	8.484	0.042	43.09	1315	0.999	0.045	99.9
4.26-5.22	8.304	0.043	43.3	1146	0.998	0.046	100
5.22-7.38	8.323	0.045	41.99	897	0.999	0.048	100
7.38-50	7.463	0.041	42.07	542	0.998	0.044	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
Coot		モデル構築
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→45.73 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1677	2379	6.03 %
R_work	0.1532	37070	-
obs	0.1541	39449	96.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.78 Å² / B_iso mean: 29.1193 Å² / B_iso min: 13.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→45.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2277	0	75	268	2620
B_iso mean	-	-	44.23	38.78	-
残基数	-	-	-	-	305

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6499-1.6836	0.3094	121	0.2398	1923	87
1.6836-1.7202	0.2216	137	0.2106	2009	91
1.7202-1.7602	0.2186	141	0.1782	2022	92
1.7602-1.8043	0.1776	117	0.1618	2106	94
1.8043-1.8531	0.1875	155	0.1542	2081	95
1.8531-1.9076	0.147	120	0.1503	2151	96
1.9076-1.9692	0.1877	146	0.1601	2156	97
1.9692-2.0395	0.1995	139	0.149	2173	98
2.0395-2.1212	0.1716	141	0.1526	2215	98
2.1212-2.2177	0.141	136	0.1426	2224	99
2.2177-2.3346	0.1835	138	0.1397	2217	98
2.3346-2.4809	0.1807	150	0.1497	2223	99
2.4809-2.6724	0.1642	143	0.1521	2252	100
2.6724-2.9413	0.1845	135	0.1543	2279	100
2.9413-3.3668	0.1647	149	0.1544	2284	100
3.3668-4.2414	0.1542	149	0.1395	2306	100
4.2414-50	0.1469	162	0.1592	2449	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3207	-1.6435	1.7325	3.1558	-0.9999	2.6299	0.0118	0.0921	-0.0416	-0.0981	0.0357	0.0945	-0.0161	0.048	-0.0467	0.1201	-0.0244	0.0263	0.111	0.0013	0.1177	-11.4259	31.6906	4.3439
2	1.0463	0.9748	0.1568	3.37	0.1165	1.7179	-0.0943	0.2412	0.0935	-0.3605	0.0704	0.0469	0.0211	0.0509	-0.0085	0.1988	-0.0143	0.0125	0.2167	0.0014	0.1478	-10.5521	27.6572	-6.3483
3	0.9419	0.3589	0.194	1.424	-0.3615	1.8767	-0.0581	0.265	-0.142	-0.3585	0.0805	-0.1177	0.2912	0.0037	-0.0085	0.2393	0.0152	0.0322	0.203	-0.0526	0.18	-10.0993	12.8009	-2.1001
4	1.9177	-0.3522	-0.3999	2.6005	-0.0506	1.69	0.0147	-0.0517	0.0919	0.1175	-0.0224	0.1303	-0.0654	-0.1239	0.0016	0.1189	0.0016	-0.0038	0.1452	-0.0068	0.1432	-11.3603	25.1358	17.2768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 62 )	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 117 )	A	63 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 214 )	A	118 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 215 through 305 )	A	215 - 305

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関連情報:EMDBヘッダ

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